Đến năm 2010 phải hồn thành việc cải cách chuyển đổi các hoạt động nghiệp vụ hải quan theo chuẩn mực của một tổ chức Hải quan hiện đại. Phù hợp với khu vực và Quốc tế, thực hiện các cam kết Quốc tế liên quan đến lĩnh vực Hải quan như: Cơng ước KYOTO, Hiệp định trị giá GATT/WTO, Cơng ước HS, gồm: Chuyển đổi phương pháp quản lý nghiệp vụ, cải cách quy trình một cửa, tăng cường sự kiểm sốt của cơ quan Hải quan đối với hàng hĩa xuất nhập khẩu, giải quyết được thách thức về sự gia tăng nhanh chĩng của cơng việc với năng lực của cơ quan Hải quan. Nâng cao khả năng thu thuế, gĩp phần tăng sức cạnh tranh của doanh nghiệp trong nước.
Giải pháp quan trọng đầu tiên để nâng cao hiệu quả thu thuế XNK là Tổng cục Hải quan cần phối hợp chặt chẽ với KBNN và các NHTM trong việc kết nối và trao đổi thơng tin về số phải thu NSNN; rà sốt chuẩn hĩa lại danh mục người nộp thuế và sổ thuế quản lý. Khi cấp mã số thuế, gửi thơng báo thu, khi đơn đốc thu và thực hiện nghiệp vụ thu NSNN, Cơ quan thu cần lưu ý, nhắc nhở các đối tượng nộp về mã số thuế, nội dung mục lục ngân sách, tài khoản nộp Ngân sách và các thơng tin bắt buộc phải cung cấp khi thực hiện nộp thuế tại KBNN và NHTM. Đặc biệt cần chuẩn hố quy trình /nội dung thơng báo các khoản thuế phải nộp tới người nộp thuế cũng như đồng bộ việc cung cấp thơng tin về danh bạ, sổ thuế.., đẩy mạnh tuyên truyền nhằm tạo những bước chuyển hĩa mạnh mẽ trong tâm lý, thĩi quen và văn hố giao dịch của người nộp thuế, đảm bảo tuân thủ các quy định về việc cung cấp các thơng tin bắt buộc trong điều kiện hiện đại hố như: Mã số thuế, Mã Địa bàn hành chính, Mã cơ quan quản lý thu, Tài khoản ghi thu NSNN… khi giao dịch nộp thuế, nhất là giao dịch nộp thuế bằng các phương thức thanh tốn khơng dùng tiền mặt qua ngân hàng. Ngồi ra, Tổng cục Hải quan cần áp dụng một số biện pháp cụ thể sâu để củng cố và phát triển ngành theo đúng định hướng của Đảng, Nhà nước và Nhân dân: