Trước hết phải nói rằng cà phê vối của Việt Nam nói chung và của VINACAFE nói riêng về bản chất vốn có của nó là ngon. Có thể là do cà phê vối hầu hết được trồng trên các vùng cao như các cao nguyên Buôn Ma Thuột, Pleiku, Đức Trọng, Di Linh. Nhưng do khâu thu hoạch, chế biến và bảo quản chưa tốt nên chất lượng còn rất hạn chế. Cụ thể:
Thông thường một vụ cà phê người ta thu hái làm nhiều đợt. Nhưng để tiết kiệm công hái nông dân, các nông trường thường thu hái gọn cả vườn. Người nông dân không đeo các gùi hái các quả cà phê chín bỏ vào gùi nữa mà trải tấm bạt bằng sợi chất dẻo xuống đất quanh gốc cây rồi tuốt quả xuống. Khi đã tuốt xong người ta gom quả cà phê trên các tấm bạt và đựng vào các bao tải chở về nhà phơi. Việc hái theo phương thức này, cà phê sẽ lẫn nhiều cành, lá rụng và cả đất cát ở vườn cà phê.
Cà phê Việt Nam nói chung và VINACAFE nói riêng là độ ẩm quá cao vì thế dễ bị ẩm mốc do khâu phơi sấy, bảo quản chưa tốt. Thực tế, cho thấy cà phê sau khi hái về bị ủ đóng, khi phơi lại phơi tầng dày và được bảo quản khi độ ẩm còn cao hơn mức cho phép (độ ẩm cà phê tối đa có thể chấp nhận được là 13%, độ ẩm đạt 12% là tốt cho việc bảo quản).
Cà phê Việt Nam còn lẫn nhiều tạp chất và cả quả chưa chín. Hậu quả là quả cà phê xanh phơi khô khi xay sẽ không xay được.
Một vấn đề quan trọng nữa tác động đến chất lượng cà phê Việt Nam nói chung và VINACAFE nói riêng là máy móc phục vụ cho sản xuất, chế biến còn quá thiếu thốn, lạc hậu.
Những mặt tồn tại về chất lượng hàng hóa như thế cần phải được quan tâm đúng mức. Theo Ikemote, Trường Đại học Tokyo, thì những rắc rối của ngành cà phê Việt Nam là do sự coi thường về mặt chất lượng cà phê. Cũng chính sự coi thường này
một phần đã dẫn đến sự sản xuất dư thừa cà phê, sự giảm sút về chất lượng đồng thời giảm sút danh tiếng của ngành cà phê.
Chính vì lẽ đó, mặc dù tiêu chuẩn Việt Nam TCVN 4193:2005 (tiêu chuẩn đếm lỗi, phù hợp với tiêu chuẩn của Hiệp Hội Cà Phê Thế Giới) đã được ban hành nhưng đến nay vẫn chưa đi vào thực tế (chỉ có 10% số doanh nghiệp xuất khẩu cà phê trong nước áp dụng và chỉ chiếm 1-2% sản lượng cà phê xuất khẩu).