Quan hệ Ấn Độ - Pakixtan vẫn luụn luụn là nhõn tố quan trọng hàng đầu, cú ảnh hưởng chi phối cỏc mối quan hệ và sự hợp tỏc giữa cỏc nước ở khu vực Nam Á với nhau. Mặc dự đứng trước những cơ hội và thỏch thức của tỡnh hỡnh mới, cả Ấn Độ và Pakixtan đều cú nhu cầu hoà bỡnh và ổn định để phỏt triển, nhưng do tỡnh hỡnh phức tạp đặc biệt của mối quan hệ giữa hai nước cho nờn cơ hội hết sức thuận lợi này đó khụng được khai thỏc, tận dụng một cỏch triệt để. Nguyờn nhõn gõy nờn tỡnh trạng phức tạp đặc biệt này là sự tranh chấp vựng Kashmir - một vựng đất cú vị trớ chiến lược quan trọng mà cả Ấn Độ và Pakixtan đều kiờn quyết khụng từ bỏ chủ quyền của mỡnh ở đú.
Từ đầu thập kỉ 90, nhằm với cải thiện mối quan hệ với cỏc nước lỏng giềng Nam Á, Ấn Độ cũng cú những bước đi để tạo ra những bước chuyển biến mới trong quan hệ giữa hai nước nhưng kết quả thu được vẫn khụng đỏng kể. Ngoài nguyờn nhõn là cả hai nước đều cú thỏi độ kiờn quyết trong vấn đề chủ quyền ở Kashmir thỡ cú một nguyờn nhõn quan trọng khỏc là sự thiếu thiện chớ của Pakixtan.
Trước thực trạng vai trũ, vị trớ chiến lược của Pakixtan đối với Mỹ giảm sỳt so với thời kỳ chiến tranh lạnh do việc Mỹ khụng cần sử dụng Pakixtan để chống Liờn Xụ và kiềm chế Ấn Độ nữa, Pakixtan đó hết sức lo ngại. Sự lo ngại này cũn tăng thờm khi Ấn Độ đang ngày càng nổi lờn như một cường quốc ở khu vực, một thị trường lớn tiềm năng mà Mỹ và cường
quốc khụng thể bỏ qua. Vỡ vậy, một mặt Pakixtan tăng cường quan hệ đồng minh với Trung Quốc, tranh thủ viện trợ kinh tế và quõn sự của Trung Quốc; mặt khỏc, tớch cực phỏt huy vai trũ của mỡnh trong thế giới Hồi giỏo, kể cả cỏc nước Trung Á. Đối với Mỹ, Pakixtan cố gắng cải thiện quan hệ, thuyết phục Mỹ nới lỏng Điều luật Fressler để nối lại viện trợ. Mặc dự ý thức được ý đồ của Pakixtan qua những hoạt động rỏo riết từ đầu thập kỉ 90, nhưng trước bối cảnh mới của tỡnh hỡnh quốc tế và xu thế hoà dịu thay cho xu thế đối đầu, Ấn Độ đó cú những bước đi tớch cực để cải thiện mối quan hệ giữa hai nước. Ấn Độ muốn bỡnh thường hoỏ quan hệ với Pakixtan theo cỏch thức đó làm với Trung Quốc, nghĩa là hai bờn tạm gỏc những bất đồng và tranh chấp để mở rộng hợp tỏc kinh tế. Tuy nhiờn kết quả thu được khụng đỏng là bao do sự phức tạp của vấn đề Kashmir và thỏi độ thiếu thiện chớ của Pakixtan.
Ngay sau khi lờn cầm quyền được vài thỏng, Thủ tướng Ấn Độ Narasimha Rao đó cú cuộc gặp gỡ với Thủ tướng Natwa Sharrif tại Harae - nơi hai vị Thủ tướng tham dự cuộc họp thượng đỉnh của Phong trào Khụng liờn kết vào ngày 17/10/1991. Cuộc gặp gỡ này đó được chớnh Thủ tướng N.Rao đỏnh giỏ là “rất tốt, rất thõn thiện” [25;148]. Ngoài cuộc gặp trờn, Thủ tướng N.Rao cũn cú hai cuộc gặp gỡ nữa với người đồng cấp Pakixtan để cải thiện mối quan hệ giữa hai nước (cuộc họp thộ nhất tại Hội nghị thượng đỉnh của SAARC tại Cụlụmbụ- Xri Lanka và cuộc gặp thứ hai là tại Diễn đàn kinh tế thế giới tổ chức ở Davos). Cỏc cuộc gặp này được đỏnh giỏ là những dấu hiệu khả quan, bởi lẽ cả hai vị Thủ tướng đó nhắc lại ý định tỡm kiếm một giải phỏp để giải quyết những vấn đề cũn tồn đọng thụng qua đối thoại, trờn cơ sở thảo luận toàn bộ những vấn đề của cỏc mối quan hệ giữa hai nước, tỡnh hỡnh khu vực cũng như bối cảnh của nền kinh tế toàn cầu.
