6. Ví dụ việc ứng dụng microarray trong việc phân loại khố iu
6.2.2. Kết quả thu nhận từ microarray
Các mẫu khối u được thu nhận từ 17 bệnh nhân, 6 nam và 11 nữ. Theo sự phân chia của Lauren thì 8 mẫu được xác định từ ruột và 8 mẫu khuếch tán; 4 mẫu là cardiac, 7 mẫu là corpus và 6 mẫu thuộc vùng antrum. Các dữ liệu thô thu nhận từ microarray được tìm thất trong http://www.lcb.ii.se/~herman/gastric/gastric.html. Các gen được tiến hành xác định, phân tích dựa trên 6 thông số (bảng 1). Một vài các nhà kỹ thuật viên phân loại thu nhận được có độ chính xác cao và có giá trị AUC (Area-under-curve) rất cao, điều này cho thấy các nhóm của thông số này có thể dùng để dự đoán một mức độ tin cậy khá cao. Kết quả tốt nhất thường được thu nhận khi không có hơn 10 hay 20 gen với bootstrap t-statistic cao.
Các tính chất (tính chính xác, cường độ, tính chuyên biệt, AUC) đã được trình bày ở bảng trên. Mỗi thuật toán đều được tiến hành đánh giá với cross- validation, Số lượng các gen xảy ra trong ít nhất một nhóm phân loại được xác định bằng thuật toán cross-vadidation.
Ở đây xuất hiện một vài vấn đề của việc điều chỉnh quá mức các nhóm phân loại khi trong một chỉ có 3 – 5 mẫu như trong trường hợp thẩm thấu của lớp thành của ruột, di căn xa, gastrin trong niêm mạc. Do đó, ý nghĩa của mỗi phân nhóm được tiến hành đánh giá với phép hoán vị mà đánh giá khả năng kết quả có thể đạt
2000 mẫu tổ hợp dữ liệu ngẫu nhiên, xáo trộn các nhóm đã đánh dấu các thông số. Cách tiến hành đánh giá theo full-cross-validation được lặp lại đối với mỗi nhóm dữ liệu ngẫu nhiên và ghi nhận lại giá trị AUC. Giá trị P sẽ được đánh giá bằng cách đếm số lượng các dữ liệu ngẫu nhiên có giá trị AUC cao hơn hay bằng với giá trị AUC gốc (được trình bày ở bảng 2). Kết quả phân tích này cho thấy rằng các nhóm phân loại mô học của Lauren, di căn hạch bạch huyết có kết quả đáng tin cậy và thuyết phục. Phân nhóm cho sự định cư của khối u cho thấy giá trị P dưới 0.05 và đáng được ghi nhận lại. Việc khuyết tán của thành ruột có một giá trị hơi cao so với giá trị 0.05 và đây được xem là ranh giới. Do đó, phân nhóm này cần phải được xử lý một cách thận trọng hơn. Đối với trường hợp có sự di căn xa và gastrin huyết thanh có giá trị P trên 0.1 và đương nhiên không có giá trị sử dụng.