Thứ nhất, nghiệp vụ bảo lónh chưa đỏp ứng được nhu cầu của cỏc doanh nghiệp trong nền kinh tế. Đối với một nền kinh tế thị trường thỡ thủ tục bảo lónh cũn khỏ phức tạp, gõy khú khăn cho doanh nghiệp khiến cho nhiều doanh nghiệp chưa tiếp cận được với bảo lónh ngõn hàng đồng nghĩa với việc ngõn hàng mất đi nhiều cơ hội bảo lónh cho khỏch hàng.
Thứ hai, cơ cấu bảo lónh chưa hợp lý, cỏc ngõn hàng chủ yếu tập trung cho khu vực kinh tế nhà nước. Mặc dự tỷ trọng đối với khu vực kinh tế ngoài quốc doanh đó cú sự tăng lờn nhưng vẫn chỉ chiếm phần nhỏ.
Thứ ba, cỏc ngõn hàng thương mại chưa khai thỏc hết nhu cầu của thị trường về bảo lónh, hoạt động chủ yếu cũn mang sự thụ động, chờ đợi khỏch hàng tỡm đến với mỡnh, chủ yếu là chờ đợi ở cỏc khỏch hàng truyền thống. Việc ngõn hàng chủ động tư vấn cho doanh nghiệp, chủ động khai thỏc khỏch hàng chưa được triển khai. Hoặc do thiếu thụng tin trong việc đỏnh giỏ, phõn tớch mức độ rủi ro đó khiến ngõn hàng bỏ qua nhiều cơ hội mở rộng đối tượng khỏch hàng. Hoạt động marketing cũn yếu kộm. Cụng tỏc thẩm định khỏch hàng cũn mang nhiều tớnh hỡnh thức. Cỏn bộ làm nghiệp vụ bảo lónh chưa am hiểu nhiều về hoạt động bảo lónh nờn gặp nhiều khú khăn khi thực hiện nghiệp vụ và tư vấn cho khỏch hàng, đặc biệt là với cỏc nghiệp vụ bảo lónh cú yếu tố nước ngoài.
Việc định giá tài sản bảo đảm bảo lãnh còn gặp nhiều khó khăn: Khi thực hiện bảo lãnh cho khách hàng ngân hàng yêu cầu phải có tài sản đảm bảo để đảm bảo an toàn cho hoạt động kinh doanh của ngân hàng. Đối với tài khoản ký quỹ của khách hàng, số tiền này sẽ bị phong tỏa trên tài khoản tiền
gửi của khách hàng. Tuy nhiên khoản tiền này có thể gặp rủi ro lãi suất, rủi ro tỷ giá kể cả trong tr-ờng hợp ngân hàng sử dụng nguồn vốn này để thực hiện các hoạt động bên tài sản có. Còn đối với việc đảm bảo là tài sản thế chấp tài sản rủi ro càng cao hơn. Với tài sản là bất động sản nh- máy móc thiết bị, việc định giá gặp rất nhiều khó khăn, việc định giá dựa vào kinh nghiệm là chủ yếu. Hơn nữa ngân hàng không trực tiếp giữ các động sản này mà chỉ nắm giữ các giấy tờ sở hữu, cũng không niêm phong tài sản mà vẫn để khách hàng sử dụng và bảo quản trong suốt thời gian đem thế chấp. Vì vậy rủi ro trong việc h- hỏng, giảm giá trị đều có thể xảy ra. Ngoài ra, việc xác định giá trị tài sản thế chấp ch-a đ-ợc thực hiện chuyên nghiệp, ch-a có chuyên gia thẩm định và định giá tài sản đảm bảo.
