Dựa trên nguyên tắc của phản ứng PCR, nhiều biến thể của phản ứng PCR
được sử dụng như Nested PCR, Multiplex PCR [36].
♦ Nested PCR (PCR tổ): Sau khi khuếch đại PCR đích, sản phẩm PCR của phản ứng lần 1 được sử dụng để làm khuôn mẫu cho phản ứng PCR lần 2 [48]. Một cặp mồi khác được sử dụng để khuếch đại một đoạn nằm bên trong đoạn DNA
đích. Phương pháp này giúp làm tăng độ nhạy và độ đặc hiệu của phản ứng một cách đáng kể nhưng có nhược điểm là rất dễ lây nhiễm.
♦ Multiplex PCR (PCR đa mồi): là phản ứng PCR khuếch đại cùng một lúc nhiều đoạn DNA đích trong cùng một phản ứng nhờ việc sử dụng cùng lúc nhiều cặp mồi đặc hiệu khác nhau [5], [26]. Các đoạn DNA đích cần có kích thước khác nhau để dễ dàng phân biệt trên thạch [58].
1.3.1.5. Ứng dụng
PCR được dùng phổ biến không chỉ trong các nghiên cứu y sinh học mà ngày càng được áp dụng để chẩn đoán bệnh. PCR có thể được dùng để chẩn đoán các trường hợp nhiễm virus, vi khuẩn, vi nấm cũng như chẩn đoán các bệnh di truyền do đột biến gien và nhiễm sắc thể [11].
1.3.2. Phản ứng PCR phiên mã ngược (RT-PCR)
1.3.2.1. Nguyên tắc
transcription) và phản ứng PCR. Kỹ thuật này làm việc với đối tượng là RNA. Do
Taq polymerase không hoạt động trên RNA nên trước tiên, RNA được tổng hợp thành phân tử DNA bổ sung (complementary DNA – cDNA) nhờ enzyme phiên mã ngược (reverse transcriptase). Enzyme này có thể sử dụng các nucleotide tự do làm nguyên liệu để kéo dài chuỗi nucleotide dựa trên khuôn mẫu là RNA. Tiếp đó, sản phẩm từ quá trình sao chép ngược (cDNA) được khuếch đại nhờ Taq polymerase. Tất cả quá trình này được gọi chung là RT-PCR.