Đối với trờng hợp áp giá tính thuế theo Bảng giá tối thiểu, có thể nói việc sử
dụng Bảng giá tính thuế tối thiểu với tiêu thức lựa chọn là hàng trong nớc đã sản xuất đợc, hàng có nguy cơ trốn thuế cao đã góp phần bảo hộ sản xuất trong nớc, ổn định thị trờng; trống gian lận thơng mại; đảm bảo nguồn thu cho Ngân sách nhà n- ớc. Tuy nhiên, trờng hợp này còn gặp rất nhiều phức tạp riêng. Việc áp dạng Bảng
các nhà nhập khẩu Việt Nam, không khuyến khích phát triển thơng mại gây ảnh h- ởng cho quan hệ giữa các nớc với nhau. Trong tiến trình thực hiện, do điều kiện thông tin, giá trong bảng giá tính thuế tối thiểu do Bộ tài chính và tổng cục Hải quan ban hành có nhiều sai lệch so với thực tế, nếu nh không muốn nói là tách rời thực tế quá xa. Thêm vào đó, giá tính thuế đợc ban hành quá chi tiết với một số nhóm mặt hàng, quá cứng nhắc, không đợc sửa đổi, điều chỉnh thờng xuyên nên không phù hợp với sự biến động thờng xuyên và phức tạp của thị trờng. Có những mặt hàng giá quy định trong bảng giá thấp hơn giá thực tế 20 đến 30%, tthậm chí là 60 đến 70%, điều này khiến bảng giá tối thiểu không có ý nghĩa gì trong việc ngăn chặn trốn thuế và gian lận thơng mại qua giá. Trong khi đó, có mặt hàng trong bảng giá cao gấp nhiều lần so với giá mua thực tế đã gây ra nhiều khó khăn cho doanh nghiệp trong việc tính toán, xây dựng phơng án, lập kế hoạch kinh doanh. Bởi lẽ, nếu tính thuế trên cơ sở giá mua thực tế, doanh nghiệp có thể có lãi nhng nếu bị tính theo bảng giá tối thiểu thì doanh nghiệp có thể bị lỗ. Hơn nữa, việc áp giá tối thiểu hay không là còn nhiều khi phụ thuộc vào cán bộ tính thuế. Tiêu cực nảy sinh từ đây.
Đối với trờng hợp áp giá tính thuế theo hợp đồng, đây là quy định phù hợp
với thông lệ quốc tế và phù hợp với Hiệp định trị giá hải quan GATT. Tuy nhiên thực tế quá trình thực hiện cũng cho thấy vẫn còn nhiều tồn tại phải khắc phục đối với trờng hợp áp giá này.
Thứ nhất, tồn tại về mặt chính sách chế độ, theo Thông t 172/1998/BC ngày 22/12/1998 của Bộ Tài chính, trờng hợp áp giá tính thuế theo hợp đồng thì giá tính thuế là giá CIF nhng lại cha có hớng dẫn cụ thể về các yếu tố nh phí hoa hồng, phí containers, phí đóng gói, phí bản quền và giấ phép, chi phí lắp đặt, vận chuyển sau khi chuyến hàng đến cảng nhập khẩu, lãi suất trả chậm.. làm cho giá tính thuế theo hợp đồng không phản ánh đúng giá trị thực của hàng hóa, làm mất đi ý nghĩa của giá tính thuế theo hợp đồng và cha hoàn thành đúng theo tinh thần của Hiệp định GATT.
Thứ hai, tồn tại từ phía cơ quan thực hiện, hiện tại đối với hàng hóa không thuộc danh mục quản lý giá theo hợp đồng cha có cơ chế kiểm tra, sự phối hợp giữa các cơ quan có chức năng hải quan, thuế, công an...Việc cơ quan hải quan ban hành Bảng giá tính thiếu ối thiểu áp dụng cho các mặt hàng không thuộc đối tợng Nhà nớc quản lý giá tính thuế nhập khẩu có đủ điều kiện áp dụng giá tính thuế
theo hợp đồng nhng giá ghi trong hợp đồng thấp hơn 70% giá ghi trong Bảng giá tính thuế, điều này đã làm giảm đáng kể đối tợng đợc áp dụng giá hợp đồng và cho thấy rõ việc áp dụng giá theo hợp đồng chỉ là hình thức.
Thứ ba, tồn tại thuộc về các đơn vị kinh doanh hàng nhập khẩu, quy định về việc áp dụng giá tính thuế theo hợp đồng trong thời gian qua đã bị các đơn vị này lợi dụng triệt để. Họ thỏa thuận với phía bên xuất khẩu để trả trực tiếp mộ phần lớn giá trị của hợp đồng, phần còn lại sẽ đợc trả bằng các hình thức thanh toán pháp luật quy định: thanh toán L/C, nhờ thu..Nh vậy, họ sẽ ghi giá trên hợp đồng rất thấp mà vẫn phù hợp với các chứng từ liên quan, thực hiện trốn thuế qua giá.
Việc tồn tại cùng một lúc hai phơng pháp xác định giá tính thuế nh trên, chính bản thân nó cũng tạo ra những phức tạp về mặt chính sách. Thế nhng quá trình thực hiện còn mang nặng tính chủ quan của các cơ quan chức năng, cùng với việc cố ý vận dụng sao cho có lợi nhất cho mình của chính những đối tợng nộp thuế lại góp phần đẩy chính sách của nhà nớc vào thế bất lợi. Điều này xuất phát từ ý thức pháp luật của công dân nớc ta còn thấp, trình độ và tinh thần trách nhiệm của các cán bộ ở các cơ quan chức năng còn kém, thiết bị công nghệ, thông tin lạc hậu.. đồng thời do tình hình nội bộ của nền kinh tế hàng hóa cha đủ sức cạnh tranh, cần đợc bảo hộ nên chúng ta cần phải áo dụng hai trờng hợp tính giá tính thuế nh trên.