Mục ựắch của HTKSNB là hạn chế tối ựa những rủi ro khiến doanh nghiệp không ựạt ựược mục tiêu chứ không thể ựảm bảo chắc chắn các rủi ro không xảy ra. Dù thiết kế HTKSNB hoàn hảo ựến mức nào thì cũng không thể phát hiện và ngăn ngừa mọi sai phạm vì những hạn chế cố hữu của HTKSNB. Những hạn chế của HTKSNB bao gồm:
Ban giám ựốc thường ựặt yêu cầu giá phắ của một thủ tục kiểm soát không vượt quá những lợi ắch mà thủ tục ựó mang lại, vì vậy có thể thủ tục ựó không ựược xây dựng hoặc xây dựng một cách hình thức.
Phần lớn các thủ tục kiểm soát thường ựược thiết lập cho các nghiệp vụ thường xuyên lặp ựi lặp lại hơn là các nghiệp vụ không thường xuyên.
Bất kỳ hoạt ựộng kiểm soát nào của KSNB cũng phụ thuộc vào yếu tố con người. Con nguời là nhân tố gây ra sai sót từ những hạn chế xuất phát từ bản thân như vô ý, bất cẩn, sao lãng, ựánh giá hay ước lượng sai, hiểu sai chỉ dẫn của cấp trên hay báo cáo của cấp dưới.
KSNB do người quản lý tổ chức và chỉ ựạo nên khó có thể phát hiện và ngăn chặn sự thông ựồng của các thành viên ban quản lý hoặc của các nhân viên với những người khác trong hay ngoài ựơn vị.
Phần lớn tác dụng của KSNB dựa trên sự phân công phân nhiệm nên người thực hiện KSNB có thể lạm dụng chức quyền hoặc vô hiệu hoá những người khác.
Như vậy KSNB có thể giảm sai sót, gian lận nhưng người quản lý không nên dựa hoàn toàn vào HTKSNB mà còn phải sử dụng nhều công cụ quản lý khác.
Thường KSNB sẽ giảm dần hiệu lực theo thời gian, tạo dần kẽ hở và bị cắt giảm, biến dạng nên cần có sự xem xét thường xuyên và ựộc lập. Kiểm
toán nội bộ là bộ phận xem xét tốt nhất KSNB vì kiểm toán nội bộ là một loại hình kiểm soát có tổ chức mà chức năng là ựo lường và ựánh giá hiệu quả của những kiểm soát khác.