Để khắc phục những tồn tại của mô hình, nâng cao hiệu quả hoạt động của việc thu phí nước thải công nghiệp, các giải pháp về mặt kinh tế là một yếu tố quan trọng góp phần vào mục đích trên.
Hiện nay mức phí nước thải công nghiệp còn thấp, thấp hơn cả chi phí xử lý nước thải (tính trung bình thì chi phí xử lý 1m3 nước thải cũng mất khoảng hơn 2000đ/m3 trong khi đó số phí phải nộp trung bình chỉ khoảng trên dưới 1000đ/m3) vì vậy doanh nghiệp chấp nhận nộp phí nên công cụ phí chưa có
tính răn đe cao để doanh nghiệp đầu tư công nghệ xử lý, giảm thải. Do đó Chính phủ phải nâng mức phí nước thải công nghiệp cao hơn 2000đ/m3, cao hơn phí xử lý ô nhiễm thì mới khuyến khích được doanh nghiệp đầu tư giảm thải.
Hiện nay số phí để lại cho Sở Tài nguyên & Môi trường để trang trải chi phí cho việc thu phí, đánh giá, lấy mẫu phân tích nước thải phục vụ công tác thẩm định tờ khai nộp phí không đủ để có thể tiến hành tổng hợp và thẩm định hết được tất cả các cơ sở sản xuất kinh doanh trên địa bàn tỉnh Nam Định. Số lượng các công ty và lưu lượng nước thải công nghiệp dùng để tính phí vẫn dùng số liệu quan trắc từ năm 2004, trong khi đó hàng năm có rất nhiều doanh nghiệp được thành lập và khối lượng nước thải của các cơ sở sản xuất kinh doanh thay đối thường xuyên. Chính phủ cần phải đầu tư thêm một khoản kinh phí để Sở có thể tiến hành quan trắc, thẩm định được hết các doanh nghiệp trên toàn tỉnh. Như vậy số phí thực tế mà các doanh nghiệp phải nộp sẽ lớn hơn rất nhiều so với số phí thu được hiện nay và tình trạng ô nhiễm do nước thải công nghiệp sẽ giảm đi một cách đáng kể.
Bổ sung thêm kinh phí cho Ngân sách địa phương để việc phòng chống, khắc phục, xử lý ô nhiễm môi trường…tiến hành triệt để hơn và đạt hiệu quả cao hơn.
Đưa ra biện pháp cảnh cáo, xử phạt hành chính và công khai danh sách các cơ sở sản xuất kinh doanh trên địa bàn tỉnh không chịu nộp phí hoặc còn nợ phí trên các phương tiện thông tin đại chúng. Nếu doanh nghiệp vẫn cố tình không nộp thì sẽ tiến hành các biện pháp cưỡng chế, bắt buộc nộp phí. Đồng thời cũng tiến hành khen thưởng những cơ sở sản xuất kinh doanh thực hiện nộp phí đủ và đúng thời gian quy định.
Bổ sung thêm lực lượng cán bộ quản lý môi trường tại các địa phương để có thể thường xuyên theo dõi và phối hợp với cán bộ phòng thu phí tiến hành thu
phí nước thải công nghiệp tại các cơ sở sản xuất cố tình không nộp phí vào tài khoản tại Kho bạc nhà nước. Bởi vì hiện tại lực lượng này có rất ít, phòng môi trường chỉ có một hoặc hai người nhưng lại kiêm luôn nhiều lĩnh vực khác nhau, ở cấp xã chỉ có một người có xã còn không có Ban Môi trường, nên việc quản lý môi trường còn lỏng lẻo.
Phân bổ lại nguồn thu phí nước thải công nghiệp thu được: 80% nguồn thu từ phí sẽ không dùng để duy trì, bảo dưỡng hệ thống thoát nước, xử lý ô nhiễm nữa mà đưa vào quỹ của địa phương để cho các cơ sở sản xuất kinh doanh vay ưu đãi nhằm mục đích môi trường: xử lý ô nhiễm, giảm thải, đầu tư công nghệ sạch, 20% còn lại dùng để duy trì bộ máy kiểm soát và chi phí thực hiện mô hình thu phí bao gồm chi phí tiến hành thu phí, đào tạo cán bộ môi trường, đầu tư các thiết bị quan trắc, đo đạc. Nguyên nhân là cách phân bổ nguồn phí thu được hiện nay của nước ta chưa đem lại hiệu quả cao, chưa khuyến khích được doanh nghiệp giảm thải. Cách phân bổ lại nguồn thu từ phí trên đã được áp dụng rất thành công ở Trung Quốc. Hoặc có thể dùng một tỷ trọng nào đó trong khoản phí thu được để đầu tư lại cho doanh nghiệp dưới các hình thức hỗ trợ hay cho vay với lãi suất thấp nếu doanh nghiệp đầu tư vào lĩnh vực môi trường.
Xây dựng và thực hiện chương trình hỗ trợ doanh nghiệp vừa và nhỏ đầu tư cho hoạt động bảo vệ môi trường: Cho doanh nghiệp vay vốn ưu đãi để thực hiện các dự án sản xuất sạch hơn, khuyến khích các doanh nghiệp cùng góp vốn đầu tư xây dựng hệ thống xử lý ô nhiễm trong làng nghề, cụm công nghiệp theo phương thức “Nhà nước và doanh nghiệp cùng làm”.
Hiện nay việc thu phí nước thải công nghiệp đều do Sở Tài nguyên & Môi trường thu, đa số các doanh nghiệp ở tuyến huyện không nộp vào tài khoản “Tạm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải” tại kho bạc nhà nước, nhân viên tổ thu phí phải xuống tận các huyện để thu, có huyện cách thành
phố Nam Định 40, 50 cây và phải đi nhiều lần mới thu được, có khi doanh nghiệp cố tình chống đói không nộp. Như vậy chi phí cho việc thu phí rất lớn lại không đạt được hiệu quả cao. Để khắc phục nhược điểm trên ta có thể giao việc thu phí nước thải công nghiệp cho Phòng Tài nguyên & Môi trường. Như vậy vừa tiếp kiệm được chi phí đi lại vừa đem lại hiệu quả cao cho mô hình thu phí. Bời vì Phòng là đơn vị quản lý trực tiếp tại địa phương, cán bộ môi trường nắm rõ được tình hình hoạt động của các cơ sở sản xuất, mức độ gây ô nhiễm trên địa bàn huyện như vậy việc thu phí sẽ tiến hành thuận lợi hơn, giảm được rất nhiều chi phí đi lại.
Đầu tư nhiều hơn cho việc nâng cao ý thức môi trường của người dân và doanh nghiệp vì đây là điều kiện tiên quyết để việc tiến hành thu phí thuận lợi và đạt hiệu quả cao.
Nâng cao hiệu quả hoạt động của các Quỹ bảo vệ môi trường trên địa bàn tỉnh Nam Định.