Hỡnh phạt là biện phỏp cưỡng chế của Nhà nước nghiờm khắc nhất do Tũa ỏn ỏp dụng đối với người phạm tội nhằm mục đớch trừng trị, giỏo dục, cải tạo họ thành cụng dõn cú ớch cho xó hội, đồng thời hỡnh phạt cũn cú mục đớch răn đe, phũng ngừa chung. Trong cỏc quy định của Bộ luật hỡnh sự 1999 ngoài những quy định về hệ thống hỡnh phạt cũn cú một hệ thống cỏc quy định về cỏc biện phỏp tha miễn. Cỏc biện phỏp tha miễn với tư cỏch là những thể thức thực hiện trỏch nhiệm hỡnh sự, biểu hiện rừ nột tớnh nhõn đạo sõu sắc của Luật hỡnh sự và đường lối khoan hồng trong chớnh sỏch hỡnh sự của Nhà nước, cụ thể húa nguyờn tắc cỏ thể húa trong chấp hành hỡnh phạt, được cỏc cơ quan chức năng ỏp dụng khi cú đủ cỏc căn cứ và điều kiện do Luật định. Tuy nhiờn, với sự phỏt triển và thay đổi của tỡnh hỡnh kinh tế xó hội trong nước và quốc tế, cỏc quy định của Bộ luật hỡnh sự 1999 cú những điểm cũn thiếu, cũn cú những hành vi chưa được sự điều chỉnh cụ thể của Luật hỡnh sự trong cỏc biện phỏp tha miễn núi chung hay hoón chấp hành hỡnh phạt tự, tạm đỡnh chỉ chấp hành hỡnh phạt tự núi riờng.
Để phự hợp với thực tiễn, bờn cạnh việc hoàn thiện hơn hai chế định hoón chấp hành hỡnh phạt tự, tạm đỡnh chỉ chấp hành hỡnh phạt tự được quy định trong Bộ luật hỡnh sự 1999, cỏc nhà làm luật cần cú những sửa đổi bổ sung chế định này để thể hiện hơn nữa chớnh sỏch phõn húa tội phạm và xu hướng nhõn đạo húa trong chớnh sỏch hỡnh sự của Đảng và Nhà nước.
Thứ nhất, nghiờn cứu Điều 61 Bộ luật hỡnh sự 1999 về hoón chấp
Khoản 1 điều luật sử dụng thuật ngữ "người bị xử phạt tự" thể hiện sự khụng thống nhất, nếu so với cỏc điều luật khỏc quy định về cỏc biện phỏp miễn, giảm hỡnh phạt. Nờn sử dụng thống nhất thuật ngữ "Người bị kết ỏn phạt tự".
Khoản 2 điều luật quy định về tổng hợp hỡnh phạt với người bị kết ỏn lại phạm tội mới trong thời gian được hoón chấp hành hỡnh phạt tự khụng nờn quy định trong điều luật này mà nờn chuyển về Điều 51 Bộ luật hỡnh sự quy định về tổng hợp hỡnh phạt trong trường hợp cú nhiều bản ỏn.
Cho đến nay, cỏc văn bản phỏp luật hỡnh sự khụng cú quy định và hướng dẫn cụ thể về việc thời gian được hoón chấp hành hỡnh phạt tự cú được tớnh vào thời gian chấp hành hỡnh phạt tự hay khụng. Thực tiễn ỏp dụng thỡ thời gian được hoón chấp hành hỡnh phạt tự khụng được tớnh vào thời gian chấp hành hỡnh phạt tự. Tuy nhiờn, nếu được quy định trong Điều 61 Bộ luật hỡnh sự như quy định tại khoản 2 Điều 62 Bộ luật hỡnh sự đối với trường hợp tạm đỡnh chỉ chấp hành hỡnh phạt tự thỡ sẽ chặt chẽ hơn.
