Cơ quan quản lý môi trường là người trực tiếp tiến hành đưa ra quyết định nộp phí và trực tiếp thu phí nên họ đóng một vai trò rất quan trọng trong việc nâng cao hiệu quả của mô hình thu phí nước thải công nghiệp. Để nâng cao hiệu quả của mô hình thu phí trước hết phải khắc phục được những tồn tại về mặt quản lý.
Bộ Tài nguyên & Môi trường phải xây dựng văn bản quy phạm pháp luật và các chế tài xử lý nghiêm khắc các cơ sở sản xuất kinh doanh cố tình chống đối không nộp phí nước thải công nghiệp. Đồng thời nhanh chóng ban hành định mức phát thải các chất gây ô nhiễm trong nước thải công nghiệp để Sở Tài nguyên & Môi trường tính mức phí một cách dễ dàng và chính xác hơn. Sau khi ban hành nghị định phải tổ chức các lớp tập huấn, ban hành rộng rãi cho cán bộ môi trường, cho các doanh nghiệp để hỗ trợ họ trong việc tính phí nước thải.
Hiện nay phương thức thu phí còn quá rườm rà, tốn rất nhiều thời gian và công sức lại không đạt hiệu quả cao. Chính vì vậy Chính phủ phải nghiên cứu đề ra phương thức thu phí mới đạt hiệu quả cao hơn, tránh gây mất nhiều thời gian và chi phí. Chẳng hạn như bỏ giai đoạn doanh nghiệp tự kê khai số lượng nước thải, số phí phải nộp mà cơ quan chức năng trực tiếp tiến hành thống kê số lượng nước thải, sau đó ra thông báo phí cho các doanh nghiệp.
Đưa ra phương thức thu phí phù hợp với từng loại hình sản xuất kinh doanh, có nhiều doanh nghiệp không sản xuất liên tục tất cả các tháng trong năm, có nhiều làng nghề chỉ hoạt động theo mùa vụ như việc nuôi trồng thủy hải sản, mỗi năm họ chỉ sản xuất 1 vụ. Vì vậy chúng ta có thể chọn thời điểm vào cuối mỗi vụ sau khi doanh nghiệp vừa thu hoạch xong thì chúng ta tiến hành ra thông báo nộp phí như thế sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp và ta có thể thu phí được dễ dàng hơn vì đầu vụ và giữa vụ họ còn phải đầu tư vốn vào sản xuất.
Việc kê khai khối lượng nước thải và nồng độ các chất ô nhiễm có trong nước thải của các cơ sở sản xuất kinh doanh được phép sai số 30% nên việc kê khai của doanh nghiệp không chính xác, số liệu mà doanh nghiệp kê khai so với số liệu thực tế có sự chênh lệch khá lớn, gây thất thoát cho ngân sách nhà nước. Ta có thể giảm tỉ lệ sai số dưới 10%, như vậy ta vừa tận thu được số phí nước thải công nghiệp vừa có thể giảm được lượng nước thải thải ra môi trường.
Tăng cường sự phối hợp giữa Sở Tài nguyên & Môi trường với Phòng Tài nguyên & Môi trường, cơ quan quản lý môi trường ở cấp xã kiểm soát các cơ sở sản xuất kinh doanh trên địa bàn, các cơ sở gây ô nhiễm và để tiến hành thu phí một cách thuận lợi hơn đặc biệt là các doanh nghiệp ở các tuyến huyện nhận thức về tầm quan trọng của việc bảo vệ môi trường còn hạn chế và đa số đều chống đối không nộp phí hoặc còn nợ phí. Khi xuống thu phí cán bộ tổ thu phí cần phải có cơ quan chức năng của địa phương đi cùng thì các doanh nghiệp mới chịu nộp.
Phối hợp với lực lượng cảnh sát môi trường địa phương thường xuyên tiến hành kiểm tra, xử lý các cơ sở sản xuất kinh doanh gây ô nhiễm và chống đối không nộp phí nước thải công nghiệp.
Thường xuyên tiến hành thanh kiểm tra các cơ sở sản xuất kinh doanh trên địa bàn tỉnh nhằm thực hiện tốt cam kết bảo vệ môi trường của doanh nghiệp, kịp thời xử lý các cơ sở gây ô nhiễm, thống kê được lượng nước thải phát sinh hàng năm để có các biện pháp điều chỉnh lượng phát thải, giảm ô nhiễm môi trường.
Đưa ra quy định cụ thể để có thể phân loại và bóc tách giữa phí nước thải công nghiệp và phí nước thải sinh hoạt, doanh nghiệp nào phải nộp phí nước thải công nghiệp, doanh nghiệp nào phải nộp phí nước thải sinh hoạt.
Dành một nguồn kinh phí từ Ngân sách nhà nước cho hoạt động bảo vệ môi trường đầu tư, xây dựng hệ thống quan trắc ô nhiễm từ trung ưng đến địa phương để việc tiến hành xác định khối lượng nước thải và nồng độ các chất ô nhiễm có trong nước thải của các doanh nghiệp nhanh hơn và chính xác hơn. Tạo điều kiện thuận lợi cho việc thẩm định lại tờ khai nộp phí của các cơ sở sản xuất và ra thông báo nộp phí trong thời gian ngắn nhất.
Tổ chức các lớp tập huấn, đào tạo nâng cao nhận thức và trình độ chuyên môn về bảo vệ môi trường, cho cán bộ lãnh đạo tỉnh, thành phố, doanh nghiệp và đội ngũ cán bộ, nhân viên làm công tác quản lý môi trường. Tăng cường lực lượng cán bộ ở Phòng Môi trường và ở các xã làm công tác thanh tra, giám sát về bảo vệ môi trường, tổ chức các lớp đào tạo, huấn luyện kỹ năng giám sát, kiểm tra, phát hiện những doanh nghiệp vi phạm luật bảo vệ môi trường, phối hợp cùng với cán bộ tổ thu phí nhắc nhở và thu phí nước thải công nghiệp các cơ sở sản xuất kinh doanh ở địa phương. Bởi vì họ là lực lượng trực tiếp quản lý tại địa phương có thể thường xuyên theo dõi, nắm vững hoạt động sản xuất của các doanh nghiệp.
Các cơ quan quản lý phải tổ chức giám sát, thẩm định chặt chẽ báo cáo đánh giá tác động môi trường và các cam kết bảo vệ môi trường của các dự án trước khi ra quyết định cho thực hiện dự án đó.