3. Nguyên tắc hoạt động của DNA microarray như thế nào? 1 Cấu trúc và chức năng của DNA microarray
3.5. Re-sequencing by hybridisation
Đáng lưu ý rằng việc sử dụng microarray không giới hạn trong việc phân tích sự biểu hiện của gen. Sử dụng oligonucleotide với tần suất cao cho việc re- sequencing bởi phép lai phân tử cho phép việc xác định đột biến và single nucleotide polymorphisms (SNPs) trong chuỗi gen đã biết. Sau khi khuếch đại và đánh dấu, mẫu được đem xét nghiệm tiến hành lai với oligonucleotides trên phiến array. Việc sử dụng microarray chứa đựng gồm các olionucleotides bổ sung với mỗi bốn base trên mỗi vị trí một cách hiệu quả cho phép một chuỗi trình tự DNA chưa biết có thể quyết định dựa trên việc lai mẫu thí nghiệm (hình 4.4). Hiện nay, sequencing bởi việc sử dụng phương tiện DNA microarray gặp nhiều hạn chế bởi những khó khăn gặp được trong suốt quá trình tiến hành thí nghiệm lai, do đó, việc xác định bất kỳ một đột biến nào được tìm thấy là rất cần thiết trước khi kỹ thuật này khi được ứng dụng vào mục đích chẩn đoán. Hơn nữa, kỹ thuật này gặp thất bại khi nếu các đột biến hay những độ chênh lệch trong các chuỗi như là việc xen vào hay xóa bỏ các chuỗi nucleotide. Đối với lý do này, phương pháp sequencing được xem như là phương pháp hữu hiệu. Đương nhiên, trong tương lai, tình trạng này có thể bị thay đổi trong việc thiết kế phiến array cũng như là quá trình thực hiện trên dữ liệu thông bioinformativà cs
Hình 4.4 Re-sequencing DNA sử dụng phiến oligonucleotide microarray. Các mẫu lai duy nhất với các oligonucleotide bổ sung một cách hoàn hảo. Do vị trí và chuỗi trình tự của oligonucleotides trên phiến array đã được biết, chuỗi trình tự của các mẫu thí nghiệm có thể bị giảm từ các mẫu lai phân tử. Trục X cho thấy các chuỗi trình tự được đọc từ các mẫu lai trên phiến array. Trục Y quyết định cường độ của các base tại vị trí trên phiến array.