Tuy nhiờn, do mối quan hệ của hai nước là cực kỡ phức tạp cho nờn diễn biến của nú khụng phải lỳc nào cũng thuận chiều và phụ thuộc vào ý
muốn của cỏc nhà lónh đạo. Ngay khi hai vị Thủ tướng cú những lời tuyờn bố tốt đẹp ở Hội nghị Davos thỡ Mặt trận giải phúng Jamu và Kashmir dưới sự lónh đạo của thủ lĩnh Hũi giỏo Amunallah đó tuyờn bố ý định vựot qua đường kiểm soỏt hiện tại (LOC) giữa Pakixtan và Ấn Độ. Thủ tướng Natwar Sharrif bị đặt vào tỡnh thế khụng thể làm khỏc đó kờu gọi một cuộc biểu dương lực lượng trong toàn quốc để thể hiện sự đoàn kết với nhõn dõn Kashmir. Cũn Ấn Độ thỡ buộc phải đỏp lại bằng cỏch gặp đại sứ cỏc nước lớn như Anh, Phỏp, Mỹ, Nga, Trung Quốc và thỳc giục cỏc nước thành viờn của Hội đồng bảo an Liờn Hợp Quốc yờu cầu Pakixtan dừng kế hoạch tiến cụng của họ lại. Mối quan hệ của hai nước một lần nữa lại bước vào trạng thỏi căng thẳng. Mặc dự vào thỏng 2/1992, hai nước đó cú vũng đàm phỏn thứ sỏu để giải quyết vấn đề Kashmir và thỏng 9/1992 tại Hội nghị thượng đỉnh của Phong trào Khụng liờn kết tổ chức tại Giacacta, Thủ tướng N.Rao đó cú cuộc gặp với Thủ tướng Natwar Sharriff nhưng tỡnh trạng căng thẳng này vẫn khụng giải quyết được.
Thỏng 12/1992, những tớn đồ Hồi giỏo quỏ khớch đó phỏ huỷ thỏnh đường Hồi giỏo ở thị trấn Ayodhya - Ấn Độ khiến cho quan hệ giữa hai nước hoàn toàn bị đúng băng. Trong suốt thời gian từ cuối năm 1994 đến cuối năm 1995, Pakixtan đó kiờn quyết từ chối bất kỳ một cuộc đối thoại nào với Ấn Độ trừ khi vấn đề Kashmir được giải quyết theo yờu cầu của Pakixtan. Vỡ vậy, mặc dự cú thiện chớ thương lượng nhưng Ấn Độ khụng thu được kết quả như mong muốn. Lập trường của Ấn Độ với Kashmir được thể hiện qua lời phỏt biểu của Thủ tướng N.Rao trước cỏc nhà hoạch định chớnh sỏch và trớ thức Phỏp tại Pari ngày 30/9/1992: “Ấn Độ khụng bao giờ chấp nhận học thuyết tụn giỏo là cơ sở để phõn chia nhà nước, dõn tộc. Sự tỏch ra của Kashmir là khụng thể thương lượng được và nú là một bộ phận gắn liền với nước Ấn Độ thống nhất” [25;151].
Đến năm 1997, một cơ hội mới xuất hiện nhằm cải thiện quan hệ giữa hai nước, đú là Liờn minh Hồi giỏo thắng ỏp đảo trong tổng tuyển cử ở Pakixtan và Natwar Sharrif- người cú quan điểm mềm dẻo trong quan hệ với Ấn Độ trở lại làm Thủ tướng. Ngay sau sự kiện đú, Hiến phỏp Pakixtan được sửa đổi, quyền lực của Tổng thống và quõn đội phần nào bị hạn chế, xu hướng dõn chủ dần dần được khụi phục ở Pakixtan. Những thiện chớ của Ấn Độ nhằm cải thiện mối quan hệ với hai nước cú chiều hướng nồng ấm trở lại.
Ngày 7/4/1997, Tổng thống Pakixtan F.A. Leghari kờu gọi bỡnh thường hoỏ quan hệ với Ấn Độ, cựng hợp tỏc để chống nghốo đúi. Cũn Thủ tướng Pakixtan, ụng Natwar Sharrif cũng tuyờn bố rằng Pakixtan muốn bỡnh thường hoỏ quan hệ với Ấn Độ và núi thờm rằng cuộc tranh chấp vựng Kashmir giữa hai nước phải tuõn theo những nguyờn tắc được quốc tế cụng nhận. Cú thể núi rằng, mặc dự vẫn giữ quan điểm về vấn đề Kashmir nhưng thỏi độ của Pakixtan đối với Ấn Độ đó mềm mỏng hơn, thiện chớ hơn.
Tuy nhiờn từ đầu năm 1998, Đảng Nhõn dõn Ấn Độ Hinđu (BJP) lờn cầm quyền ở Ấn Độ, với những tuyờn bố cứng rắn về Kashmir và chương trỡnh vũ khớ hạt nhõn đó làm cho quan hệ hai nước lại trở nờn căng thẳng sau một năm lắng dịu. Sự căng thẳng đó lờn tới mức tột độ với những cuộc thử hạt nhõn của cả hai phớa trong thỏng 4 và đặc biệt là thỏng 5/1998. Pakixtan cho rằng việc Ấn Độ ra tuyờn bố về thực hiện khả năng sản xuất vũ khớ hạt nhõn là sự đe doạ hoà bỡnh và ổn định ở Nam Á. Những vụ thử hạt nhõn đó bật tớn hiệu cho cuộc chạy đua vũ trang và làm thay đổi mụi trường an ninh thế giới, tỏc động mạnh đến chớnh sỏch đối ngoại của cỏc nước lớn trong bối cảnh mới của tỡnh hỡnh quốc tế với xu thế nổi trội của yếu tố kinh tế. Vỡ vậy cả Ấn Độ và Pakixtan đều đó bị cỏc nước lớn và nhiều nước trờn thế giới phờ phỏn và phải chịu sự trừng phạt về kinh tế.
Vượt qua những sự kiện cú tỏc động tiờu cực đến quan hệ hai nước trong khoảng thời gian cuối năm 1998 đầu năm 1999 (việc Pakixtan muốn Mỹ đứng vai trũ trung gian trong vấn đề Kashmirvà Ấn Độ kớ với Nga Hiệp ước về hợp tỏc quõn sự và kỹ thuật). Ấn Độ đó chứng tỏ thiện chớ đặc biệt của mỡnh trong việc cải thiện mối quan hệ với Pakixtan bằng việc Thủ tướng Vajpayee đó bày tỏ tất cả thiện chớ và nỗ lực của Ấn Độ trờn tinh thần gỏc bỏ quỏ khứ, hướng tới tương lai, xõy dựng mối quan hệ tốt đẹp giữa hai nước để cựng nhau phỏt triển kinh tế. Chỉ chưa đầy ba thỏng sau khi Tuyờn bố Lahore được kớ kết, vào đầu thỏng 5/1999, Ấn Độ đó phỏt hiện thấy những toỏn binh lớnh Pakixtan xõm nhập trỏi phộp vựng nỳi Kargil, một vị trớ chiến lược quan trọng cú thể khống chế vựng Bắc Kashmir và làm chủ tuyến giao thụng huyết mạch Srinaga - Leh của Ấn Độ.
