Trong những năm qua, nhà nước đã chi nhiều ngân sách cho giáo dục, cụ thể là đến năm 2010, NSNN chi cho giáo dục chiếm đến hơn 20% trong tổng chi NSNN, chưa kể đến nguồn chi từ các chương trình dự án giáo dục. Theo đó, tình hình cơ sở vật chất thiết bị trường học cũng được cải thiện đáng kể, như là số phòng học đạt tiêu chuẩn tăng lên, số trường đạt chuẩn quốc gia tăng lên, hay là việc học sinh được tiếp cận với công nghệ thông tin,… Tuy vậy, đạt không có nghĩa là đủ. Ngành giáo dục nói chung và giáo dục THCS nói riêng vẫn đang trong tiến trình hoàn thiện mình, do đó không tránh khỏi những hạn chế nhất định:
- Việc phát triển trường THCS chưa đồng đều theo địa bàn. Mặc dù đã rất cố gắng tiếp cận giáo dục những vùng dân tộc thiểu số nhưng vẫn chưa thể khắc phục hết tình trạng thiếu lớp học ở một số xã vùng cao, ở một số nơi như vùng sâu vùng xa vẫn còn tình trạng phòng ốc xuống cấp mà chưa được sửa chữa; hơn nữa, do địa hình không được thuận lợi nên không tránh được tình trạng trường học ở quá xa nhà dân.
- Về trang thiết bị dạy học, hầu hết các trường ở khu vực thành thị đã được trang bị tuy nhiên do mới áp dụng vào những năm gần đây, nó vẫn chưa có tác động tích cực sâu sắc tới học sinh, một số bộ phận học sinh vẫn chưa thay đổi được cách học cũ. Chẳng hạn như việc áp dụng máy chiếu vào chương trình giảng dạy của bậc THCS đã gây ra hiện tượng một bộ phận học sinh chỉ tò mò, hiếu kì với cái mới mà không tập trung vào nghe giảng được; hay cũng xảy ra hiện tượng giáo viên thì chỉnh slide và nói, học sinh thì hì hục chép để theo kịp slide, từ đó ảnh hưởng đến chất lượng tiếp thu của học sinh.
- Việc áp dụng CNTT hay các phòng học chức năng vào bậc THCS mới chỉ được áp dụng ở hầu hết các thành, thị còn ở những vùng nông thôn, vùng
sâu vùng xa hay vùng dân tộc ít người thì đây vẫn chỉ là những dự kiến trong tương lai.