Luật QLT số 78/2006/QH11 được Quốc hội khóa XI thông qua tại kỳ họp thứ 10 ngày 29/11/2006, có hiệu lực từ ngày 01/07/2007; Chính Phủ ban hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/05/2007 quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật QLT; Bộ Tài chính ban hành thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật QLT và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/NĐ-CP ngày 25/05/2007 của Chính Phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật QLT.
Luật QLT gồm có 14 chương, 120 Điều. Kiểm tra thuế được qui định tại Mục 2 ( từ điều 77 đến điều 80 ) Chương X của Luật. Theo đó, kiểm tra thuế bao gồm:
• Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan quản lý thuế: được thực hiện thường xuyên đối với các hồ sơ thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, chứng từ trong hồ sơ thuế của NNT.
Kiểm tra hồ sơ các loại thuế khai theo tháng: các loại thuế, phí khai theo tháng gồm: thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế Tài nguyên, thuế TNCN, phí xăng dầu, phí bảo vệ môi trường đối với trường hợp khai thác khoáng sản.
Kiểm tra hồ sơ các loại thuế khai theo quí: kiểm tra việc kê khai và nộp thuế TNDN tạm tính theo quí.
Kiểm tra hồ sơ các loại thuế khai theo năm: các loại thuế khai theo năm gồm: thuế GTGT tính theo phương pháp trực tiếp trên GTGT; thuế TNDN; thuế Tài nguyên; thuế nhà đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; tiền thuê mặt đất, mặt nước; thuế môn bài; hồ sơ khai thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân nộp thuế khoán.
Nội dung kiểm tra hồ sơ khai thuế tháng, quí, năm: kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ khai thuế; kiểm tra thời hạn nộp hồ sơ khai thuế; kiểm tra tính pháp lý của hồ sơ thuế; kiểm tra căn cứ tính thuế trong hồ sơ thuế.
• Kiểm tra tại trụ sở cơ sở NNT, có hai trường hợp:
Trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.
Trường hợp kiểm tra trước khi hoàn thuế theo quy định.