Mặc dù đã có nhiều nỗ lực nhưng bên cạnh những phiên tòa xét xử đúng với tinh thần tranh tụng còn có những phiên tòa không đạt yêu cầu như việc áp dụng các thủ tục tố tụng, điều khiển phiên tòa, viết bản án... cũng như các hoạt động khác của Tòa án, kể cả phiên tòa được coi là xét xử điển hình ngay tại Thủ đô hoặc một vài vụ án quan trọng khác mà các đồng chí lãnh đạo Đảng và Nhà nước quan tâm theo dõi, thực ra mới đạt yêu cầu ở việc áp dụng mức hình phạt, ở đường lối xét xử, còn tác dụng giáo dục phòng ngừa chung, tôn vinh tính tối cao của pháp luật thông qua quá trình tranh tụng tại phiên tòa mà cụ thể là hoạt động của Hội đồng xét xử tại phiên tòa, qua bản án hoặc bản luận tội của Viện kiểm sát nhân dân, thì còn chưa đạt yêu cầu của công tác xét xử. Chất lượng phiên tòa như thế không chỉ ở Tòa án cấp huyện, cấp tỉnh, mà còn ở cả một số phiên tòa của các Tòa phúc thẩm của Tòa án nhân dân tối cao. Có những trường hợp xét xử thiếu chính xác, chẳng những xảy ra ở cấp sơ thẩm, phúc thẩm, mà có khi cả ở cấp giám đốc thẩm. Sự thiếu chính xác đó vừa làm cho việc giải quyết vụ án bị kéo dài, vừa gây phiền hà cho nhân dân, làm giảm lòng tin của nhân dân đối với cơ quan bảo vệ công lý.
Ví dụ: Vụ án Bùi Minh Hải bị Tòa án nhân dân tỉnh Đồng Nai xử phạt tù chung thân về tội giết người và hiếp dâm, sau đó Công an bắt được tên Nguyễn Văn Tèo và Tèo khai nhận chính Tèo là người đã giết và hiếp nạn nhân Trần Thị Thanh Dung. Tại cơ quan điều tra Bùi Minh Hải khai nhận tội nhưng tại phiên tòa bị cáo không nhận tội, bị cáo khai rằng do bị ép cung nhưng Hội đồng xét xử sơ thẩm đã không thận trọng xem xét đầy đủ các chứng cứ buộc tội và gỡ tội, không kiểm tra tính xác thực của các chứng cứ, chỉ căn cứ vào lời khai của bị cáo tại cơ quan điều tra, nên đã kết tội bị cáo. Thậm chí còn cho rằng bị cáo không thành khẩn. Lời khai của bị cáo tại cơ quan điều tra hay tại phiên tòa chỉ là một chứng cứ và không thể chỉ căn cứ vào chứng cứ này để kết tội bị cáo mà cần phải xem xét toàn diện đầy đủ và khách quan các tài liệu, chứng cứ khác. Trong vụ án này, nếu Hội đồng xét xử thực sự tôn trọng tinh thần tranh tụng, lắng nghe lời khai của bị cáo, không có định kiến về hành vi phạm tội, phán quyết dựa trên cơ sở những chứng cứ được đánh giá thẩm tra tại phiên tòa, thì chắc hẳn hậu quả đáng tiếc là kết tội oan một người đã không xảy ra.
