Từ khi bắt đầu tiến hành thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp cho đến nay bên cạnh những kết quả tích cực mà việc thu phí đem lại trên cả lĩnh vực kinh tế và môi trường thì mô hình thu phí vẫn gặp nhiều khó khăn và vướng mắc cần phải giải quyết.
Quá trình thu phí quá rườm rà, rắc rối dẫn đến việc thu phí chậm chạp, nhiêu khê.
Do diện tích tỉnh Nam Định tương đối rộng và các doanh nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh được thành lập trên toàn tỉnh, mà cán bộ tổ thu phí chỉ bao gồm có 7 thành viên nên việc tiến hành khảo sát và xác định số lượng doanh nghiệp có trên địa bàn tỉnh là rất khó khăn và không chính xác, bỏ sót nhiều doanh nghiệp. Vì vậy có nhiều doanh nghiệp thuộc đối tượng phải nộp phí nhưng lại không phải nộp. Như vậy vừa không thể kiểm soát được lượng nước thải công nghiệp thải ra môi trường gây ô nhiễm môi trường vừa làm
thất thu một khoản phí cho ngân sách nhà nước, không răn đe được các doanh nghiệp đó trong vấn đề bảo vệ môi trường.
Kinh phí dành cho việc thu phí nước thải công nghiệp còn ít nên không thể tiến hành thẩm định, kiểm tra định kì lượng nước thải thải ra của các doanh nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh nên việc tiến hành thu phí vẫn dựa vào lượng nước thải mà các doanh nghiệp kê khai từ năm 2004 nên số phí các cơ sở sản xuất kinh doanh phải nộp sẽ không chính xác. Nguyên nhân là do các cơ sở sản xuất kinh doanh thường xuyên thay đổi công suất theo hướng sản xuất ngày càng nhiều sản phẩm hàng hóa, như vậy khối lượng nước thải mà họ thải ra là lớn hơn khi Sở tiến hành thẩm định và số phí thực phải nộp sẽ lớn hơn số phí mà họ nộp.
Các doanh nghiệp tự kê khai khối lượng nước thải thải ra môi trường và hàm lượng chất gây ô nhiễm có trong nước thải nhưng các doanh nghiệp đã không kê khai chính xác số lượng nước thải thải ra. Họ đều kê khai ít đi để giảm số phí phải nộp. Trên thực tế tổng lượng nước thải và hàm lượng chất gây ô nhiễm có trong nước thải của các cơ sở sản xuất kinh doanh lớn hơn rất nhiều so với lượng mà họ đã kê khai. Như vậy, số phí mà các cơ sở sản xuất phải nộp sẽ lớn hơn rất nhiều. Vì vậy ngân sách nhà nước đã bị thất thoát một khoản tiền lớn, số phí hiện tại thu được không đủ để bù đắp được chi phí phải bỏ ra để khắc phục ô nhiễm môi trường do các cơ sở sản xuất kinh doanh gây ra.
Thực tế là có nhiều doanh nghiệp không chịu nộp phí nước thải công nghiệp đặc biệt là các doanh nghiệp ở các huyện. Có nhiều cơ sở sản xuất kinh doanh khi được thông báo số phí phải nộp nhưng họ không nộp vào tài khoản “tạm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải” tại Kho bạc nhà nước. Cán bộ của tổ thu phí phải đến tận nơi để thu, phải đi rất nhiều lần xuống tận các huyện cách thành phố Nam Định 40, 50 cây số: Xuân Trường, Hải Hậu,
Nghĩa Hưng. Tuy nhiên có doanh nghiệp nộp nhưng cũng có doanh nghiệp chống đối không nộp hoặc nộp không đủ.
Có một số doanh nghiệp mặc dù nằm trong KCN nhưng chỉ là các trụ sở điều hành, chi nhánh, văn phòng không hoạt động sản xuất, thuộc đối tượng nộp phí nước thải sinh hoạt nhưng vẫn không được phân loại. Cả doanh nghiệp và nhà quản lý đều lung túng nên chậm kê khai nộp phí nước thải công nghiệp.
Mặc dù Sở Tài nguyên và Môi trường đã ban hành thông báo về nồng độ các chất ô nhiễm áp dụng để tính phí nước thải công nghiệp của từng ngành sản xuất kinh doanh, nhưng vẫn chưa tiến hành thống kê, quan trắc và xác định được hết nồng độ các chất ô nhiễm có trong nước thải của một số ngành, gây khó khăn cho việc thu phí.
Tại các làng nghề, các cơ sở sản xuất theo hộ gia đình, nước thải sinh hoạt và nước thải công nghiệp đều thải ra từ cùng một nguồn nên nhiều doanh nghiệp phải nộp cả hai loại phí nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt cho cùng một nguồn thải nên họ thắc mắc, không nộp phí và nhà quản lý cũng lúng túng trong việc này.
Nhận thức của người dân và doanh nghiệp về vấn đề môi trường còn hạn chế, họ chưa có ý thức cao trong việc bảo vệ môi trường, doanh nghiệp còn chú trọng nhiều hơn đến mục tiêu lợi nhuận mà coi nhẹ mục tiêu môi trường, không chú trọng đến việc đầu tư hệ thống xử lý chất thải, giảm thiểu ô nhiễm. Và khi phải đóng thêm một khoản phí nước thải công nghiệp - khoản phí mà trước kia họ chưa bao giờ phải đóng, đã làm giảm doanh thu của doanh nghiệp nên họ cố tình chống đối không nộp phí hoặc nộp thiếu.
Để mô hình quản lý môi trường bằng công cụ phí nước thải công nghiệp đạt hiệu quả cao hơn tỉnh Nam Định nói chung và Sở Tài nguyên & Môi trường
nói riêng cần phải đưa ra những biện pháp và cơ chế thích hợp để khắc phục những tồn tại trên.