Hiện nay các doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh Nam Định chủ yếu là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, các làng nghề sản xuất kinh doanh nhỏ lẻ theo hộ gia đình trong khi đó chi phí để đầu tư và vận hành công nghệ xử lý nước thải lại rất lớn vượt quá khả năng của họ. Chính vì vậy để khuyến khích các doanh nghiệp đầu tư công nghệ xử lý Chính phủ phải có biện pháp khuyến khích thích hợp để họ đầu tư.
Xây dựng hệ thống quan trắc từ trung ương đến địa phương với hệ thống máy móc và thiết bị đo đạc hiện đại để có thể tiến hành thẩm định lại tờ khai phí nước thải công nghiệp của các cơ sở sản xuất kinh doanh nhanh chóng và chính xác hơn.
Xây dựng một phương thức thích hợp để có thể thường xuyên theo dõi và quản lý được số lượng các cơ sở sản xuất trên địa bàn tỉnh hàng năm.
Nghiên cứu và tổ chức hội thảo, hội chợ giới thiệu các công nghệ xử lý nước thải với chi phí đầu tư thấp vừa mang lại hiệu quả kinh tế cho doanh nghiệp vừa giảm thiểu được ô nhiễm, góp phần bảo vệ môi trường.
Khuyến khích các doanh nghiệp đầu tư thay đổi công nghệ sản xuất lạc hậu bằng những công nghệ tiên tiến, hiện đại, áp dụng phương thức sản xuất sạch hơn, tuần hoàn, tái sử dụng nước thải. Như vậy vừa giảm thiểu lượng nước thải thải ra môi trường gây ô nhiễm vừa giảm được số phí nước thải công nghiệp mà doanh nghiệp phải nộp, hướng tới mục tiêu phát triển bền vững.
Khuyến khích các doanh nghiệp cùng với Chính phủ đầu tư công nghệ xử lý, xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung tại các KCN và các làng nghề truyền thống.
Tăng cường năng lực và điều kiện kỹ thuật cho lực lượng cảnh sát môi trường tại các địa phương, các thành phố lớn, các vùng trọng điểm kinh tế tập trung nhiều khu công nghiệp, nhiều nhà máy sản xuất trong việc giám sát, kiểm tra, phát hiện hành vi vi phạm luật Bảo vệ môi trường của doanh nghiệp.
Xây dựng một trang website riêng của Bộ Tài nguyên & Môi trường, trên đó thường xuyên cập nhật các thông tin về tình hình nộp phí và mức độ gây ô nhiễm của các doanh nghiệp hàng quý, hàng năm để tất cả mọi người có thể truy cập thường xuyên, tìm hiểu thông tin và có những ý kiến, thông tin phản hồi lại cho cơ quan quản lý, giúp ích cho việc thu phí và quản lý môi trường.