Thực tế kiểm tra giám đốc án và thống kê chất lượng giải quyết án cho thấy số lượng án sai, sửa, hủy vẫn rất nhiều, những sai sót đó gắn liền với những tồn tại như: có những trường hợp Thẩm phán thiếu trách nhiệm, không nghiên cứu kỹ hồ sơ vụ án, cẩu thả trong công tác chuẩn bị phiên tòa và trong phiên tòa cũng như trong viết bản án... đánh giá chứng cứ không đầy đủ, không chính xác nên xét xử oan người không có tội, vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng hình sự, không áp dụng đầy đủ các quy định của pháp luật hoặc các hướng dẫn phải áp dụng trong công tác xét xử.... Ví dụ: Tại bản án hình sự sơ thẩm xét xử hai bị cáo Nguyễn Hữu Hoành và Nguyễn Hữu Thắng về tội cố ý gây thương tích. Sau khi xét xử sơ thẩm, các bị cáo kháng cáo kêu bị xét xử oan, hai người bị hại kháng cáo yêu cầu tăng hình phạt đối với các bị cáo. Tại bản án hình sự phúc thẩm số 26 ngày 15/5/2000, Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc đã xử y án sơ thẩm. Việc anh Lý và anh Sơn bị đánh là có thật nhưng ai là người gây thương tích cho họ thì các cơ quan tiến hành tố tụng chưa làm rõ. Theo biên bản giám định pháp y thì thương tích của anh Lý và anh Sơn là do vật sắc nhọn gây ra, trong khi đó thì tài liệu trong hồ sơ lại thể hiện Nguyễn Hữu Thắng là người cầm gậy, Nguyễn Hữu Hoành không có hung khí mà chỉ dùng tay chân đấm đá anh Lý và anh Sơn. Lời khai của các bị cáo và người bị hại không thống
nhất, không phù hợp với thương tích của người bị hại. Tại phiên tòa hai bị cáo cũng không nhận đã gây ra thương tích như vậy cho anh Lý và anh Sơn. Người có hung khí sắc nhọn là Hoàng Tiến Long nhưng Long đang bỏ trốn. Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm không lắng nghe lời khai của bị cáo tại phiên tòa, không xem xét sự phù hợp giữa các chứng cứ, sẵn định kiến do phụ thuộc quá nhiều vào hồ sơ vụ án, việc tranh luận tại phiên tòa chỉ mang tính hình thức, dựa trên những cơ sở chưa vững chắc mà có phán quyết các bị cáo phạm tội Cố ý gây thương tích. Do vậy, Tòa hình sự Tòa án nhân dân tối cao đã ra quyết định hủy cả hai bản án nói trên để giải quyết lại từ giai đoạn điều tra.
Ngược lại, có những trường hợp do đánh giá chứng cứ không chính xác, nhận thức không đầy đủ về quy định của pháp luật nên lẽ ra phải kết án đối với bị cáo lại tuyên bị cáo không có tội. Chẳng hạn, vụ án xảy ra tại khu vực phía Nam cầu Thanh Quýt, xã Điện Thắng, huyện Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam. Tòa án nhân dân huyện Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam đã kết án Huỳnh Quảng về tội vi phạm các quy định về an toàn giao thông vận tải nhưng đã tuyên bố Nguyễn Tấn Anh không có tội. Tòa án nhân dân tỉnh Quảng Nam xử y án sơ thẩm.
Việc Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm không kết án Nguyễn Tấn Anh về tội vi phạm các quy định về an toàn giao thông vận tải là không đúng, bởi lẽ qua gương phản chiếu Nguyễn Tấn Anh biết rõ xe của Huỳnh Quảng đang vượt xe của mình, trong khi đó, phía trước, bên phải đường cùng chiều với xe của Tấn Anh không có chư- ớng ngại vật gì nhưng Tấn Anh đã không cho Huỳnh Quảng vượt mà còn chạy song song một đoạn sau đó lại lái sang bên trái đường nên đã gây ra va chạm với xe của Huỳnh Quảng và gây tiếp tai nạn giao thông. Nguyễn Tấn Anh đã không tuân thủ Điều lệ trật tự an toàn giao thông đường bộ và trật tự an toàn đô thị quy định nên đã gây ra tai nạn. Bản án trên đã bị hủy để xét xử lại từ giai đoạn sơ thẩm. Từ vụ án này có thể thấy rằng, Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm do không nghiên cứu kỹ hồ sơ vụ án, nên đã không đánh giá chứng cứ một cách đầy đủ toàn diện, không thấy được đề nghị truy tố của Viện kiểm sát đã bỏ lọt tội phạm, khiến việc xét xử tại phiên tòa chỉ còn là hình thức, việc tranh luận tại phiên tòa để làm rõ những điểm còn mâu thuẫn trong chứng cứ không được coi trọng bởi đã dễ dàng thỏa mãn với kết luận điều tra và cáo trạng.
Ngoài những vụ án trên, còn những sai lầm trong các bản án khác khi xét xử vắng mặt bị cáo nhưng không có lệnh truy nã và kết quả truy nã, xét xử bị cáo chưa thành niên mà không có người đại diện hợp pháp của bị cáo hoặc nhà trường tham gia; xét xử vắng mặt những người tham gia tố tụng khác- những người mà pháp luật cho phép tham gia vào quá trình tranh tụng để bảo vệ quyền lợi chính đáng của mình (ví dụ như bản án sơ thẩm của Tòa án nhân dân quận Hải Châu và bản án của Tòa án nhân dân thành phố Đà Nẵng xét xử Lê Văn Ty khi phạm tội mới hơn 16 tuổi). Việc bị cáo và đại diện hợp pháp cho bị cáo có mặt tại phiên tòa là những quy định bắt buộc của Luật tố tụng hình sự, đó không chỉ là tuân thủ quy định tố tụng mà còn đảm bảo cho bị cáo được bào chữa, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình qua quá trình tranh tụng tại phiên tòa. Chính vì vậy những bản án vi phạm đều đã bị hủy để giải quyết theo đúng quy định của pháp luật.
