Thực hiện theo nghị định 67/2003/NĐ-CP của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải tỉnh Nam Định đã tiến hành việc thu phí từ năm 2004 nhưng mới chỉ thí điểm ở một số công ty trong thành phố Nam Định và ở một vài huyện. Đồng thời cũng tiến hành xác định số lượng các doanh nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh trên toàn tỉnh, khối lượng nước thải
thải ra môi trường và nồng độ của các chất ô nhiễm có trong nước thải nên đến năm 2005 việc thu phí mới thực sự được tiến hành trên địa bàn toàn tỉnh Nam Định.
Tiến trình thu phí nước thải được thực hiện trình tự theo Thông tư liên tịch số 125/2003/TTLT-BTC-BTNMT ngày 13/12/2003 của liên Bộ Tài Chính – Bộ Tài nguyên & Môi Trường về hướng dẫn thực hiện Nghị định số 67/2003/ NĐ-CP ngày 13/6/2003 của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải.
Để tiến hành thu phí nước thải thuận tiện và đạt hiệu quả cao, một tổ thu phí nước thải đã được thành lập (tổ thu phí thuộc Trung tâm Quan trắc và Phân tích Tài nguyên Môi trường). Tổ thu phí có nhiệm vụ tiến hành thu phí bảo vệ môi trường trên địa bàn tỉnh theo Nghị định 67/2003/NĐ-CP của Chính phủ. Do đặc điểm của các doanh nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh trên địa bàn tỉnh Nam Định đều là các doanh nghiệp vừa và nhỏ nên số tiền phí nước thải công nghiệp phải nộp ít. Vì vậy tỉnh Nam Định tiến hành thu phí nước thải công nghiệp theo quý. Đầu quý tổ thu phí sẽ gửi thông báo số phí nước thải công nghiệp phải nộp cho các cơ sở sản xuất kinh doanh, từ đó các doanh nghiệp sẽ nộp phí vào tài khoản “tạm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp” của trung tâm tại Kho bạc Nhà nước. Còn đối với các cơ sở sản xuất kinh doanh nhỏ, sản xuất theo kiểu hộ gia đình số phí nước thải công nghiệp họ phải nộp một năm là rất nhỏ chỉ khoảng hơn 100.000 đồng, nếu các cơ sở này có yêu cầu thì sẽ tiến hành ra thông báo nộp phí cả năm. Như vậy tạo điều kiện thuận lợi cho cả doanh nghiệp và tổ thu phí.
Thu phí nước thải công nghiệp theo quý có ưu điểm là giúp tiết kiệm được thời gian, chi phí cho cả các nhà quản lý và doanh nghiệp trong việc tiến hành thu phí và nộp phí.