Theo các tài liệu từ trước năm 1975, rừng ngập mặn Khánh Hòa chiếm diện tích khoảng 2.500 ha, phân bố dọc theo suốt chiều dài của tỉnh ở vùng ven biển và hải đảo, tập trung chủ yếu ở các đầm Môn, đầm Nha Phu, đầm Thủy Triều, hòn Già, hòn Tre … chính rừng ngập mặn đã góp phần phát triển nguồn lợi hải sản tự nhiên vô cùng to lớn tại các nơi đây.
Dựa vào các kết quả điều tra khảo sát, hệ thực vật rừng ngập mặn Khánh Hòa rất phong phú và đa dạng so với các tỉnh duyên hải miền trung. Thuộc địa phận phường Vĩnh Nguyên (thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa), rừng Đầm Bấy với sự hiện diện của nhiều loài cây ngập mặn như sú, vẹt, đước… từng một thời phủ xanh khu vực Đông Nam đảo Hòn Tre
Hiện tại ở Khánh Hòa chỉ còn hơn 104ha rừng ngập mặn, phân bố rất phân tán trong phạm vi toàn tỉnh, hầu hết là trong vùng nuôi trồng thủy sản của các hộ dân. Với 37,33ha ở vùng đầm Nha Phu; 15,64ha ở vùng cửa sông Vĩnh Trường (Nha Trang).
Rừng ngập mặn không chỉ có giá trị về mặt môi trường, sinh thái mà còn có thể trở thành một tài nguyên du lịch đáng giá tại khu vực Khánh Hòa nói chung và vịnh Nha Trang nói riêng. Rừng ngập mặn giúp làm đa dạng sinh học tại vùng vịnh này, khiến cho các loài thủy sinh ngày càng phát triển, sinh sôi, nảy nở, giúp tái tạo hệ sinh thái tự nhiên. Trong sự phát triển bùng nổ của hoạt động du lịch tại đây, việc duy trì hệ thống rừng ngập mặn phát triển sẽ giúp cho vịnh Nha Trang hướng đến một nền công nghiệp du lịch bền vững hơn, đa dạng hơn các loại hình du lịch trong vịnh.