Mặc dự rất thiện chớ trong việc cải thiện mối quan hệ giữa hai nước nhưng Ấn Độ vẫn cú quan điểm rừ ràng và kiờn quyết trong vấn đề chủ quyền và an ninh lónh thổ. Vỡ vậy, Bộ Quốc phũng Ấn Độ đó huy động một lực lượng rất lớn để truy quột số phiến quõn núi trờn. Ngày 30/5, xung đột tại Kashmir diễn ra quyết liệt. Ngày 31/5/1999, Ấn Độ cũng đó chấp nhận lời đề nghị của Pakixtan để Ngoại trưởng S. Aziz đến Niu Đờli gặp Ngoại trưỏng Ấn Độ J.Singh. Tuy nhiờn, Ấn Độ đó bỏc bỏ lời đề nghị của Tổng thư kớ Liờn Hợp Quốc K. Anan cử một phỏi viờn đến Niu Đờli và Islamabab để thỏo ngũi nổ cho xung đột. Ấn Độ kiờn quyết giữ vững quan điểm từ trước tới nay của mỡnh là vấn đề Kashmir chỉ cú thể giải quyết bắng song phương mà khụng cú sự can dự của bờn thứ ba cũng như quốc tế. Cuộc đảo chớnh của phe quõn sự ở Pakixtan do tướng Muharaff cầm đầu vào thỏng 10/1999 đó làm giỏn đoạn việc cải thiện mối quan hệ giữa hai nước. Như vậy, cho đến thỏng 9/2001 mối quan hệ giữa Ấn Độ và Pakixtan vẫn khụng cú gỡ tiến triển so với khoảng thời gian trước đú.
Sau sự kiện Mỹ bị tấn cụng khủng bố ngày 11/9/2001, mối quan hệ giữa Ấn Độ và Pakixtan vẫn tiếp tục căng thẳng, cú lỳc lờn đến đỉnh điểm dẫn đến nguy cơ cú thể xảy ra một cuộc chiến tranh lớn giữa hai nước. Đầu năm 2002, cộng đồng quốc tế lại một lần nữa lo ngại chiến tranh xảy ra giữa hai nước cú vũ khớ hạt nhõn này. Cuộc khủng hoảng quan hệ giữa hai nước lần này khụng bắt đầu từ Kashmir mà từ vụ đỏnh bom toà nhà Quốc hội Ấn Độ của một nhúm khủng bố theo đạo Hồi. Niu Đờli lập tức lờn ỏn Islamabab, Niu Đờli cho rằng Pakixtan đứng đằng sau sự việc này dự khụng cú đầy đủ bằng chứng.
Sau sự kiện 13/12/2001, tại khu vực Kashmir và cỏc vựng lõn cận liờn tiếp diễn ra cỏc cuộc khủng bố, đỏnh bom đẫm mỏu của cỏc phần tử Hồi giỏo quỏ khớch tại cỏc vựng do Ấn Độ kiểm soỏt. Đặc biệt ngày 14/5/2002 chỳng đó tấn cụng một khu gia đỡnh quõn đội Ấn Độ làm 22 quõn nhõn cựng 12 thõn nhõn của họ bị thiệt mạng. Phớa Ấn Độ tố cỏo phớa Pakixtan đứng đầu là Tổng thống Musharraf đó khụng thực hiện lời hứa đưa ra từ thỏng 1/2002 về việc chấm dứt ủng hộ cỏc nhúm Hồi giỏo cực đoan.
Ngày 22/5/2002, trong bài phỏt biểu trước cỏc binh sĩ Ấn Độ tại khu vực biờn giới Pakixtan, Thủ tướng Ấn Độ Vajpayee tuyờn bố: “đó đến lỳc cần tiến hành trận quyết định để chấm dứt cỏc vụ tấn cụng của cỏc phần tử Hồi giỏo”. Trong bức thư gửi Tổng thống cỏc nước lớn như Mỹ, Nga, Anh, Phỏp, Thủ tướng Ấn Độ nhấn mạnh rằng sự chịu đựng của Ấn Độ đó tới giới hạn cuối cựng và yờu cầu cộng đồng quốc tế ộp buộc Pakixtan chấm dứt ngay cỏc hoạt động khủng bố qua biờn giới, đồng thời tuyờn bố Ấn Độ sẵn sàng cho một cuộc chiến. Từ thỏng 4 đến thỏng 6/2002, hai bờn đó điều động hơn 1 triệu quõn tới khu vực biờn giới hai nước, trong đú gần nửa triệu đang đối mặt ở tuyến kiểm soỏt phõn chia Kashmir.
Trước tỡnh hỡnh trờn, đầu thỏng 6/2002, Liờn Hợp Quốc cựng Chớnh phủ cỏc nước Mỹ, Anh, Phỏp, Nga, Nhật Bản… đó khuyến cỏo nhõn viờn và
cụng dõn của họ hóy nhanh chúng rời khỏi Ấn Độ và Pakixtan để trỏnh nguy cơ chiến tranh cú thể xảy ra. Tiếp đú, do nỗ lực hoà giải và sức ộp của cộng đồng quốc tế, đến trung tuần thỏng 6/2002, mối quan hệ căng thẳng giữa hai nước đó tạm thời lắng dịu, nguy cơ chiến tranh được tạm thời đẩy lựi.
