Cấu trúc quản lý tổ chức QTD của các tổ chức có quy mô về thành viên và nguồn vốn lớn thông thường được chia làm ba cấp: Cấp tỉnh, cấp huyện/thị trấn, và cấp xã/phường. Đối với các QTD do các NGO hỗ trợ thành lập chủ yếu theo hình thức cấu trúc cấp xã/phường. Đối với hình thức này thì nguồn vốn hoạt động rất ít, khoảng vài trăm triệu, và đây là đối tượng điều chỉnh của Nghị định 28 của Chính phủ do nguồn vốn và số lượng thành viên thấp. Đặc điểm của các qũy này là năng lực quản lý chưa cao, loại hình sản phẩm tiết kiệm nhỏ lẻ, chủ yếu là vay ngắn hạn với nguồn vốn vay thấp. Tuy nhiên phần lớn các QTD đang hoạt động hiện nay với cấu trúc quản lý cấp xã/phường, vì vậy xây dựng chiến lược hoạt động cho các tổ chức này là một trong những vấn đề cấp thiết được đặt ra.
Đối với các QTD do các NGO nước ngoài thành lập chủ yếu theo hình thức cấu trúc cấp huyện/thị trấn hoặc cấp tỉnh. Các QTD này có đặc điểm nguồn vốn hoạt động rất lớn, số thành viên nhiều, năng lực quản lý của Ban quản lý tương đối cao do có sự hỗ trợ hoạt động thường xuyên, và có tổ chức còn có cán bộ của các NGO nước ngoài là thành viên của Ban quản lý. Vì vậy
các tổ chức này rất có nhiều cơ hội để phát triển khi Nghị định 28 được thực thi.
Hình thức tổ chức bộ máy quản lý của các QTD gồm: Loại hình cấu trúc gồm Hội đồng quản trị hoặc không có Hội đồng quản trị và không chịu sự quản lý của cơ quan sáng lập; loại cấu trúc Ban điều hành chịu sự quản lý của cơ quan sáng lập; và loại cấu trúc có bộ máy thực hiện TCVM lồng ghép với bộ máy của cơ quan chủ quản, cán bộ làm việc kiêm nhiệm là chính, chỉ có một bộ phận nhỏ làm chuyên trách để thực hiện nghiệp vụ kế toán, tín dụng. Ứng với mỗi loại hình tổ chức bộ máy cấp quản lý đều có những thế mạnh hay thách thức riêng. Tuy nhiên, cho dù có tổ chức theo loại hình nào thì nâng cao năng lực cho các cán bộ quản lý địa phương vẫn là việc làm không phải là đơn giản và cấp thiết hiện nay.
Ban quản lý QTD gồm có các chức danh: Giám đốc, kế toán, thủ quỹ, và các tổ trưởng của các tổ. Thành viên của Ban quản lý được bình bầu qua các kỳ đại hội thành viên, nhiệm kỳ của BQL thông thường là 3 năm, tùy thuộc vào quy định của các QTD. Chức năng nhiệm vụ của BQL là chịu trách nhiệm hoàn toàn về kết quả hoạt động của QTD, bình xét thành viên vay vốn, tổ chức các hoạt động thu vốn, lãi, cho vay, phân bổ lãi suất cho các hoạt động, kết nạp và khai trừ thành viên... Các chức năng và nhiệm vụ của BQL được quy định cụ thể trong điều lệ và quy chế của QTD. Các thành viên BQL sau khi được tuyển chọn sẽ tham gia các khóa đào tạo ngắn hạn về quản lý.
Các thành viên muốn tham gia hoạt động hoặc ra khỏi QTD cần làm đơn và được BQL QTD thông qua. Đối với các QTD do các NGO nước ngoài hỗ trợ thành lập có quy mô thành viên lớn, thông thường hơn một nghìn thành viên. Ví dụ như QTD huyện Cẩm Xuyên, tỉnh Hà Tĩnh có số thành viên tham gia lên đến 16.765 thành viên; QTD huyện Đông Triều, tỉnh Quảng Ninh có 5.907 thành viên tham gia. Đối với các QTD do các NGO trong nước hỗ trợ
thành lập thì quy mô nhỏ hơn, thông thường ở quy mô cấp xã với số thành viên tham gia chỉ khoảng trên dưới 300 thành viên. Tuy nhiên, số QTD với quy mô như thế này rất nhiều, và phần lớn các QTD này là đối tượng điều chỉnh của Nghị định 28 của Chính phủ.
Tại Việt Nam hiện nay có ba cách tiếp cận tiêu biểu được các tổ chức cung cấp dịch vụ tín dụng tiết kiệm sử dụng là: Phương pháp tiếp cận thứ nhất theo mô hình “Ngân hàng Grameen”, các tổ chức ứng dụng mô hình này Quỹ trợ vốn cho người nghèo tự tạo việc làm (CEP), Quỹ tình thương (TYM), tổ chức ActionAid, dự án tín dụng Việt Bỉ, và Cơ quan hợp tác quốc tế vì phát triển và đoàn kết (CIDSE). Phương pháp tiếp cận thứ hai là “Ngân hàng làng”, những tổ chức áp dụng mô hình này gồm có Tổ chức phát triển Hà Lan (SNV), Plan International, Tầm nhìn thế giới (WVI), và Qũy quốc tế phát triển nông nghiệp (IFAD). Phương pháp tiếp cận thứ ba là theo “Cho vay theo nhóm tương hỗ ở khu vực Mỹ La tinh”, những cơ quan triển khai theo mô hình này có Tổ chức cứu trợ trẻ em Mỹ và Cơ quan cứu tế và phát triển dòng Adventis (ADRA).