Nhằm khắc phục những hạn chế phương thức lập dự toán NSNN theo công việc thực hiện, người ta cải tiến lập dự toán NSNN theo chương trình. Lập dự toán NSNN theo chương trình tập trung vào sự lựa chọn của NSNN trong số các chính sách, các chương trình có tính cạnh tranh lẫn nhau cùng tồn tại, tập trung vào việc tìm kiếm cách thức hành động để đạt được mục tiêu đề ra. Lập dự toán NSNN theo chương trình thiết kế một hệ thống phân phối nguồn lực gắn kết chi phí chương trình với kết quả của chương trình đầu tư công, các cách thức hành động chỉ được xem như là biến số làm cơ sở cho việc lựa chọn các vấn đề của NSNN, nó cố gắng nối kết các chi phí thực hiện các chương trình của chính sách với kết quả dài hạn mà chương trình mang lại sao cho đạt được hiệu quả cao nhất trong phân phối các
nguồn lực của NSNN. Điểm cốt yếu của phương thức này là những chương trình - mục tiêu của chính sách cùng với những bước tiến hành cần thiết để hoàn thành chúng. Phương thức này đặt ra yêu cầu phải đánh giá tính hiệu quả của chương trình thực hiện khi lập dự toán NSNN. Tính hiệu quả này được đo bằng mối liên hệ giữa chi phí đầu vào với những tác động có ích mà chương trình mang lại, lúc đó mới có các quyết định về NSNN.
Tuy nhiên, nếu lập dự toán NSNN theo chương trình thì không phủ hết mọi hoạt động của Nhà nước. Trong thực tế, không phải mọi hoạt động của Nhà nước đều được chương trình hóa, nhưng các hoạt động cũng cần đến sự tài trợ của NSNN, do đó cũng cần phải được quy định trong dự toán NSNN. Mặt khác, lập dự toán NSNN theo chương trình không bảo đảm sự gắn kết chặt chẽ giữa phân phối ngành với những mục tiêu chiến lược ưu tiên, không gắn kết giữa thiết lập chương trình công với kế hoạch chi tiêu thường xuyên để sử dụng nguồn lực tài chính công hiệu quả.