Sau khi có phiên tòa mẫu, các Tòa án đã rút kinh nghiệm để tổ chức xét xử theo tinh thần cải cách tư pháp. Nhiều phiên tòa xét xử đã thể hiện được sự công bằng dân chủ nghiêm minh, đảm bảo cho việc tranh tụng công khai bình đẳng giữa Luật sư và Kiểm sát viên, ví dụ như phiên tòa: từ ngày 17 đến 22 tháng 11 năm 2004 xét xử bị cáo Nguyễn Văn Thông bị truy tố về tội cướp tài sản theo điểm d khoản 2 Điều 133 Bộ luật hình sự. Chủ tọa phiên tòa đã lắng nghe lời bào chữa của Luật sư bảo vệ quyền lợi hợp pháp cho bị cáo, yêu cầu Kiểm sát viên tranh luận với những lập luận mà Luật sư đưa ra, căn cứ vào những chứng cứ đã được thẩm tra tại phiên tòa, sự phù hợp giữa các chứng cứ đó để kết luận tội danh mà Viện kiểm sát truy tố với bị cáo là không có căn cứ, bị cáo phạm tội theo tội danh khác với khung hình phạt nhẹ hơn, qua đó có được phán quyết khách quan đúng pháp luật, đúng với hành vi mà bị cáo đã thực hiện, đảm bảo được tính giáo dục của pháp luật.
Một ví dụ khác về phiên tòa xét xử theo đúng tinh thần cải cách tư pháp là vụ án xét xử Bùi Huy Viết vào ngày 7/12/2004. Bị cáo bị truy tố tội cố ý gây thương tích theo khoản 3 Điều 104 Bộ luật hình sự. Quá trình tranh luận tại phiên tòa diễn ra khá sôi động với việc đưa ra những chứng cứ và chứng minh luận điểm của mình, giữa Kiểm sát viên thực hành quyền công tố tại phiên tòa và Luật sư bảo vệ quyền lợi cho bị cáo. Luật sư bào chữa cho bị cáo đã đưa ra những câu hỏi để chứng minh cho luận điểm: với điều kiện
hoàn cảnh khách quan cũng như tình thế buộc bị cáo phải dùng dao để tự vệ, tuy nhiên đã vượt quá giới hạn cho phép. Nên hành vi của bị cáo chỉ có thể phạm tội cố ý gây thương tích do vượt quá giới hạn phòng vệ chính đáng. Còn Kiểm sát viên lại hỏi bị cáo về những tình tiết để bảo vệ cáo trạng, bảo vệ quan điểm: bị cáo phạm tội trong bối cảnh hoàn toàn có thể dùng cách thức khác để tự vệ, đồng thời thương tích của bị hại là do bị cáo mong muốn gây ra. Căn cứ vào kết quả tranh luận đó của các bên, qua việc đánh giá kiểm tra các chứng cứ tại phiên tòa, Hội đồng xét xử nhận định: hành vi vi phạm của phía bị hại dẫn đến sự kích động mạnh của bị cáo về mặt tâm lý và hậu quả đáng tiếc đã xảy ra, do đó Viện kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố bị cáo về tội cố ý gây thương tích là chưa chính xác, mà hành vi của bị cáo phạm tội cố ý gây thương tích trong trạng thái tinh thần bị kích động mạnh theo Điều 105 Bộ luật hình sự. Tại phiên tòa, Luật sư bào chữa cho rằng bị cáo phạm tội cố ý gây thương tích do vượt quá giới hạn phòng vệ chính đáng là không có căn cứ. Từ nhận định đó Tòa án đã có phán quyết đúng người, đúng tội, đúng pháp luật.
Trong tranh tụng tại phiên tòa, ngoài vai trò chính điều khiển phiên tòa của Hội đồng xét xử, vai trò xét hỏi của Kiểm sát viên và Luật sư cũng rất quan trọng bởi họ là hai bên đối tụng. Luật sư xét hỏi để chuẩn bị cho quá trình tranh luận có những chứng cứ thuyết phục những người tham dự phiên tòa theo hướng gỡ tội cho bị cáo. Đại diện Viện kiểm sát là bên buộc tội, nên việc chủ động xét hỏi để có lời luận tội khách quan phù hợp với những chứng cứ được thẩm tra đánh giá tại phiên tòa. Có những phiên tòa đã diễn ra như vậy mà phiên tòa ngày 16 đến 18/8/2004 là một ví dụ: Các bị cáo Đỗ Văn Thanh, Đặng Tùng Giang, Ngô Duy Hoàng, Đặng Thị Ngọc Kim, Nguyễn Thị Kim Thoa, Hoàng Thanh Tùng, Hà Duy Linh, ứng Trường Giang, Nguyễn Phương Thảo bị truy tố về "Tội cướp tài sản" theo điểm d khoản 2 Điều 133 và "Tội bắt giữ hoặc giam người trái pháp luật" theo khoản 1 Điều 123 Bộ luật hình sự. Sau phần xét hỏi đại diện Viện kiểm sát tại
phiên tòa đã đánh giá chứng cứ, phân tích tính chất của hành vi phạm tội mà các bị cáo đã
thực hiện, căn cứ Điều 221 Bộ luật tố tụng hình sự rút truy tố các bị cáo Đỗ Văn Thanh, Đặng Tùng Giang, Ngô Duy Hoàng, Đặng Thị Ngọc Kim, Nguyễn Thị Kim Thoa, Hoàng Thanh Tùng, Hà Duy Linh, ứng Trường Giang, Nguyễn Phương Thảo về "Tội bắt giữ hoặc giam người trái pháp luật" theo điểm d khoản 2 Điều 123 Bộ luật hình sự.
Sau khi nhận định Hội đồng xét xử thấy rằng: Trong hoàn cảnh các bị cáo và bị hại cùng rủ nhau vui chơi. Sau khi tra hỏi, dọa nạt người bị hại và các bị cáo vẫn ngồi chung với nhau một phòng không thể hiện việc các bị cáo giam cầm, bắt trói người bị hại vào một nơi khác. Hành vi các bị cáo thực hiện chỉ là thủ đoạn để thực hiện hành vi cướp. Hơn nữa, các bị cáo không giữ hai người bị hại để tra hỏi, đe dọa thì các bị cáo không thực hiện được hành vi cướp tài sản. Nên không cấu thành "Tội bắt giữ hoặc giam người trái pháp luật" như bản cáo trạng truy tố. Tại phiên tòa, Kiểm sát viên rút truy tố các bị cáo Đỗ Văn Thanh, Đặng Tùng Giang, Ngô Duy Hoàng, Đặng Thị Ngọc Kim, Nguyễn Thị Kim Thoa, Hoàng Thanh Tùng, Hà Duy Linh, ứng Trường Giang, Nguyễn Phương Thảo về "Tội bắt giữ hoặc giam người trái pháp luật" là có căn cứ đúng pháp luật.
Như vậy, tiếp sau phiên tòa mẫu rất nhiều phiên tòa của Tòa án các cấp đã được tổ chức theo đúng tinh thần công bằng, dân chủ, công khai, phán quyết trên cơ sở quá trình tranh tụng tại phiên tòa, nhưng thực tế cho thấy cũng còn những phiên tòa chưa đáp ứng được yêu cầu của cải cách tư pháp, và tinh thần tranh tụng.