Năm 2009, mặc dù bị tác động bởi những điều chỉnh chính sách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, song kết quả thu ngân sách qua hàng hĩa XNK do ngành Hải quan thực hiện vẫn đạt và vượt chỉ tiêu, với khoảng đạt 130.000 tỷ đồng, tăng 5,5% so với dự tốn năm và tăng 3,4% so với năm 2008. Tuy nhiên những chính sách điều hành hoạt động XNK, điều chỉnh thuế suất thuế XK, thuế NK của nhiều nhĩm mặt
hàng; việc cho phép giãn, giảm thuế GTGT đối với một số hàng hĩa, dịch vụ DN kinh doanh gặp khĩ khăn... cũng phần nào tác động đến số thu ngân sách của ngành Hải quan. Trong điều kiện đĩ việc đề ra các biện pháp tăng thu ngân sách của ngành Hải quan cĩ vai trị quan trọng.
Tăng cường chống thất thu, khai thác hiệu quả các nguồn thu là một trong những biện pháp mà ngành Hải quan đã áp dụng trong năm 2009 nhằm tăng thu ngân sách. Đĩ là thực hiện Chỉ thị của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc tăng cường các biện pháp chống buơn lậu, gian lận thương mại và chống thất thu thuế, triển khai các biện pháp để tăng cường thu ngân sách, cải cách thủ tục hành chính, tạo thuận lợi cho DN chủ động hoạt động XNK. Đồng thời cơng tác kiểm tra sau thơng quan đã hạn chế thấp nhất việc DN lợi dụng sơ hở tại các khâu trước và trong thơng quan nhằm gian lận, trốn thuế. Phát hiện, ngăn chặn kịp thời những kẽ hở của chính sách pháp luật, những khoảng trống trong quản lý, kịp thời khắc phục, truy thu thuế lớn. Cơng tác phân tích phân loại hàng hố XNK chống gian lận thương mại qua mã số HS cũng được tăng cường, gĩp phần thu đúng, thu đủ thuế cho Nhà nước.
Ngành cũng sẽ tăng cường cơng tác thu hồi nợ đọng, giảm nợ cũ, thu hồi nợ thuế trên 1.000 tỷ đồng. Chú trọng cơng tác kiểm tra sau thơng quan phục vụ đắc lực nhiệm vụ thu ngân sách, khắc phục những sơ hở, yếu kém trong quá trình làm thủ tục hải quan. Tăng cường cơng tác kiểm sốt hải quan nhằm mục tiêu đảm bảo an ninh quốc gia, an tồn cộng đồng, chống thất thu thuế. Đồng thời nâng cao năng lực cơng tác phân tích phân loại hàng hố, chống gian lận thương mại qua mã số gĩp phần thu đúng, thu đủ thuế cho Nhà nước, bảo vệ cộng đồng, an tồn mơi trường, an ninh xã hội. Bên cạnh đĩ, ngành Hải quan tiếp tục thực hiện tốt Đề án quản lý giá tăng cường các biện pháp chống gian lận thương mại qua giá tính thuế.
Ngành Hải quan cũng sẽ tiến hành kiểm tra sau thơng quan đối với các DN trọng điểm, mặt hàng trọng điểm, chủ động thu thập, nghiên cứu, xử lý thơng tin về
hoạt động gia cơng, sản xuất XK theo ngành hàng, nhĩm mặt hàng để lựa chọn đối tượng kiểm tra, gĩp phần thu đúng thu đủ cho NSNN.