Việc quản lý cấp phát thanh toán cho các ựơn vị Sự nghiệp y tế hiện nay ựược thực hiện theo Nghị ựịnh số 43/2006/Nđ-CP ngày 25/4/2006 của Chắnh phủ quy ựịnh quyền tự chủ tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chắnh; Thông tư số 71/2006/TT-BTC ngày 9/8/2006 của Bộ tài chắnh. đơn vị sự nghiệp y tế ựược giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm và thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chắnh; quyết ựịnh phân loại ựơn vị sự nghiệp; Mức NSNN ựảm bảo thường xuyên; ựã có trong dự toán ựược cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao; ựã ựược thủ trưởng ựơn vị hoặc người ựược ủy quyền chuẩn chi; ựúng tiêu chuẩn; ựịnh mức, chế ựộ chi tiêu do nhà nước quy ựịnh và có ựầy ựủ hồ sơ, chứng từ hợp pháp hợp lệ liên quan ựến từng khoản chị
2.7.3.1 Kiểm soát tiền lương tiền công:
đối với những hoạt ựộng thực hiện chức năng nhiệm vụ nhà nước giao KBNN căn cứ vào các quy ựịnh hiện hành của Nhà nước về tiền lương, cấp
bậc chức vụ của Nhà nước về tiền lương ựối với công chức, viên chức về tiền lương ựối với công chức, viên chức và lực lượng vũ trang với các ựiều kiện chi trả, thanh toán kiểm soát thanh toán cho ựơn vị. đối với hoạt ựộng thu phắ, lệ phắ, KBNN thực hiện kiểm soát thanh toán theo quy ựịnh hiện hành của Nhà nước và các văn bản hướng dẫn ựã ban hành.
2.7.3.2 Kiểm soát thu nhập tăng thêm:
KBNN căn cứ vào quyết ựịnh phân loại ựơn vị sự nghiệp cơ quan có thẩm quyền, kết quả tài chắnh trong năm, chênh lệch thu lớn hơn chi từng quý ( ựối với trường hợp tạm chi thu nhập tăng thêm), phương án chi trả tiền lương và thu nhập tăng thêm của ựơn vị cho từng người lao ựộng quy ựịnh trong quy chế chi tiêu nội bộ của ựơn vị, cụ thể: ựối với ựơn vị sự nghiệp y tế tự ựảm bảo một phần kinh phắ hoạt ựộng, ựược quyết ựịnh tổng mức thu nhập tăng thêm cho người lao ựộng, nhưng mức tối ựa không quá 2 lần quỹ tiền lương cấp bậc, chức vụ trong năm do nhà nước quy ựịnh, sau khi ựã thực hiện trắch lập quỹ phát triển hoạt ựộng sự nghiệp theo quy ựịnh.
Trong năm, căn cứ vào mức chênh lệch thu lớn hơn chi hàng quý xác ựịnh ựược ựơn vị Sự nghiệp y tế lập giấy rút dự toán NSNN (tạm ứng) ựể tạm chi thu nhập tăng thêm cho cán bộ viên chức trong ựơn vị theo quý. Kho bạc tạm ứng theo mức thủ trưởng ựơn vị sụ nghiệp y tế ựề nghị ựảm bảo trong dự toán ựược giao và tối ựa không quá 40% số chênh lệch thu lớn hơn chi ựơn vị xác ựịnh trong quý.
2.7.3.3 Kiểm soát các khoản chi quản lý, chi hoạt ựộng nghiệp vụ thường xuyên:
Kho bạc nhà nước căn cứ vào dự toán chi NSNN; quy chế chi tiêu nội bộ, tiêu chuẩn ựịnh mức do ựơn vị xây dựng hoặc do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy ựịnh( ựối với các khoản chi phải tuân thủ ựịnh mức chung của nhà nước) ựể thực hiện kiểm soát thanh toán cho ựơn vị.
2.7.3.4 Kiểm soát các khoản chi mua sắm tài sản, trang thiết bị , phương tiện, vật tư
Căn cứ vào dự toán do cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao cho ựơn vị ựể thực hiện chế ựộ tự chủ, giấy rút dự toán và các hồ sơ chứng từ liên quan; KBNN thực hiện ựối chiếu với các ựiều kiện chi theo quy ựịnh, kiểm soát theo các quy ựịnh của Nhà nước về các hình thức ựấu thầu, chào hàng cạnh tranh, chỉ ựịnh thầụ... nếu ựủ ựiều kiện thì làm thủ tục thanh toán trực tiếp bằng chuyển khoản cho người cung cấp hàng hóa dịch vụ hoặc thanh toán bằng tiền mặt qua các ựơn vị thực hiện chi trả cho ựơn vị cung cấp hàng hóa dịch vụ.