Tuyển chọn, duy trì dòng bố mẹ nhập nội:
Từ 1992 đến nay, Việt Nam đã nhập nội một số dòng CMS từ Trung Quốc , IRRI, Ấn Độ để nghiên cứu duy trì và sản xuất thử hạt lai F1, các dòng nhập nội gồm: Zhenshan97A, BoA, II-32A, Jin23A, D62A, IR58025A, ... Đồng thời đã tuyển chọn duy trì một số dòng R nhập nội: Minh khôi 63, Trắc 64, Quế 99, R903, R253, Phúc khôi 838, R527, R998... Đã duy trì dòng và sản xuất một số tổ hợp lai “ba dòng” cung cấp cho nông dân: Sán ưu 63, Sán ưu quế 99, Bác ưu 64, Nhị ưu63, gần đây chỉ còn lại Nhị ưu 838, Bác ưu 253, Dưu527... (Nguyễn Như Hải, 2008; Nguyễn Trí Hoàn, 2002, 2006; Nguyễn Thị Trâm, 2011)[16], [18], [21], [48].
Chọn tạo bố mẹ và giống lai ba dòng trong nước:
Các nhà chọn giống trong nước đã tuyển chọn, duy trì được một số dòng mẹ nhập nội (BoA, II-32A, Kim23A, IR58025A...), lai thử với các dòng giống lúa thuần trong tập đoàn công tác để tạo ra tổ hợp lúa lai ba dòng mới cho Việt Nam: Bác ưu 903KBL, Nam ưu -1, Nam ưu 603, Nam ưu 604, CT16, HYT 57, HYT83, HYT100, HYT92, LC25. Các giống lúa lai mới này đang được nông dân tiếp thu đưa vào sản xuất. Hoàn thiện qui trình nhân dòng
và sản xuất hạt lai F1 các tổ hợp lai ba dòng: Bắc ưu 903, Bắc ưu 64, Bắc ưu 253, Nhị ưu 838, Nhị ưu 63, Dưu 525,... (Nguyễn Trí Hoàn và cs, 2003, 2007; Trần Văn Quang, 2009; Nguyễn Thị Trâm, 2011)[19], [23], [35], [48].
Đánh giá lúa Về lúa lai ba dòng sau hơn 20 năm đầu tư nghiên cứu: Số lượng tổ hợp lúa lai ba dòng chọn tạo tại Việt Nam quá ít (4 tổ hợp công nhận chính thức: HYT83, HYT100, Bác ưu 903KBL, Nam ưu1 và 5 tổ hợp công nhận sản xuất thử: HYT92, Nam ưu 603, Nam ưu 604, CT16, LC25). Các tổ hợp được chọn tạo trong nước có chất lượng khá hơn nhưng năng suất không vượt trội. Đa số tổ hợp lai ba dòng chọn tạo trong nước có năng suất hạt lai F1 thấp nên giá thành cao, không cạnh tranh được với hạt lai F1 nhập nội, vì vậy lúa lai ba dòng Việt Nam chưa chiếm được vị trí trong vụ Xuân, vụ lúa có năng suất cao và ổn định nhất trong năm.