Thuế nhập khẩu hiện nay với chức năng bảo vệ sản xuất trong nớc đã thờng xuyên đợc điều chỉnh nâng thuế cao đối với những sản phẩm mà trong nớc đã sản xuất đợc và hạ thuế thấp đối với những sản phẩm là đầu vào của các ngành sản xuất trong nớc mà ta cha sản xuất đợc hoặc sản xuất cha đủ, do đó đã góp phần hỗ trợ tích cực cho sản xuất trong thời kỳ đầu phát triển. Nhng điều này cũng đã tạo ra những lệch lạc trong định hớng đầu t trong nớc, đặc biệt là trong thu hút đầu t nớc ngoài. Trong những năm qua, đầu t nớc ngoài đã đợc thu hút vào những ngành sản xuất ra các sản phẩm có mức thuế bảo hộ cao, phục vụ cho nhu cầu của thị trờng trong nớc chứ không nhằm vào mục đích xuất khẩu do đó cha thực sự góp phần làm tăng khả năng xuất khẩu, tăng khả năng cạnh tranh của nền kinh tế nớc ta, gây lãng phí cho việc sử dụng nguồn vốn này. Do đó, tình trạng thâm hụt của cán cân thơng mại cha thể khắc phục đợc mặc dù đã áp dụng các biện pháp kiểm soát gắt gao việc nhập khẩu hàng tiêu dùng, và thực tế nhập khẩu hàng tiêu dùng chỉ chiếm tỷ trọng thấp trong tổng kim ngach nhập khẩu của nớc ta trong thời gian qua, khoảng 12%.
Thuế nhập khẩu hiện nay có chức năng hớng dẫn tiêu dùng trong nớc nên mức thuế của những mặt hàng tiêu dùng phần lớn đã đợc để ở mức cao. Tuy nhiên mức thuế nhập khẩu cao là một trong những nguyên nhân gây ra tình trạng trốn thuế, gian lận thơng mại gây tổn thất cho Ngân sách Nhà nớc. Đồng thời đây cũng là một khó khăn trong việc tính toán cho nguồn thu Ngân sách khi mà Việt Nam phải đáp ứng các điều kiện khi thực hiện Hiệp định CEPT nói riêng và các hiệp định thơng mại đã ký kết với các nớc khác.
Biểu thuế nhập khẩu hiện nay đợc quy định theo khung thuế suất đối với từng nhóm hàng, điều đó thuận tiện cho việc thay đổi mức thuế suất một cách uyển chuyển phù hợp với những thay đổi của nền kinh tế. Tuy nhiên hiện nay có quá nhiều mức (25 mức) mặc dù có u điểm là bảo hộ đến từng doanh nghiệp hoặc từng nhóm doanh nghiệp nhng sự thiếu ổn định của nó đã làm cho các doanh nghiệp khó khăn trong việc xác định phơng hớng và ảnh hởng tới kế hoạch kinh doanh lâu dài của doanh nghiệp. Sự phức tạp của nó ảnh hởng trực tiếp đến giá thành sản phẩm và giá bán hàng hóa nên nếu mức thuế nguyên liệu đầu vào nói riêng hay mức thuế nhập khẩu của hàng hóa nói chung không ổn định sẽ gây tác động lớn tới giá thành sản phẩm và giá cả hàng hóa, gây tác động lớn tới chiến lợc cạnh tranh, chiến lợc kinh doanh lâu dài của doanh nghiệp.
