Đại hội xã viên: Đại hội xã viên có quyền quyết định cao nhất của HTX. Tại Đại hội xã viên, xã viên sẽ thảo luận và quyết định những vấn đề quan trọng của HTX như: xây dựng tiêu chuẩn xã viên khi tham gia HTX; phương hướng, kế hoạch sản xuất, kinh doanh của HTX; xác định vốn tối thiểu, tăng, giảm vốn điều lệ và cách thức huy động vốn; xác định giá trị tài sản chung của HTX; phương hướng phân phối lãi theo vốn góp, công sức đóng góp và theo mức độ sử dụng dịch vụ của xã viên, xác định các quỹ và tỷ lệ cụ thể trích lập các quỹ của HTX; thành lập riêng hay không thành lập riêng bộ máy quản lý và bộ máy điều hành HTX; bầu, bãi miễn Ban quản trị, Trưởng ban quản trị, Ban kiểm soát, Trưởng ban kiểm soát; mức tiền công, tiền lương, tiền thưởng cho các chức danh chủ chốt của HTX; các đối tượng được HTX đóng bảo hiểm xã hội bắt buộc tùy theo khả năng của HTX; sửa đổi Điều lệ, Nội quy HTX.
Luật HTX (sửa đổi) đã quy định cơ cấu tổ chức của các HTX. Các HTX có thể chỉ tổ chức 1 bộ máy vừa quản lý vừa điều hành, cũng có thể tổ chức riêng bộ máy quản lý và bộ máy điều hành và có quyền thuê người điều hành tùy theo điều kiện, nhu cầu của mình. Cụ thể:
Đối với HTX chỉ tổ chức 1 bộ máy vừa quản lý vừa điều hành:
- Ban quản trị HTX có quyền và nhiệm vụ như sau: Bổ nhiệm, miễn nhiệm phó chủ nhiệm HTX theo đề nghị của Chủ nhiệm HTX; Bổ nhiệm, miễn nhiệm, thuê hoặc chấm dứt hợp đồng thuê kế toán trưởng (nếu HTX có chức danh này); quyết định cơ cấu tổ chức các bộ phận nghiệp vụ chuyên môn chủa HTX; tổ chức thực hiện nghị quyết của Đại hội xã viên; chuẩn bị báo cáo về kế hoạch sản xuất, kinh doanh, huy động vốn và phân phối lãi của HTX, báo cáo hoạt động của Ban quản trị trình Đại hội xã viên; chuẩn bị chương trình nghị sự của Đại hội xã viên và triệu tập Đại hội xã viên; đánh giá kết quả sản xuất, kinh doanh của HTX; duyệt báo cáo quyết toán tài chính để trình Đại hội xã viên; tổ chức thực hiện các quyền và nghĩa vụ của HTX; xét kết nạp xã viên mới và giải quyết việc xã viên ra HTX (trừ trường hợp khai trừ) và báo cáo để Đại hội xã viên thông qua; đại diện chủ sở hữu tài sản của HTX và doanh nghiệp trực thuộc nếu HTX có doanh nghiệp; kiểm tra, đánh giá công việc của Ban quản trị chịu trách nhiệm về các quyết định của mình trước Đại hội xã viên và trước pháp luật.
- Chủ nhiệm HTX là người đứng đầu Ban quản trị vừa thực hiện chức năng quản lý vừa thực hiện hiện chức năng điều hành với các quyền và nhiệm vụ sau: Đại diện HTX theo pháp luật; thực hiện kế hoạch sản xuất, kinh doanh và điều hành các công việc hàng ngày của HTX; tổ chức thực hiện các quyết định của Ban quản trị HTX; trừ các chức danh thuộc thẩm quyền của Đại hội xã viên và Ban quản trị HTX; ký kết các hợp đồng nhân danh HTX;trình báo cáo quyết toán tài chính hàng năm lên Ban quản trị HTX; đề nghị với Ban quản trị về phương án bố trí cơ cấu tổ chức HTX; tuyển dụng lao động, trừ trường hợp thuộc thẩm quyền của Ban quản trị HTX; các quyền khac được quy định tại Điều lệ HTX, nghị quyết của Đại hội xã viên; chịu trách nhiệm trước Đại hội xã viên và Ban quản trị về công việc được giao; khi vắng mặt, Chủ nhiệm HTX ủy quyền cho Phó chủ nhiệm hoặc một thành viên Ban quản trị HTX điều hành công việc của HTX.