Một ví dụ khác: Nguyễn Văn Thiết và đồng bọn có hành vi giết anh Nguyễn Huy Hồng. Tòa án cấp sơ thẩm xét xử vắng mặt người đại diện hợp pháp của người bị hại nhưng có gửi bản án sơ thẩm nên đại diện hợp pháp của người bị hại đã làm đơn kháng cáo và gửi cho Tòa án cấp sơ thẩm trong thời hạn luật định. Khi xét xử phúc thẩm, Tòa án cấp phúc thẩm lại không triệu tập người đại diện hợp pháp của người bị hại tham gia phiên tòa và cũng không xét kháng cáo của họ là không đúng pháp luật, và như vậy không đảm bảo cho bên bị hại được trình bày trước tòa không chỉ là đưa ra những chứng cứ buộc tội bị cáo mà còn về phần đòi bồi thường thiệt hại, không đảm bảo cho quyền lợi chính đáng của bên bị hại.
Mọi hoạt động xét xử các vụ án hình sự của Tòa án đã được quy định rất chặt chẽ ở Bộ luật tố tụng hình sự từ giai đoạn chuẩn bị xét xử đến khi tuyên án, mọi diễn biến của phiên tòa đều phải được phản ánh qua biên bản phiên tòa. Tuy nhiên, qua công tác giám đốc việc xét xử cho thấy nhiều hoạt động tố tụng không được thể hiện trong hồ sơ vụ án, diễn biến phiên tòa không được thể hiện trong biên bản phiên tòa, việc xét xử vắng mặt những người tham gia tố tụng không đúng với quy định tại Bộ luật tố tụng hình sự, nhiều trường hợp người tham gia tố tụng có mặt tại phiên tòa hay không cũng không được thể hiện trong biên bản phiên tòa và trong bản án, nhiều trường hợp trong biên bản phiên tòa ghi vắng mặt, còn trong bản án lại ghi có mặt, nhiều bản án hình sự sơ thẩm và bản án hình sự phúc thẩm kết án đúng tội danh, quyết định đúng hình phạt nhưng xác định không chính xác các tình tiết của vụ án, giữa phần nhận định với phần quyết định của bản
án không thống nhất, việc xác định họ tên của người phạm tội không chính xác. Ví dụ: Trong quá trình chuẩn bị và xét xử vụ án Nguyễn Văn Tiễn phạm tội giết người theo khoản 1 Điều 101 Bộ luật hình sự năm 1985, Tòa án cấp sơ thẩm đã có nhiều vi phạm về tố tụng như: Quyết định đưa vụ án ra xét xử chỉ ghi họ tên Thẩm phán Chủ tọa phiên tòa và thư ký phiên tòa, không ghi những người tiến hành tố tụng khác và những người tham gia tố tụng, sau bẩy ngày kể từ khi giao quyết định đưa vụ án ra xét xử đã mở phiên tòa, tại phiên tòa Hội đồng xét xử không tiến hành thủ tục bắt đầu phiên tòa, biên bản phiên tòa không thể hiện nội dung ý kiến của Luật sư bào chữa cho bị cáo, không thể hiện bị cáo có nói lời sau cùng hay không, Chủ tọa phiên tòa không ký biên bản phiên tòa, như vậy những vi phạm này không chỉ là vi phạm trong sự cẩu thả về tác phong lề lối làm việc, trong quá trình chuẩn bị xét xử và xét xử tại phiên tòa mà còn cho thấy Hội đồng xét xử không đề cao vai trò của tranh tụng trong quá trình xét xử vụ án (thiếu người tham gia tố tụng, không thể hiện quá trình tranh tụng).
Ví dụ: Vụ án Nguyễn Đình Dăm, Tòa án cấp sơ thẩm xử phạt bị cáo 12 tháng tù về tội trộm cắp tài sản. Sau khi xét xử sơ thẩm bị cáo kháng cáo. Tòa án cấp phúc thẩm triệu tập Nguyễn Đình Dăm ngày 24/4/2003 phải có mặt để xét xử phúc thẩm, nhưng ngày 22/4/2003 Tòa án cấp phúc thẩm đã mở phiên tòa xét xử vắng mặt bị cáo Dăm, khi ra bản án lại đề ngày 24/4/2003.