Việc quy định mức thuế suất khác nhau giữa cùng một loại hàng hóa nhng có mục đích sử dụng khác nhau tạo ra khe hở lớn cho nhiều đối tợng kinh doanh hàng nhập khẩu lợi dụng để trốn thuế, và tạo điều kiện cho nạn tham nhũng nảy sinh. Trong thời gian qua, ngành hải quan đã phát hiện nhiều vụ vi phạm thuộc dạng này, đã kiến nghị và truy thu hàng tỷ đồng về cho Ngân sách Nhà nớc và xử lý nhiều cán bộ hải quan biến chất, vi phạm. Ví dụ cụ thể là mặt hàng đầu Video, tại Biểu thuế phân ra làm hai loại: loại dùng trong chuyên dụng có thuế suất nhập khẩu là 5% còn loại dùng trong dân dụng thì có thuế suất là 50% ( chênh lêch 10 lần). Song trên thực tế, tùy theo chủ quan của ngời sử dụng với một chiếc đầu Video có cùng cấu tạo cùng công suất, cùng một hãng sản xuất thì có thể đợc sử dụng ở gia đình hay nơi công cộng và khi sử dụng ở 2 nơi khác nhau thì kéo theo việc nộp 2 mức thuế khác nhau là không có căn cứ và dễ bị lợi dụng để nhập khẩu thông qua các cơ quan quản lý chuyên ngành để hởng mức thuế suất thấp, điều này vừa dẫn đến thất thu cho Ngân sách vừa không đáp ứng đợc mục tiêu mà chính sách thuế xuất nhập khẩu đề ra. Do đồng tình với doanh nghiệp cố ý lợi dụng hoặc do sự buông lỏng quản lý của một số cơ quan quản lý mà việc trốn thuế vẫn công khai diễn ra. Mặc dù đã có nhiều vụ án đợc khởi tố, nhiều cán bộ cả ở cơ quan nhà nớc và doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trớc pháp luật nhng vì lợi nhuận và nhất là do khe hở mà Biểu thuế hiện nay tạo ra mà những vụ việc tơng tự vẫn xảy ra.
Biểu thuế hiện nay còn thiếu rõ ràng: Mặc dù so với Biểu thuế ban hành kèm
số 1803/QĐ-BTC ngày 11/12/1998 có số dòng thuế hơn gấp đôi nhng trớc tình hình buôn bán, trao đổi thơng mại không ngừng tăng lên cộng thêm sự phát triển nh vũ bão của khoa học, kỹ thuật và công nghệ đã tạo ra nhiều loại hàng hóa mới, có nhiều công dụng và có thể đợc xếp vào nhiều loại mã khác nhau. Ví dụ, hiện nay các cơ quan chức năng còn gặp nhiều nhiều lúng túng khi xác định mã thuế cho mặt hàng Vải địa kỹ thuật - loại vải dùng trong xử lý kỹ thuật đê điều. Nếu xét về mục đích sử dụng trong kỹ thuật thì mặt hàng này có thể đợc xếp vào nhóm 5911 ( " Các sản phẩm dệt và các mặt hàng phục vụ cho mục đích kỹ thuật"), còn nếu xét về cấu tạo làm từ vải không dệt thì mặt hàng này đợc phân vào nhóm 5603 ( " Các sản phẩm không dệt, đã hoặc cha thấm, tẩm, tráng, phủ hoặc ép lớp"). Cả hai quan niệm này đều đợc dựa trên những cơ sở riêng và khó bác bỏ. Tuy nhiên mức chênh lệch mà nó tạo ra là tơng đối đáng kể: nếu phân loại vào nhóm 5911 thì thuế suất nhập khẩu của mặt hàng này là 1%, nhng nếu xếp vào nhóm 5603 thì thuế suất nhập khẩu của mặt hàng này là 20%. Do đó có doanh nghiệp đợc tính thuế với thuế suất là 1% còn có doanh nghiệp đợc tính thuế với thuế suất là 20%, và điều này gây ra sự bất bình đẳng giữa các doanh nghiệp với nhau.
Danh mục Biểu thuế về cơ bản dựa trên danh mục hàng hóa điều hòa của Tổ chức Hải quan thế giới. Nhng áp dụng theo danh mục này đòi hỏi phải có tài liệu giải thích đi kèm nhng ta cha ban hành đợc tài liệu này. Thêm vào đó, nh đã đề cập thì các nớc ASEAN thống nhất áp dụng Biểu thuế nhập khẩu với 8 chữ số ( chi tiết hơn Biểu thuế 6 chữ số bằng cách phân nhóm hai gạch (-- ) lại đợc tiếp tục phân chia thành những phân nhóm nhỏ hơn ( --- ) hoặc ( ---- )(...) đòi hỏi Biểu thuế nhập khẩu của Việt Nam cần đợc tiếp tục cập nhật, sửa đổi đảm bảo cho mọi hàng hóa nhập khẩu đều đợc áp mã thuế một cách chính xác, rõ ràng, từ đó tạo nên sự thông thoáng trong thủ tục hải quan, thực hiện tốt mục tiêu của chính sách thuế xuất nhập khẩu và hạn chế những tiêu cực nảy sinh.