Bên cạnh những ưu việt,hệ thống KSNB cũng có những hạn chế, đặc biệt là hệ thống KSNB thường khó có thể ngăn ngừa hết các gian lận, là những hành vi cố ý của con người
Về chủ quan:
Khả năng vượt tầm kiểm soát của hệ thống KSNB do có sự thông đồng của một người trong Ban giám đốc hay một nhân viên với người khác ở trong hay ngoài đơn vị; những người chịu trách nhiệm thực hiện kiểm soát nội bộ lạm dụng đặc quyền cho mục đích riêng của bản thân mình; Sự đòi hỏi chi phí kiểm soát phải nhỏ hơn giá trị sai phạm xảy ra nên có những dạng sai phạm nhỏ thỉ không quan tâm đúng mức ....
Về khách quan:
Phần lớn công tác kiểm tra nội bộ thường tác động đến những nghiệp vụ lặp đi lặp lại mà không tác động đến những nghiệp vụ bất thường; Sai sót bởi con người thiếu chú ý, đãng trí, sai sót về xét đoán hoặc do không hiểu rõ yêu cầu công việc; Do có sự biến động tình hình, các thủ tục kiểm soát bị lạc hậu hoặc bị vi phạm;Hoặc do điều kiện hoạt động của đơn vị thay đổi nên dẫn đến những thủ tục kiểm soát không còn phù hợp nữa...
Tác giả xin được nói rõ , cụ thể qua sáu hạn chế chính của hệ thống KSNB như sau:
Thứ nhất:Yêu cầu thường xuyên của các nhà quản lý là các chi phí cho việc kiểm tra ,kiểm toán phải thấp hơn các tổn thất do các hành vi sai sót và gian lân gây ra .Điều này trên thực tế không phải lúc nào cũng đạt được như vậy ,bởi lẽ trong một số vụ việc cần giải quyết có thể chi phí cho kiểm tra, kiểm soát sẽ cao hơn tổn thất ,song qua đó nó đem lại bài học kinh nghiệm, để có phương pháp sửa chữa uốn nắn và phương pháp chống lại trong phạm vi toàn hệ thống
Thứ hai: Hầu hết các biện pháp kiểm soát đều căn cứ vào các hoạt động đã lặp đi lặp lại chứ không phải là nghiệp vụ bất thường ,do đó ảnh hưởng đến yêu cầu kịp thời
Thứ ba: Hoạt động kiểm soát nội bộ chỉ có thể góp phần giảm thiểu những sai lầm thiếu sót, lạm dụng ,gian lận hoặc có thể phát hiện ra các dấu vết của các hành vi đó để lại chứ không thể ngăn chặn hoàn toàn mọi sự việc đáng tiếc xảy ra
Thứ tư: Việc điều hành ,kiểm soát có thể bị phá vỡ do bản thân các cá nhân điều hành kinh doanh bị lợi dụng hoặc không thực hiện đúng quy chế, có hành vi gian lận hoặc có sự thông đồng lẫn nhau ,thông đồng với bên ngoài hoặc các nhân viên nghiệp vụ ,do đó kết quả sẽ bị che đậy ,không đúng với thực chất vụ việc, mà không phải lúc nào các nhà quản lý cũng dành thời gian thích đáng để tìm hiểu kỹ vấn đề .
Thứ năm: Hiệu quả của hoạt động kiểm soát nội bộ còn phụ thuộc vào tinh thần trách nhiệm và thái đô thực thi công vụ của các kiểm toán viên, hoạt động kiểm toán có thể mất hiệu lực do hành động cố tình bỏ qua ,lơi lỏng hoặc phạm sai lầm trong nhận định ,tính toán thiếu cụ thể sâu sát hoặc có lạm dụng ,gian lận ,thông đồng của kiểm toán viên trong quá trình thực thi nhiệm vụ
Thứ sáu: Các thủ tục và biện pháp kiểm toán trở nên lỗi thời, không thích hợp vì điều kiện hoàn cảnh thực tế đã thay đổi hạn chế đến kết quả kiểm tra, kiểm toán
Nắm được những hạn chế của hệ thống KSNB giúp người quản lý giảm thiểu những ảnh hưởng tiêu cực của những hạn chế đó bằng những chính sách, thủ tục kiểm soát bổ sung, đặc biệt là cần thường xuyên đánh giá và điều chỉnh hê thống KSNB kịp thời