- Ban quản trị ngoài việc thực hiện những quyền và nhiệm vụ như Ban quản trị đối với trường hợp HTX chỉ tổ chức một bộ máy vừa quản lý vừa điều hành, còn có quyền bổ nhiệm, miễn nhiệm, thuê hoặc chấm dứt hợp đồng thuê Chủ nhiệm HTX theo nghị quyết Đại hội xã viên.
- Trưởng ban quản trị là người đứng đầu Ban quản trị với các quyền và nhiệm vụ: đại diện HTX theo pháp luật; lập chương trình, kế hoạch hoạt động của Ban quản trị; triệu tập và chủ trì các cuộc họp của Ban quản trị và Đại hội xã viên; ký các quyết định của Đại hội xã viên và Ban quản trị; chịu trách nhiệm trước Đại hội xã viên và Ban quản trị về công việc được giao; các quyền, nhiệm vụ khác do Điều lệ HTX quy định.
- Chủ nhiệm là người đứng đầu bộ máy điều hành có các quyền và nhiệm vụ sau: Thực hiện kế hoạch hoạt động sản xuất, kinh doanh và điều hành các công việc hàng ngày của HTX; tổ chức thực hiện các quyết định của Ban quản trị; ký kết các hợp đồng nhân danh HTX do Ban quản trị HTX ủy quyền; trình báo cáo quyết toán tài chính hàng năm lên Ban quản trị; đề nghị với Ban quản trị về phương án bố trí cơ cấu tổ chức HTX; tuyển dụng lao động theo ủy quyền của Ban quản trị; các quyền khác được quy định trong Điều lệ, nghị quyết của Đại hội xã viên và hợp đồng ký kết với Ban quản trị.
Ban kiểm soát: Các HTX đều phải thành lập Ban kiểm soát để thực hiện việc kiểm tra, giám sát mọi hoạt động của HTX theo quy định của Điều lệ, nội quy, nghị quyết của HTX và theo đúng pháp luật. Vai trò của Ban kiểm soát trong các HTX là rất lớn. Nó đảm bảo cho tính rõ ràng minh bạch và sự lành mạnh của HTX.
Quỹ của HTX: HTX bắt buộc phải lập 2 quỹ, đó là quỹ phát triển sản xuất và quỹ dự phòng. Việc có lập các quỹ khác hay không do HTX tự quyết định phù hợp với điều kiện và nhu cầu của HTX.
Tài sản chung của HTX: Luật HTX (sửa đổi) quy định rõ trong HTX hình thành bộ phận tài sản chung, bao gồm các công trình phục vụ sản xuất, phúc lợi xã hội của cộng đồng dân cư. Các công trình này được hình thành từ quỹ phát triển sản xuất, quỹ phúc lợi của HTX và có thể từ nguồn vốn do Nhà nước trợ cấp, quà biếu, tặng
của các tổ chức và cá nhân. Luật cũng quy định cụ thể việc giải quyết các tài sản này trong trường hợp giải thể HTX.
Phân phối lãi: Luật HTX (sửa đổi) đã quy định cho phép HTX trả bù các khoản lỗ của năm trước khi thực hiện việc đóng thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Sau khi thực hiện xong nghĩa vụ nộp thuế, lãi của HTX được dành để trích lập quỹ, trong đó ưu tiên việc trích lập vào các quỹ phát triển sản xuất và quỹ dự phòng. Số lãi còn lại sẽ được phân chia cho xã viên theo vốn góp, công sức đóng góp và theo mức độ sử dụng dịch vụ.
Tổ chức lại, giải thể HTX: Luật HTX (sửa đổi) đã quy định rõ thủ tục, quy trình thực hiện việc tổ chức lại HTX trong từng trường hợp khi HTX muốn sáp nhập, hợp nhất, chia, tách hoặc giả thể. Điều này tạo thuận lợi cho các HTX trong việc tổ chức HTX cho hợp lý phù hợp với những biến đổi của tình hình kinh tế trong và ngoài nước.