Hiện nay trong Điều 61 Bộ luật hỡnh sự 1999 khụng cú quy định về hoón chấp hành ỏn đối với tự chung thõn. Mặc dự tự chung thõn là tội phạm đặc biệt nghiờm trọng, tuy nhiờn đối với cỏc trường hợp bị bệnh nặng, cú tiờn lượng xấu, nguy cơ tử vong cao thỡ việc thi hành ỏn phạt tự ngay cũng sẽ gặp những khú khăn nhất định bởi hệ thống bệnh xỏ, bệnh viện của trại giam, trại cải tạo cũn chưa đồng bộ, cỏc thiết bị y tế và đội ngũ cỏn bộ y tế cú chuyờn mụn cao trong việc điều trị cỏc bệnh nặng, bệnh hiểm nghốo cũn thiếu. Nếu đưa cỏc đối tượng này đến cỏc bệnh viện cú tớnh chuyờn mụn sõu để chữa trị thỡ vấn đề quản lý phạm nhõn, chi phớ cho việc điều trị cũn cú những bất cập gõy khú khăn cho hoạt động thi hành ỏn. Bởi vậy cần cú nghiờn cứu sõu hơn về việc cú nờn đưa thờm cỏc trường hợp người bị kết ỏn tự chung thõn được hoón chấp hành hỡnh phạt tự nếu họ bị bệnh nặng hoặc đang mang thai hoặc nuụi con dưới 36 thỏng tuổi.
Thứ hai, nghiờn cứu Điều 261 Bộ luật tố tụng hỡnh sự quy định về hoón chấp hành hỡnh phạt tự cú một số hạn chế sau:
Tại khoản 2 Điều 261 Bộ luật tố tụng hỡnh sự quy định: "Chậm nhất là bảy ngày trước khi hết thời hạn hoón chấp hành hỡnh phạt tự, Chỏnh ỏn Tũa ỏn đó cho hoón chấp hành hỡnh phạt tự phải ra quyết định thi hành ỏn…" [22]. Trước khi hoón thi hành hỡnh phạt tự, Chỏnh ỏn Tũa ỏn đó cú quyết định thi hành ỏn hỡnh phạt tự đối với người bị kết ỏn và người bị kết ỏn được hoón chấp hành ỏn đối với quyết định đú. Vỡ vậy khi hết thời hạn hoón chấp hành hỡnh phạt tự, Chỏnh ỏn Tũa ỏn chỉ cần ra thụng bỏo bằng văn bản về việc đó hết thời gian hoón chấp hành hỡnh phạt tự và người bị kết ỏn phải cú nghĩa vụ chấp hành quyết định thi hành ỏn trước đú là phự hợp mà khụng cần phải ra quyết định thi hành ỏn một lần nữa. Điều 261 Bộ luật tố tụng hỡnh sự nờn được sửa đổi như sau:
" 1.
2. Chậm nhất là bảy ngày trước khi hết thời hạn hoón chấp hành hỡnh
phạt tự, Chỏnh ỏn Tũa ỏn đó cho hoón chấp hành hỡnh phạt tự phải thụng bỏo bằng văn bản và phải gửi ngay quyết định thi hành ỏn cựng bản ỏn đó cú hiệu lực phỏp luật cho Cơ quan Cụng an cựng cấp và người bị kết ỏn trước khi hết
thời hạn hoón chấp hành hỡnh phạt tự…".
Thứ ba, trờn thực tế, hiện nay chế định hoón chấp hành hỡnh phạt tự và
chế định tạm đỡnh chỉ chấp hành hỡnh phạt tự cũng mới chỉ được quy định trực tiếp tại một số điều luật riờng lẻ, chưa được ghi nhận tại một chương riờng như cỏc chế định khỏc về tội phạm, hỡnh phạt; v.v… Điều đú chứng tỏ hoón chấp hành hỡnh phạt tự, tạm đỡnh chỉ chấp hành hỡnh phạt tự vẫn chưa được cỏc nhà lập phỏp coi trọng đỳng mức và chưa nhận thức được đầy đủ tầm quan trọng lớn lao của chế định này và nhu cầu, cần quy định cụ thể, toàn diện tại một chương riờng trong Bộ luật hỡnh sự. Như vậy mới đỏp ứng yờu cầu đổi mới của đất nước và ngày càng hoàn thiện chế định nhõn đạo của phỏp luật Việt Nam.
Thứ tư, Bộ luật hỡnh sự hiện hành và Bộ luật tố tụng hỡnh sự 2003 vẫn chưa cú quy định về trường hợp đỡnh chỉ thi hành ỏn hỡnh phạt tự trong đú cú trường hợp đỡnh chỉ thi hành ỏn do người bị kết ỏn phạt tự đang được hoón chấp hành hỡnh phạt tự hoặc tạm đỡnh chỉ chấp hành hỡnh phạt tự bị chết. Việc hoàn thiện chế định này trong Luật hỡnh sự là cần thiết bởi nú gúp phần cho sự hoàn thiện đầy đủ chức năng của Luật hỡnh sự, trỏnh sự lỳng tỳng, khụng thống nhất trong quỏ trỡnh ỏp dụng phỏp luật của cỏc cơ quan chức năng.