Năm 1989, Viện nghiên cứu lúa Philippin (PhilRice), bắt đầu thực hiện dự án lúa lai với hai mục đích: Phát triển lúa lai F1 có năng suất cao hơn lúa thường tối thiểu là 15% và phát triển những tiến bộ kỹ thuật về sản xuất hạt giống và sản xuất lúa lai thương phẩm đạt hiệu quả kinh tế cao.
Giống lúa lai lần đầu tiên được trồng thử ở Philippin vào đầu năm 1993 (Critana và Cs, 2006)[65]. Từ những năm 1993-2001, mặc dù năng suất lúa lai có cao hơn lúa thuần, nhưng không có sự hỗ trợ của chính phủ nên diện tích lúa lai tăng chậm. Năng suất lúa lai của Philippin đạt cao nhất trên 12 tấn/ha. Năng suất bình quân các năm từ 2000 – 2002 là 6 tấn/ha. Năng suất lúa lai cao hơn lúa thuần tốt nhất là 32%. Tại tỉnh Camarines Sur có hộ gia đình năng suất lúa lai đạt tới 17,15 tấn/ha (Frisco M.Malabanan, 2006)[70]. Năm 2005, diện tích sản xuất hạt lai F1 lớn gấp gần 2,7 lần so với Việt Nam.
Đến năm 2008, tỷ lệ trồng lúa lai của Philippin là 10,2% diện tích, đứng thứ 2 trên thế giới sau Trung Quốc (Aldas, 2010)[56].
Cũng như Trung Quốc và Ấn Độ, lúa lai Philippin phát triển mạnh tùy theo vùng sinh thái. Vùng sản xuất lúa lai chủ yếu của Philippin là tỉnh Isabela, Kalinga và 11 tiểu vùng khác thuộc tỉnh Davao Iriental và Davao del Sur (Catudan, 2003)[62].
Năng suất lúa lai thương phẩm theo số liệu thống kê từ vụ mùa 2001 đến vụ Xuân 2003 (6,0 tấn/ha) cao hơn lúa thuần (4,5 tấn/ha). Vụ Xuân năng suất lúa lai cao hơn lúa thuần là 1,23 tấn/ha, vụ Mùa năng suất lúa lai cao hơn lúa thuần 1,83 tấn/ha (Ediberto, 2004)[69].
Năm 2003, Philippin có 9 tổ hợp lúa lai 3 dòng đang trồng thử nghiệm trong sản xuất, có 31 dòng TGMS đang được nghiên cứu khai thác. Các nhà khoa học đang nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học để kiểm tra chất lượng hạt giống, đảm bảo độ thuần giống và chuyển các gen kháng sâu bệnh vào các dòng bố mẹ (Dengleon và cs, 2004)[67].