Bên cạnh những kết quả đạt được, hiện trạng Tuyên Quang vẫn là một trong những tỉnh nghèo, trình độ phát triển kinh tế 5 năm qua của tỉnh vẫn còn thấp so với nhiều tỉnh trong khu vực và cả nước do thiếu chiến lược phát triển kinh tế, thiếu những khâu đột phá để phát huy tiềm năng thế mạnh của địa phương. Nói một cách khác, tiềm năng và thế mạnh rất nhiều nhưng còn bị lãng quên hoặc chưa được đánh thức. Sản xuất nông nghiệp còn chiếm tỷ trọng cao trong cơ cấu kinh tế, sản xuất công nghiệp - xây dựng và các ngành dịch vụ tăng ở mức thấp, nguồn thu ngân sách trên địa bàn còn quá nhỏ bé. Chuyển dịch cơ cấu kinh tế và tốc độ công nghiệp hóa, hiện đại hóa còn chậm; công tác quy hoạch chưa được chú trọng đúng mức ngay từ đầu. Các vùng kinh tế trọng điểm chậm hình thành. Sản xuất nông, lâm nghiệp chưa tạo được hàng hóa có giá trị cao. Việc huy động các nguồn lực cho đầu tư phát triển còn hạn chế; các dự án đầu tư công nghiệp quy mô nhỏ, tiến độ đầu tư chậm, các thành phần kinh tế chưa mạnh dạn đổi mới công nghệ sản xuất, nhất là trong lĩnh vực chế biến nông, lâm sản; quy mô sản xuất, kinh doanh của các doanh nghiệp còn nhỏ bé. Một số lĩnh vực văn hóa xã hội còn bất cập so với yếu cầu. Đời sống của các hộ thoát nghèo và thành tích đạt được trong giáo dục - đào tạo nhất là chất lượng chưa thật vững chắc. Các hộ nghèo ở vùng sâu, vùng xa, vùng các dân tộc ít người còn chưa được quan tâm đúng mức và thường xuyên. Dân chủ trong sinh hoạt Đảng chưa thực sự được phát huy đúng mức. Việc đổi mới nội dung và phương thức hoạt động của Mặt trận và các đoàn thể ở một số cơ sở còn chậm. Một số phong trào quần chúng chưa có chiều sâu.
Thực hiện Quy chế dân chủ ở cơ sở một số nơi chưa được chú trọng, còn hình thức. Công tác đào tạo, sử dụng cán bộ đôi lúc chưa theo quy hoạch, chưa phát huy được hết trí tuệ của đội ngũ cán bộ khoa học kỹ thuật trong phát triển kinh tế - xã hội. Nguyên tắc tập trung dân chủ đôi lúc chưa được thực hiện đúng thực chất của nó. Tự phê bình và phê bình cần được thực hiện tốt hơn nữa. Đoàn kết nội bộ trong một số cấp ủy cần được chăm lo và củng cố thường xuyên hơn. Bộ máy chính quyền các cấp chưa thật năng động trong điều hành công việc, quản lý nhà nước trên một số lĩnh vực còn hạn chế. Một số việc thuộc thẩm quyền chưa được giải quyết kịp thời, dứt điểm, còn né tránh và đùn đẩy trách nhiệm.
Việc tổ chức sắp xếp lại thôn bản một số nơi còn hình thức, chưa thuận lợi cho quản lý của chính quyền và sinh hoạt của nhân dân. Công tác xây dựng chính quyền ở một số cơ sở chưa được quan tâm đúng mức. Công tác tiếp dân, tiếp xúc cử tri tuy đã được cải tiến nhưng còn nhiều nội dung chưa được giải quyết thuyết phục cho dân khi đến với cơ quan chính quyền.
Những tồn tại trên đây không chỉ cản trở sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh mà còn ảnh hưởng nhất định đến niềm tin của nhân dân đối với sự lãnh đạo của các cấp ủy Đảng, sự quản lý điều hành của các cấp chính quyền.