Về cơ chế chính sách:
Hoàn thiện hệ thống chính sách thuế theo hướng đơn giản hóa, minh bạch. Mọi quy định trong chính sách thuế phải rõ ràng, dễ hiểu, các quy định về thuế chỉ nên chứa đựng trong văn bản thuế, tránh tình trạng muốn thực hiện một quy định trong luật thuế người ta phải tham chiếu quá nhiều văn bản pháp luật khác nhau. Đồng thời cần phải giao thêm quyền cho cơ quan thuế trong việc cưỡng chế và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật thuế.
Để đảm bảo cho cơ quan thuế có đầy đủ quyền hạn trong công tác quản lý thuế thu nhập cá nhân thì Nhà nước cần có một số văn bản qui định rõ về quyền hạn của cơ quan thuế. Đồng thời cũng cần có những văn bản qui định về nghĩa vụ của các cơ quan chức năng khác trong việc phối hợp với cơ quan thuế trong công tác quản lý thuế nói chung và thuế TNCN nói riêng.
Bên cạnh đó thì từ khi dịch vụ tư vấn thuế ra đời đã giúp ích rất nhiều cho cơ quan thuế về việc hỗ trợ người nộp thuế hiểu biết hơn về thuế, thành thạo hơn về thuế, tiết kiệm được chi phí và thời gian. Vì vậy, Tổng cục thuế cần nghiên cứu để trình Bộ Tài chính và Chính phủ ban hành nghị định quy định hoạt động dịch vụ tư vấn thuế, tạo điều kiện khuyến khích và phát triển hoạt động này một cách rộng rãi
hơn nữa. Khi loại hình dịch vụ này phát triển sẽ giúp ích cho cơ quan thuế rất nhiều về công tác quản lý và thu thuế.
Về biên chế:
Kiến nghị Bộ Tài chính, Tổng cục thuế nghiên cứu, bổ sung thêm biên chế cho Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh để đáp ứng được yêu cầu quản lý thu thuế, đặc biệt là cán bộ công chức có chuyên môn về tin học để thuận lợi cho việc hiện đại hoá công tác quản lý thu thuế.
Hoàn thiện cơ sở hạ tầng, tin học hoá công tác quản lý thuế:
Nhiều vấn đề nảy sinh trong công tác quản lý thu thuế, cơ sở vật chất, kỹ thuật của ngành thuế cần được hiện đại hóa hơn nữa. Tin học hóa nhằm kết nối thông tin trong hệ thống thuế; giữa Thuế và Kho bạc; xây dựng hệ thống “tự tính, tự khai và tự nộp thuế” …
Xây dựng lại tổng thể hệ thống tin học theo hướng tập trung nhằm đáp ứng các yêu cầu nghiệp vụ cải cách bao gồm: hệ thống mạng và hệ thống truyền thông; cơ sở dữ liệu, hệ thống phần mềm ứng dụng và trang thiết bị tin học.
Nâng cấp, tích hợp và chuyển đổi hệ thống các phần mềm ứng dụng xử lý thông tin thuế như: kê khai đăng ký thuế, kê khai thuế và kế toán tài khoản nộp thuế của từng ĐTNT.
Xây dựng các ứng dụng hỗ trợ chức năng kiểm soát tình trạng thực hiện nghĩa vụ thuế; phân tích và quản lý các trường hợp vi phạm về thuế.
Xây dựng cơ sở dữ liệu tại từng cấp, mô hình trao đổi dữ liệu trong ngành Thuế và tạo lập kho cơ sở dữ liệu tập trung toàn ngành thuế.
Về trang thiết bị phục vụ yêu cầu quản lý thuế:
Hiện nay, hệ thống thiết bị tin học của Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh vừa thiếu, lại vừa hư hỏng, quá thời hạn sử dụng nhiều, đề nghị Tổng cục Thuế khẩn trương cấp bổ sung để đáp ứng cho yêu cầu công tác quản lý thu thuế.
Đề nghị Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế nghiên cứu, mở rộng phân cấp mua sắm trang thiết bị tin học cho Cục Thuế, các Chi cục Thuế nhằm đáp ứng kịp thời các yêu cầu phát sinh trong thực tế, tăng cường tính chủ động của cơ quan thuế các cấp trong việc sử dụng kinh phí, đáp ứng tốt yêu cầu quản lý thu thuế.
Điều chỉnh chính sách tiền lương
Hiện nay, chế độ chính sách tiền lương của Nhà nước đang còn nhiều bất cập. Mức lương Nhà nước trả cho cán bộ và nhân viên làm việc trong nhiều cơ quan Nhà nước quá thấp so với mặt bằng chung của xã hội. Mức lương tối thiểu tăng, tuy nhiên giá cả sinh hoạt lại tăng với tốc độ cao hơn gấp nhiều lần, mức chiết trừ gia cảnh tính thuế lại giảm. Vô hình chung tiền lương danh nghĩa tăng lên, tiền đóng thuế TNCN tăng lên nên tiền lương thực tế không thay đổi thậm chí giảm đi, đời sống của người làm công ăn lương chưa được cải thiện nhiều so với mặt bằng chung của xã hội. Điều đó đã dẫn đến nhiều tiêu cực trong cơ quan Nhà nước, các hiện tượng tham nhũng, sách nhiễu người dân đã trở thành quốc nạn, chảy máu chất xám cũng là điều dễ hiểu. Việc sử dụng lao động cũng như chế độ tiền lương cho người lao động nếu không được điều chỉnh kịp thời sẽ gây ra nhiều hậu quả xấu cho xã hội. Khi đó Luật thuế TNCN cũng khó có thể thực hiện nghiêm túc và có hiệu quả.