Việc phân nhóm doanh nghiệp cho phép cơ quan thuế xử lý hiệu quả với các nhóm NNT khác nhau. Qua nghiên cứu, việc phân nhóm doanh nghiệp có thể thực hiện theo nhiều tiêu chí khác nhau như: phân nhóm theo qui mô; phân nhóm theo ngành
nghề, mức độ phức tạp trong kinh doanh; phân nhóm theo loại hình doanh nghiệp;… Cơ sở để phân nhóm doanh nghiệp thì khác nhau giữa các quốc gia tuỳ theo đặc điểm của mỗi nước và quan điểm của cơ quan thuế quốc gia. Trong mỗi tiêu chí phân loại, các quốc gia đưa ra các tiêu thức phân nhóm khác nhau, có nhiều quốc gia đưa ra các tiêu thức khác phức tạp (như ở Anh, gồm 2 tiêu thức định lượng cơ bản là: tài sản, doanh thu và các tiêu thức khác như ngành nghề, quan hệ quốc tế,…), nhưng có nhiều quốc gia đưa ra các tiêu thức khá đơn giản, lý do là việc phân loại này chỉ nhằm mục đích phục vụ cho việc kiểm tra, thanh tra thuế nên không cần lồng ghép nhiều ý nghĩa kinh tế khác nhau. Ví dụ:
o Tại Anh, phân nhóm doanh nghiệp được dựa trên tổng doanh thu (dưới 15.000f, từ 15.000f đến 250.000f, trên 250.000f), các NNT là cá nhân hoàn thành các tờ khai được phân loại trên cơ sở mức độ phức tạp của công việc, các thông tin được công bố rộng rãi và địa vị rủi ro của họ. Các chủ lao động được nhóm theo việc liệu họ là các công ty có tư cách pháp nhân hoặc không là pháp nhân và theo số lượng nhân công (từ 0-5, 6-50, 50-500, trên 500).
o Tại Đan Mạch, các doanh nghiệp được phân nhóm theo tổng doanh thu, mức độ phức tạp trong công việc kinh doanh và việc liệu họ là các công ty có tư cách pháp nhân hoặc không là pháp nhân. Hồ sơ về việc tuân thủ của NNT dự kiến cũng sẽ được đưa vào mô hình này. Các NNT là cá nhân được phân loại theo loại tờ khai thuế, hoặc được in trước (người làm công ăn lương, người về hưu,…) hoặc tờ khai thuế đã hoàn chỉnh.
o Tại Áo, các NNT được phân nhóm theo doanh thu và số nhân công. Danh mục này bao gồm:
NNT lớn nhất (G1): trên 500 nhân công hoặc doanh thu trên (nói chung) 18,2 triệu euro;
NNT vừa đến lớn (G3): trên 50 nhân công hoặc doanh thu trên (nói chung) 2,181 triệu euro; trừ những chuyên gia tự kinh doanh: 0,727 triệu euro; NNT vừa (M): trên 25 nhân công hoặc doanh thu trên 0,364 triệu euro; NNT nhỏ (K1): trên 10 nhân công hoặc doanh thu trên 0,11 triệu euro; NNT nhỏ nhất (K2): tất cả ngưỡng cùng thấp hơn so với K1.
Kinh nghiệm các nước cho thấy, doanh nghiệp lớn có rủi ro về số thu thuế cao. Tuy nhiên, doanh nghiệp vừa và nhỏ là đối tượng ưu tiên hàng đầu của việc thiết lập hệ thống lựa chọn đối tượng kiểm tra. Đây là đối tượng được đánh giá là có khả năng sai lệch thuế cao do:
Số lượng doanh nghiệp vừa và nhỏ rất lớn, khó kiểm tra hết.
Thu nhập không ổn định và khó có thông tin đối chiếu từ các bên thứ ba. Công tác kế toán thường yếu kém và không được kiểm toán độc lập.
Vì vậy khi lựa chọn đối tượng kiểm tra cần phải tách riêng các doanh nghiệp vừa và nhỏ, các doanh nghiệp lớn.
Đối với ngành Hải quan Việt Nam thực hiện phân nhóm doanh nghiệp theo mức độ tuân thủ, bao gồm ba luồng:
Luồng xanh: các doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật thuế được miễn kiểm tra chứng từ, miễn kiểm tra hàng hoá thực tế khi thông quan.
Luồng vàng: các doanh nghiệp chấp hành tương đối tốt pháp luật thuế được kiểm tra chứng từ, miễn kiểm tra hàng hoá thực tế khi thông quan.
Luồng đỏ: các doanh nghiệp chấp hành không tốt pháp luật thuế phải được kiểm tra chứng từ, kiểm tra hàng hoá thực tế khi thông quan.