Bất cập về phía cán bộ thực hiện bảo lãnh: Do quan niệm bảo lónh là nghiệp vụ tín dụng theo Luật Các tổ chức tớn dụng nên ở một số các ngõn hàng thương mại cán bộ thực hiện bảo lónh là cán bộ tín dụng. Tuy nhiên, nghiệp vụ bảo lãnh đ-ợc hạch toán ngoại bảng và ngân hàng không dùng vốn khi ký hợp đồng bảo lónh nên bảo lónh đ-ợc coi là một loại hình dịch vụ của ngân hàng. Chính vì thế bảo lónh phải đ-ợc thực hiện bởi những cán bộ có chuyên môn về bảo lónh, giống nh- nghiệp vụ tín dụng đ-ợc thực hiện chủ yếu bởi cán bộ tín dụng... một số ngõn hàng thương mại vẫn ch-a thiết lập đ-ợc phòng bảo lãnh với các cán bộ bảo lãnh chuyên biệt. Nghiệp vụ bảo lónh
đ-ợc thực hiện tại phòng tín dụng, mặc dù việc kiêm nhiệm của cán bộ tín dụng trong việc thực hiện nghiệp vụ tín dụng và nghiệp vụ bảo lónh giúp cho cán bộ thực hiện có thể theo dõi tình hình tài chính của khách hàng và có những quyết định bảo lãnh chính xác. Nh-ng do chuyên môn không phải là bảo lãnh nên họ sẽ không có những nghiên cứu chuyên sâu về nghiệp vụ này, chủ yếu là thực hiện theo kinh nghiệm.
Việc khai thác thông tin và ứng dụng công nghệ hiện đại vào hoạt động bảo lãnh còn hạn chế: Thông tin và việc ứng dụng khoa học công nghệ
hiện đại có ảnh h-ởng trực tiếp đến hoạt động của ngân hàng, đặc biệt trong nghiệp vụ bảo lãnh. Tuy nhiên, phần lớn các ngõn hàng thương mại ch-a có hệ thống thông tin đồng bộ về khách hàng và về các hoạt động, chỉ số kinh tế - xã hội và thị tr-ờng, thông tin về hoạt động của các ngành kinh tế, dự báo kinh tế… có liên quan trực tiếp hoặc gián tiếp đến hoạt động bảo lãnh tại các phòng ban. Bên cạnh đó, việc áp dụng khoa học công nghệ hiện đại cũng gặp nhiều khó khăn. Mặc dù các ngõn hàng thương mại đã có phòng Điện toán với những cán bộ tin học thành thạo nh-ng nhiều khi mạng máy tính vẫn gặp sự cố. Các ngõn hàng thương mại cũng mới chỉ áp dụng nối mạng toàn Chi nhánh giữa các bộ phận giúp cho việc đối chiếu và kiểm soát đ-ợc chính xác, nh-ng mới chỉ thực hiện đối với các nghiệp vụ tín dụng, thanh toán quốc tế và kế toán, ch-a làm đ-ợc điều này với nghiệp vụ bảo lãnh. Do vậy việc đối chiếu cập nhật giữa các khâu nhiều khi không nhanh gọn gây mất thời gian cho cả ngân hàng và khách hàng.
Đối tượng khỏch hàng khụng đa dạng: Tuỳ theo từng loại hỡnh ngõn hàng mà đối tượng khỏch hàng cũng thay đổi.
Đối với cỏc ngõn hàng thương mại quốc doanh, cỏc ngõn hàng thương mại cổ phần mới chuyển đổi từ mụ hỡnh ngõn hàng thương mại nhà nước, đối tượng chủ yếu là cỏc doanh nghiệp quốc doanh (60%). Lượng khỏch hàng cú quan hệ bảo lónh với ngõn hàng chủ yếu vẫn là những khỏch hàng lớn, đó quen biết lõu năm nờn mặc dự đỏp ứng được mục tiờu an toàn nhưng lại chưa đạt được mục tiờu mở rộng và phỏt triển. Đối tượng khỏch hàng khụng đa dạng sẽ làm cho ngõn hàng khụng phõn tỏn được rủi ro cho những thành phần kinh tế khỏc cũng như sẽ thu hẹp thị trường bảo lónh của ngõn hàng.
Đối với cỏc ngõn hàng thương mại cổ phần, Ngõn hàng liờn doanh và Chi nhỏnh Ngõn hàng nước ngoài chủ yếu là cỏc doanh nghiệp ngoài quốc doanh, cỏc tập đoàn cụng ty lớn vỡ ở đõy qui trỡnh và thủ tục bảo lónh đơn giản hơn, cỏn bộ bảo lónh chuyờn nghiệp hơn giỳp tạo được độ tin cậy đối với khỏch hàng.