Nguồn vốn hoạt động của các QTD tại Việt Nam hiện nay được hình thành từ ba nguồn chính là tiết kiệm định mức (TKĐM), tiết kiệm tự nguyện (TKTN), và nguồn vốn của các nhà tài trợ.
Nguồn vốn thứ nhất là các khoản đóng góp của thành viên gọi là tiết kiệm định mức. Mức TKĐM và thời gian đóng được quy định cụ thể đối với từng quỹ trong quy chế hoạt động, thông thường mức đóng góp có thể theo mức mỗi thành viên tham gia trong suốt thời gian hoạt động hay là đóng góp theo tháng. TKĐM không được rút ra ngoại trừ thành viên đó không tiếp tục tham gia hoạt động QTD, hoặc khi thành viên đó đóng góp quá định mức quy định. Một số tổ chức sau nhiều năm hoạt động đã đưa ra mức TKĐM tối đa,
ngoài mức đó thành viên có thể rút ra khi họ cần. TKĐM là một trong những nguồn vốn quan trọng cho hoạt động.
Ví dụ Quỹ TYM khi mới thành lập quy định TKĐM là 1.000 đồng/tuần, sau 10 năm hoạt động quy định 3.000 đồng/tuần. Quỹ Khuyến khích phụ nữ phát triển Uông Bí quy định 5.000 đồng/15 ngày. Hoặc Quỹ tín dụng tiết kiệm phụ nữ xã Yến Mao, tỉnh Phú Thọ quy định là 150.000 đồng/6 tháng bắt đầu hoạt động, sau khi hoàn thành nghĩa vụ thành viên không phải đóng góp thêm ngoại trừ trường hợp có sự thay đổi từ quy chế hoạt động của QTD.
Nguồn vốn thứ hai được nguồn huy động từ tiết kiệm tự nguyện (TKTN) của thành viên. Khoản TKTN được BQL vận động thành viên gửi nhằm tăng nguồn vốn hoạt động của quỹ, thông thường các nguồn TKTN gửi vào sau một thời gian các thành viên thấy được Quỹ hoạt động có hiệu quả. Có hai hình thức TKTN là tiết kiệm có kỳ hạn và tiết kiệm không có kỳ hạn, nhưng phần lớn các thành viên gửi tiết kiệm là không có kỳ hạn. Tuy nhiên số TKTN không ổn định trong nguồn vốn của Quỹ, và tỷ lệ TKTN trong nguồn vốn hoạt động của Qũy là rất thấp. Phần lớn các QTD có quy mô nhỏ khi hoạt động để kinh doanh có lãi thì bắt buộc họ phải cho vay hết vốn, tồn quỹ rất ít, vì vậy khi thành viên muốn rút TKTN thì các QTD này rất khó để giải quyết, nên các QTD có quy mô nhỏ rất hạn chế việc nhận tiền gửi TKTN, nếu có thì sẽ có những điều kiện ràng buộc nhất định như phải thông báo thời gian rút vốn trước hai tháng, hoặc phải rút từng phần. Vì vậy đối với các QTD quy mô nhỏ rất ít nguồn vốn TKTN.
Nguồn vốn thứ ba là nguồn vốn từ nhà tài trợ. Nguồn vốn này thường được hỗ trợ nhiều trong thời gian đầu thành lập với mục đích tăng lượng vốn hoạt động cho quỹ và kích thích sự tham gia của các thành viên vào QTD. Số tiền tài trợ cho các QTD tùy thuộc vào cam kết giữa các QTD với nhà tài trợ,
một số tổ chức cam kết tài trợ theo một tỷ lệ nhất định đối với nguồn vốn TKĐM mà QTD thu được. Tuy nhiên, nguồn vốn tài trợ này được chuyển đến các QTD theo từng giai đoạn, và tùy thuộc vào quy mô của quỹ, và năng lực quản lý của quỹ. Thông thường nguồn vốn tài trợ của các NGO nước ngoài thường lớn hơn rất nhiều lần so với các NGO trong nước. Nguồn vốn tài trợ thường chiếm tỷ lệ lớn trong tổng nguồn vốn hoạt động của QTD.
Theo quan điểm về hoạt động tài chính vi mô thì nguồn vốn của nhà tài trợ chỉ mang tính chất bổ sung, tuy nhiên các QTD đang hoạt động thì nguồn vốn của nhà tài trợ lại chiếm tỷ lệ cao trong nguồn vốn hoạt động của QTD. Theo thống kê vào cuối năm 2004 của nhóm hoạt động tài chính vi mô thì trong 21 tổ chức quỹ tín dụng do các tổ chức NGO hỗ trợ thành lập với tổng nguồn vốn hoạt động là 362,067 triệu đồng, trong đó nguồn vốn TKĐM chỉ là 93,472 triệu đồng chiếm 25,8% tổng nguồn vốn hoạt động, TKTN là 12,380 triệu đồng chiếm 3,4% tổng nguồn vốn hoạt động. Ví dụ đối với một QTD lớn như Qũy tín dụng tiết kiệm phụ nữ huyện Thạch Thành, tỉnh Thanh Hóa được thành lập từ năm 1995 hoạt động trên 19 xã/phường với tổng số thành viên tham gia là 7,200, tổng nguồn vốn hoạt động là 7,100 triệu đồng, trong đó không có TKTN, và TKĐM chỉ đạt 1,000 triệu đồng, chiếm 14,1% tổng nguồn vốn hoạt động.
Vào thời điểm cuối năm 2004, hoạt động của các QTD đang có mặt tại 36 tỉnh (57%), 132 huyện/thị (23%), và 2.900 xã/phường (27%) trên toàn quốc, và đã tiếp cận tới 351.289 khách hàng. Tổng tài sản của các chương trình này là 396.618 triệu đồng, mức vốn cho vay trung bình của các QTD là 1,05 triệu đồng và dư tiết kiệm bình quân là 342.000 đồng.