- Những năm đầu Luật Đầu tư nước ngoài có hiệu lực, lĩnh vực kinh tế đối ngoại nói chung và đầu tư trực tiếp nước ngoài nói riêng của Hải Phòng còn gặp nhiều lúng túng do sự chuẩn bị chưa đầy đủ, lĩnh vực hoạt động lại rất mới mẻ nên chưa có kinh nghiệm dẫn đến nhiều hạn chế.
Ở vào thời kỳ này việc thu hút đầu tư nước ngoài do chưa nhận thức đúng vai trò của nó nên chưa được coi trọng đúng mức. Công tác tuyên truyền vận động thu hút FDI chưa được đẩy mạnh; chưa xây dựng được chiến lược thu hút FDI đồng bộ với những quy hoạch phát triển cuả thành phố
- Nhận thức quan điểm đối với hàng loạt vấn đề trong lĩnh vực FDI còn khác nhau dẫn đến phương thức xử lý vấn đề này còn lúng túng thiếu nhất quán; một số quan điểm không đồng bộ như: hiệu quả của đầu tư nước ngoài, tỷ lệ góp vốn của Việt Nam, vấn đề lựa chọn và cho phép các hình thức đầu tư, về sử dụng các thiết bị máy
móc cũ, hướng phát triển khu công nghiệp khu chế xuất… Điều này làm giảm tính hấp dẫn của môi trường đầu tư.
- Công tác quản lý Nhà nước đối với đầu tư nước ngoài còn nhiều mặt yếu kém đã hạn chế hiệu quả thu hút vốn đầu tư:
Công tác xúc tiến đầu tư còn thụ động nặng về tuyên truyền luật pháp, chính sách; chưa xúc tiến cụ thể các chương trình lớn các dự án trọng điểm, chưa hướng mạnh vào thị trường vốn đầu tư lớn, các nhà đầu tư nước ngoài có tiềm lực mạnh về công nghệ và tài chính như Tây Âu và Bắc Mỹ…
Công tác quản lý đối với dự án đang hoạt động chưa được nhận thức đầy đủ về ý nghĩa của nó. Nên khi số dự án đầu tư nước ngoài tăng nhanh, các vấn đề phát sinh nảy ra hàng ngày đã xuất hiện tình trạng lúng túng, phân công trách nhiệm không rõ ràng quản lý vừa lỏng lẻo vừa can thiệp quá nhiều vào hoạt động của doanh nghiệp
Chưa có sự phối hợp giữa các nghành cơ quan Nhà nước của Hải Phòng đối với vấn đề liên quan đến đầu tư nước ngoài: quy hoạch, thẩm định, xét duyệt cấp phép, đền bù giải phóng mặt bằng, thủ tục hành chính mặc dù đã được cải cách đã nhiều xong vẫn còn rườm rà, chồng chéo.
Công tác quản lý dự án sau khi được cấp giấy phép chưa được quan tâm đúng mức thậm chí còn bị buông lỏng. Tình trạng cạnh tranh nội bộ thiếu lành mạnh hoặc gây phiền nhiễu, làm mất thời gian và tăng chí phí đầu tư còn xảy ra khá phổ biến gây cản trở đến quá trình đầu tư giảm sức hấp dẫn đối với các nhà đầu tư
-Thủ tục xuất nhập khẩu còn chậm chạp và chưa thoáng để tạo điều kiện cho nhà đầu từ nước ngoài yên tâm cho hoạt động này.
- Trình độ cán bộ ( về chuyên môn, ngoại ngữ, luật pháp..) và hầu như chưa phát huy vai trò đại diện cho phía Hải Phòng khi tham gia các dự án liên doanh.
- Lực lượng lao động tuy nhiều nhưng trình độ còn nhiều bất cập chưa phù hợp với yêu cầu của nhà đầu tư. Chúng ta chưa có chiến lược dài hạn và chính sách cụ thể về đào tạo lại cán bộ lãnh đạo, cán bộ quản lý và công nhân kỹ thuật để đáp ứng yêu cầu đó.
- Hình thức đầu tư còn nghèo nàn, chưa chú trọng chuẩn bị điều kiện cho các hình thức thu hút vốn đầu tư nước ngoài khác như công ty cổ phần, bán hoạc sáp nhập các doanh nghiệp trong nước với công ty nước ngoài…Khả năng góp vốn của bên Việt Nam còn thấp, thường là giá trị quyền sử dụng mặt đất.
- Cơ sở hạ tầng của Hải Phòng còn yếu gây cản trở cho thu hút đầu tư trực tiếp nước ngoài