Mặc dù Chi nhánh đã đạt được những kết quả khá tốt nhưng nó vẫn còn tồn tại một số hạn chế.
- Cơ cấu doanh số cho vay và dư nợ vẫn chưa có sự cân xứng giữa các thành phần kinh tế, thời hạn vay, loại tiền tệ trong đó chủ yếu tập trung cho vay thành phần kinh tế ngoài quốc doanh, trung dài hạn và nội tệ. Điều này gây ra rủi ro cũng như giảm thu nhập cho Ngân hàng. Mặt khác, cho vay tiêu dùng là một lợi thế của Chi nhánh nhưng chiếm một tỷ lệ không cao, khoảng 30%, làm giảm thu nhập cho Ngân hàng vì đây là một đối tượng đem lại thu nhập đáng kể cho Ngân hàng.
- Mặc dù vòng quay vốn tín dụng qua các năm đều cao nhưng tỷ lệ thu nợ/cho vay đối với thành phần kinh tế ngoài quốc doanh và trung dài hạn là chưa cao trong khi đó đây chính là hai đối tượng cho vay chủ yếu của Ngân hàng. Vì vậy, Chi nhánh cần phải tăng cường công tác thu hồi nợ đối với các đối tượng này.
- Hiệu suất sử dụng vốn tín dụng chưa cao, lại có xu hướng giảm theo các năm, nguồn vốn huy động nhiều nhưng dùng cho hoạt động tín dụng lại chưa tương xứng với lượng huy động, làm giảm hiệu quả kinh doanh của Ngân hàng. Mặt khác, cơ cấu về thời hạn giữa nguồn vốn huy động và sử dụng vốn là chưa phù hợp. Trong khi huy động ngắn hạn chiếm 70% nguồn vốn thì dư nợ cho vay chiếm 70% là trung hạn và dài hạn. Điều này tiềm ẩn rủi ro thanh
khoản, rủi ro tín dụng cho Ngân hàng. Do đó Ngân hàng cần có biện pháp cân đối cơ cấu này.
- Tuy tỉ lệ NQH là thấp so với toàn ngành nhưng NQH ít nhiều đã làm giảm tốc độ chu chuyển của vốn tín dụng, làm giảm hiệu quả sử dụng vốn và lợi nhuận từ hoạt động tín dụng. Bên cạnh đó, vẫn còn tồn tại NQH 6 - 12 tháng, NQH > 12 tháng, ảnh hưởng đến khả năng thu hồi vốn, giảm chất lượng tín dụng. Ngoài ra, NQH không có tài sản đảm bảo và chất lượng tài sản đảm bảo chưa cao làm tăng nguy cơ rủi ro mất vốn, giảm chất lượng tín dụng.