Sau thỏng 9/2003, tỡnh hỡnh ở Kashmir đó giảm căng thẳng hơn do những nỗ lực ngoại giao của hai nước. Phương ỏn tối ưu để giải quyết vấn đề Kashmir chỉ cú thể thực hiện được nếu cả Ấn Độ và Pakixtan đờu tụn trọng, nhõn nhượng lẫn nhau, thụng qua đàm phỏn, chấp nhận hiện trạng, tạo bầu khụng khớ hoà bỡnh, ổn định giữa hai nước nhằm tập trung phỏt triển kinh tế, xõy dựng đất nước, khụng để xung đột kộo dài.
Sau một thời gian chiến tranh và xung đột, kể từ đầu năm 2004 quan hệ Ấn Độ- Pakixtan cú những dấu hiệu tớch cực thể hiện bước đầu tiến trỡnh hoà giải giữa hai nước. Triển vọng mới trong quan hệ Ấn Độ- Pakixtan được bắt đầu từ bờn lề kỳ họp thường niờn Đại hội đồng Liờn Hợp Quốc lần thứ 59, Tổng thống Pakixtan Pervez Musharraf lần đầu tiờn cú cuộc gặp gỡ với tõn Thủ tướng Ấn Độ Manmohan Sinhg. Bầu khụng khớ hữu nghị của cuộc gặp khiến dư luận hy vọng hai địch thủ hạt nhõn cú thể giải quyết những bất đồng nhằm củng cố hoà bỡnh tại Nam Á.
Ngày 17/11/2004, khi thăm thành phố Srinaga, thủ phủ Mựa hố của bang Kashmir, Thủ tướng Ấn Độ M.Singh đó khẳng định Chớnh phủ Ấn Độ sẵn sàng đối thoại vụ điều kiện với bất kỡ nhõn vật và phe nhúm nào. Theo Thủ tướngSingh, Ấn Độ luụn mong muốn Kashmir sẽ trở thành biểu tượng của niềm hy vọng, hoà bỡnh, thịnh vượng và đa dạng về văn hoỏ. Trong năm 2004, Pakistan đó đưa ra cam kết lónh thổ Pakistan sẽ khụng phải là nơi chứa chấp, khuyến khớch, đào tạo và liờn minh với cỏc tổ chức khủng bố nhằm vào Ấn Độ. Cam kết này phải được thực hiện trước khi tiến trỡnh hoà bỡnh hay cỏc tiến trỡnh khỏc đi vào hiệu lực.
Năm 2005, mối quan hệ giữa Ấn Độ và Pakitn khụng ngừng được cải thiện, trong một nỗ lực nhằm chấm dứt thời kỳ thự địch Ấn Độ - Pakixtan, ngày 8/8/2005 cuộc gặp gỡ và đối thoại giữa bộ quốc phũng hai nước đó diễn ra tại Ấn Độ. Hai bờn đó nhất trớ nhiều biện phỏp nhằm giảm bớt tỡnh trạng căng thẳng quõn sự, trong đú cú lệnh cấm xõy dựng cỏc vị trớ đúng quõn mới dọc theo biờn giới giữa hai nước tại khu vực Kashmir. Ngoài ra, Ấn Độ- Pakixtan sẽ nõng cấp đường dõy núng quõn sự hiện cú và hàng thỏng tiến hành cỏc cuộc họp nghi lễ giữa cỏc sĩ quan cấp cao dọc theo biờn giới.
Ngày 14/7/2006, khi mối quan hệ giữa Ấn Độ và Pakitan đang được cải thiện thỡ xảy ra cuộc khủng bố đoàn tàu chở người từ Ấn Độ tới Pakitan làm 68 người chết. Thủ tướng Ấn ĐỘ ManmohanSingh cũng núi chớnh phủ của ụng đó cố gắng để bỡnh thường hoỏ quan hệ với Pakistan. “Nhưng tụi cũng muốn giải thớch với chớnh phủ Pakistan, ở mức độ ngoại giao cao nhất,