Chính sách thuế xuất nhập khẩu hiện hành còn quy định còn quy định các tr- ờng hợp miễn, giảm thuế còn quá rộng, quá u đãi với một số đối tợng. Điều này không chỉ gây khó khăn cho việc quản lý mà còn tạo ra sự không công bằng giữa các đối tợng nộp thuế, đồng thời không phản ánh đúng giá trị hàng nhập khẩu khi hạch toán hiệu quả kinh doanh của đơn vị. Dựa trên Biểu thuế nhập khẩu, ta thấy số thuế đợc miễn dựa trên một số nhóm sau:
- Hàng nhập khẩu chuên phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học và giáo dục đào tạo.
- Hàng là nguyên liêu, vật t nhập khẩu để gia công cho nớc ngoài rồi xuất khẩu theo hợp đồng đã ký kết.
- Thiết bị, máy móc, phơng tiện vận chuyển chuyên dùng nhập khẩu theo quy định tại Điều 47 Luật Đầu t nớc ngoài tại Việt Nam và Điều 25 của Luật Khuyến khích đầu t trong nớc.
- Hàng hóa theo tiêu chuẩn hành lý miễn thuế của các khách xuất nhập cảnh. Thực tế thời gian qua cho thấy, việc xác định hàng nhập khẩu chuyên dùng cho an ninh quốc phòng, nghiên cứu khoa học và giáo dục đào tạo là rất khó khăn vì trừ một số hàng đặc biệt nh vũ khí, khí tài quân sự còn phần lớn các mặt hàng này đều có thể dùng cho các đối tợng khác. Do đó, việc làm thủ tục miễn thuế cho các đối tợng này là hếtt sức phức tạp vì không đảm bảo đợc tiêu chuẩn, không biết thế nào là chặt chẽ, chính xác nên dễ dẫn đến hành vi lợi dụng trốn thuế.
Còn việc quy định miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên vật liệu để gia công cho hàng nớc ngoài tuy có tạo điều kiện thuận lợi cho việc gia công nhng gây khó khăn cho việc quản lý thuế, đồng thời dẫn đến tình trạng trốn thuế qua hình thức này lớn.
Theo số liệu báo cáo, hàng năm cơ quan Hải quan làm thủ tục cho hơn 3 triệu khách xuất nhập cảnh (1,5 triệu lợt nhập cảnh, hành khách xuất nhập cảnh, mỗi lần đợc hởng tiêu chuẩn hàng hóa miễn thuế không quá 300 USD). Nh vậy, lợng hàng hóa đợc miễn thuế của khách xuất nhập cảnh hàng năm ở mức khoảng 450 triệu USD. Nhng theo thực tế thì thờng khách xuất nhập cảnh thờng mang hàng tiêu
dùng có mức thuế xuất nhập khẩu cao, ở mức 40-50%. Có nghĩa là số thuế đợc miễn của khách xuất nhập cảnh ở chừng 2 đến 3 nghìn tỷ đồng Việt Nam.
Những tồn tại này thể hiện một chính sách thuế thiếu tính trung lập, minh bạch mà nguyên nhân hiện nay là do chính sách thuế xuất nhập khẩu đang phải phục vụ và theo đuổi quá nhiều mục tiêu, nhất là các mục tiêu xã hội.