Các vi sinh vật phân giải dầu chủ yếu là nhóm vi khuẩn, nấm men, nấm mốc. Các công trình nghiên cứu về nấm sợi ở RNM của các tác giả trên thế giới như: Từ năm 1895 Miyoshi đã công bố công trình nghiên cứu về khả
năng phân huỷ parafin trong dầu mỏ của vi sinh vật. 1906-Rahn nghiên cứu khả năng phân giải parafin bởi nấm mốc. Năm 1925, Tauson đã phát hiện thấy khả năng phân giải cacbuahydro của vi khuẩn. Đến năm 1940, rất nhiều nhà khoa học trong các phòng thí nghiệm trên thế giới đi sâu nghiên cứu sử
dụng vi sinh vật trong thăm dò và khai thác dầu khí. Năm 1961, Fush thống kê có 26 giống trong đó có 75 chủng phân giải cacbuahydro mạch thẳng, 25 chủng phân giải cacbuahydro mạch vòng. Sau đó, các nhà khoa học Kom- agata, Nakase, Kasuio đã phân lập được 498 chủng nấm men có khả năng phân giải cacbuahydro.
Số lượng các loài VSV có khả năng phân giải dầu mỏ được công bố
ngày càng nhiều. Chúng thuộc các nhóm vi khuẩn, nấm men, nấm sợi và cả
xạ khuẩn.
Vi khuẩn: Bacillus, Bacterium, Flavobacterium, Micrococcus, Pseudomonas, Vibrio, Mycobacterium.
Nấm men: Candida(chủ yếu), Endomyces.
Nấm sợi: Penicilium, Aspergillus.
Xạ khuẩn: Actinomyces, Streptomyces.
Trong số các nhóm vi sinh vật thì vi khuẩn và nấm sợi là hai nhóm đã tìm thấy nhiều loài có khả năng phân giải dầu mạnh. Nấm sợi phát triển mạnh trên môi trường có n-ankan mạch thẳng nhưng yếu hơn ở mạch nhánh. Vi sinh vật trong môi trường có dầu mỏ, với điều kiện thích nghi chúng có thể sử
dụng các thành phần cacbuahydro của dầu mỏ làm cơ chất dinh dưỡng nguồn cacbon [28].
Sự phân huỷ sinh học không phải là một khái niệm mới. Các nhà khoa học đã nghiên cứu từ năm 1940. Tuy nhiên, nó chỉ được biết đến rộng rãi như
là một công nghệ cho việc làm sạch các vùng ven bờ bị ô nhiễm do sự cố tràn dầu tiêu biểu như trường hợp xử lí tai nạn tràn dầu ở Prince William Sound vào năm 1989 (Hoff, 1993).
Nấm trên thế giới đã được nghiên cứu và hệ thống hoá từ lâu. Nhưng mô tả đầu tiên về nấm biển xuất hiện trong RNM là nhà nghiên cứu nấm Cribb và Cribb (1955, 1956, 1960) ở Australia, về nhóm Philophorophoma littoralis Linder. Tiếp đến là Kohlmeyer (1966, 1968, 1969). Năm 1979 Kohlmeyer và cộng sự đẫ đưa ra danh sách 42 loài vi nấm RNM (23 loài thuộc Ascomyco-tina, 17 loài thuộc Deuterromycotyna, 2 loài thuộc
basidiomycotina). Năm 1987, Hyde và Jones 89 loài nấm từ cây Rhizophora mucronata lanak (Ấn Độ). Gần 300 chủng nấm từ lá cây, chủ yếu là nấm kí
sinh [33]. Bên cạnh đó, cũng có những công trình nghiên cứu hệ vi nấm khác trên lá của cây Heliconia marina ở Costa Rica và ở nam Mexico. Qua tổng hợp, so sánh người ta đã ghi nhận được một số loài vi nấm đặc trưng của vùng Caribê như: Clordium phacosporum var cubense, Cylinsympodiella sp.
Lauriomyces pulchra và Solheimia costaspora. (JD Polishook et al, 1996). Chủ yếu là các loài nấm sợi có khả năng phân giải xenluloza, protein, kitin. Riêng về nấm sợi phân giải dầu ở RNM còn tản mạn.
Tại Việt Nam, có công trình nghiên cứu nấm sợi có khả năng phân giải dầu thô ở các giếng khoan dầu khí thuộc tỉnh Thái Bình, Vũng Tàu của tác giả Lại Thuý Hiền. Nghiên cứu tính đa dạng và vai trò của nấm sợi phân lập từ RNM ở tỉnh Thái Bình và Nam Định của Mai Thị Hằng, 2003. Cũng theo các nhà nghiên cứu, vi sinh vật RNM ven biển đồng bằng sông Hồng và Cần Giờ tìm thấy có khoảng 83/199 chủng nấm có khả năng phân giải dầu mỏ ở mức độ khác nhau, một số chủng nấm sợi thuộc các chi Penicillium, Aspergillus, Cladosporium, Paeci-lomyces có khả năng phân giải mạnh dầu DO. Ngoài ra các nhà nghiên cứu còn thấy các chủng nấm sợi hiện diện ở