Trước hết, để đẩy mạnh cơng tác phối hợp triển khai uỷ nhiệm thu thuế XNK qua NHTM cĩ hiệu quả, liên ngành Kho bạc – NH – Tổng cục Hải quan tại cấp Trung ương cần phối hợp chỉ đạo, cĩ cơ chế hướng dẫn cụ thể tới các cấp cơ sở về quy trình nghiệp vụ, quán triệt sâu rộng về chủ trương chung, tầm quan trọng trong kết quả của sự hợp tác, phối hợp triển khai với các NH thưong mại là gĩp phần nâng cao hơn nữa hiệu quả của quá trình hiện đại hố sự nghiệp ngành Thuế, Kho bạc.
Để đẩy mạnh thu thuế XNK qua ngân hàng, Chính phủ/Bộ Tài chính/Ngân hàng Nhà nước/KBNN cần xem xét đưa ra cơ chế - phải được thể hiện cụ thể tại nội dung của một chế tài đủ mạnh như luật thuế - theo đĩ khuyến khích (bằng việc xây dựng nhiều tỷ lệ thang bậc thuế khác nhau) đối với người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ nộp thuế sớm (nộp ngay vào những ngày đầu kỳ tính/thơng báo thuế), nộp bằng các phương thức thanh tốn khơng dùng tiền mặt; đồng thời quy định chế tài nhằm hạn chế những khoản nộp thuế XNK của người nộp thuế thực hiện bằng tiền mặt hoặc nộp vào những ngày cuối kỳ nộp thuế.
Về lâu dài, Chính phủ/Bộ Tài chính/Ngân hàng Nhà nước/KBNN cần sớm đưa ra một lộ trình cụ thể hơn trong việc xây dựng và triển khai trung tâm/cổng thanh tốn quốc gia, theo đĩ xử lý bao gồm cả các giao dịch liên quan đến các khoản thu - chi của các cơ quan thuộc khu vực cơng và cĩ sự trao đổi thơng tin dữ liệu đa chiều, đáp ứng được yêu cầu quản lý đặc thù của các ngành.
Đặc biệt, KBNN và các cơ quan quản lý Nhà nước cần tập trung hồn thiện văn bản pháp luật. Cơng tác ban hành các quy định, văn bản quản lý phải mang tính kế thừa, ổn định và phù hợp với thực tiễn Việt Nam cũng như thơng lệ quốc tế: Ở cấp quản lý vĩ mơ, các Bộ ngành và các cơ quan quản lý nhà nước nên cĩ cái nhìn bao quát, tồn diện, sâu sát hơn; lường trước được tác động và đề ra được giải pháp khắc phục trước khi ban hành các Nghị định, Thơng tư, Chỉ thị, văn bản, qui định… cĩ tính chất nhạy cảm, ảnh hưởng đến tồn bộ các hoạt động kinh tế trong nước.