Trong vụ án Nguyễn Quốc Yên có hành vi hiếp dâm chị Trần Bích Ngọc. Theo lời khai của người bị hại và một số người làm chứng thì khi bị xâm hại người bị hại chưa đủ 18 tuổi. Tòa án cấp sơ thẩm và Tòa án cấp phúc thẩm cũng không khẳng định người bị hại sinh ngày, tháng, năm nào, nhưng vẫn áp dụng khoản 1 Điều 111 Bộ luật hình sự đối với bị cáo là không đúng. Trong giai đoạn xét hỏi và tranh luận tại phiên tòa, Hội đồng xét xử phải yêu cầu Kiểm sát viên hỏi để xác định chính xác tuổi của người bị hại có căn cứ quyết định xét xử bị cáo theo khoản 1 hay khoản 4 Điều 111 Bộ luật hình sự hoặc trả hồ sơ để điều tra bổ sung.
Việc xem xét chứng cứ khi nghiên cứu hồ sơ và đánh giá chứng cứ trong quá trình tranh tụng tại phiên tòa có vai trò rất lớn trong việc xác định sự thật khách quan của vụ án nhưng vẫn có những trường hợp có Tòa án đánh giá không đúng dẫn đến bỏ lọt tội
phạm. Ví dụ: Vụ án Nguyễn Văn Hưng, Nguyễn Đình Tuấn, Bùi Văn Ninh. Tòa án cấp sơ thẩm xác định Nguyễn Đình Tuấn và Bùi Văn Ninh phạm tội Giết người và tội Gây rối trật tự công cộng, còn Nguyễn Văn Hưng phạm tội gây rối trật tự công cộng. Tòa án cấp phúc thẩm tuyên bố cả ba bị cáo: Nguyễn Văn Hưng, Nguyễn Đình Tuấn, Bùi Văn Ninh không phạm tội Gây rối trật tự công cộng. Trong hồ sơ vụ án thể hiện Nguyễn Văn Hưng không trực tiếp gây nên cái chết cho anh Đỗ Văn Thành, nhưng đã cùng đồng bọn sử dụng gậy đuổi theo và đánh anh Thành và anh Dũng. Đây là điểm còn chưa được làm sáng tỏ, đáng ra Hội đồng xét xử cần tách riêng từng bị cáo ra để hỏi, hướng cho Kiểm sát viên và Luật sư bào chữa tranh luận để làm rõ thêm về hành vi của Hưng xem có đồng phạm tội giết người hay không? Riêng về tội gây rối trật tự công cộng trên trục đường giao thông thuộc khu vực dân cư làm mất trật tự công cộng, anh Thành bị chết là hậu quả nghiêm trọng của hành vi gây rối trật tự công cộng do Hưng và đồng bọn gây ra. Tòa án cấp phúc thẩm cho rằng, hành vi gây rối của Nguyễn Văn Hưng chưa gây hậu quả nghiêm trọng nên tuyên bố bị cáo không phạm tội gây rối trật tự công cộng là bỏ lọt tội phạm. Như vậy, mặc dù trong hồ sơ cũng như tại phiên tòa đều có thể hiện hành vi phạm tội của bị cáo Nguyễn Văn Hưng nhưng rõ ràng Hội đồng xét xử không hướng cho việc tranh luận đi vào chiều sâu, việc tranh tụng tại phiên tòa mang tính hời hợt hình thức nên đã bỏ lọt tội phạm. Đây là sai lầm rất nghiêm trọng nên Tòa án cấp giám đốc thẩm đã hủy án.
Thực tế còn có những sai sót như có hành vi tuy Viện kiểm sát không truy tố nhưng Tòa án vẫn xét xử, công tác chuẩn bị xét xử còn có trường hợp chưa thật chu đáo, ngay cả những vụ án lớn được dư luận quan tâm. Đây là những sai sót thể hiện còn có Thẩm phán vẫn chưa thực sự thấm nhuần tinh thần của Nghị quyết 08/NQ-TW về cải cách tư pháp, nâng cao hiệu quả tranh tụng tại phiên tòa. Có trường hợp việc lập kế hoạch xét hỏi còn sơ sài nên khi có tình huống mới phát sinh tại phiên tòa thì Chủ tọa thường lúng túng trong cách xử lý. Ví dụ: Có bị cáo ra tòa không nói gì chỉ im như bị câm, mặc dù bị cáo không bị câm, Chủ tọa phiên tòa không biết xử lý thế nào đành hoãn phiên tòa