Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh được thành lập theo Quyết định số 314 TC/QĐ ngày 21/8/1990 của Bộ Tài chính. Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh có chức năng tổ chức thực hiện công tác quản lý thu thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác vào NSNN trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh theo quy định của pháp luật. Bên cạnh nhiệm vụ đảm bảo số thu cho NSNN, Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh còn phải thực hiện các chương trình, kế hoạch công tác do Tổng cục Thuế giao và đảm bảo thông tin đáp ứng yêu cầu quản lý, chỉ đạo của Thành uỷ, Hội đồng nhân dân, Uỷ ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.
Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh gồm có 4.292 cán bộ, nhân viên; trong đó Văn phòng Cục gồm 1.079 cán bộ, nhân viên được tổ chức thành 22 phòng và 3.213 cán bộ, nhân viên làm việc tại 24 Chi cục Thuế quận, huyện trực thuộc.
Theo phân cấp quản lý, Văn phòng Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh thực hiện quản lý thu thuế các doanh nghiệp lớn, có phạm vi kinh doanh liên quan đến nhiều quận huyện, nhiều tỉnh, thành phố; các doanh nghiệp thuộc diện hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý những nguồn thu lớn, quan trọng. Đồng thời hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra các chi cục thuế trong việc thực hiện các chức năng quản lý thuế trên địa bàn. Các Chi cục thuế quản lý thuế đối với cá nhân, doanh nghiệp có quy mô, phạm vi kinh doanh vừa và nhỏ, trên địa bàn một quận, huyện, thành phố không có hoạt động xuất nhập khẩu thuộc diện phải hoàn thuế giá trị gia tăng.
4.2 Cơ cấu tổ chức và chức năng, nhiệm vụ của Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh