Quá trình thực hiện hợp đồng liên kết giữa nông dân và doanh nghiệp chịu tác động bởi các nhân tố sau:
2.1.7.1 Khả năng và trình độ của chủ thể liên kết
Muốn liên kết mang lại hiệu quả lâu dài các chủ thể tham gia liên kết phải xác định được nhu cầu liên kết thực sự và có trình độ quản lý, năng động tìm kiếm đối tác, nắm vững các cơ sở, nguyên tắc và điều kiện liên kết. Cơ sở vật chất, sự tích tụ vốn, tư liệu sản xuất của từng chủ thể tham gia liên kết có ảnh hưởng trực tiếp đến năng lực tham gia liên kết về quy mô và mức độ liên kết của chủ thể liên kết đó.
2.1.7.2 Sự đảm bảo lợi ích của các chủ thể tham gia liên kết
Động lực chủ yếu thúc đẩy doanh nghiệp và nông hộ hợp tác, liên kết với nhau chính là lợi ích, sự thành công hay thất bại của bản thân mỗi doanh nghiệp, mỗi nông hộ. Khi lợi ích các bên không được đảm bảo, các xung đột tất yếu sẽ xảy ra rất phức tạp và có thể phá vỡ sự gắn kết giữa các bên tham gia liên kết. Cho nên trong quá trình liên kết các bên phải giải quyết tốt các quan hệ lợi ích mới đảm bảo sự gắn kết bền vững.
2.1.7.3 Rủi ro trong quá trình liên kết
Môi trường tự nhiên gồm các yếu tố về điều kiện tự nhiên, thời tiết, môi trường đất… điều này ảnh hưởng trực tiếp đến đầu tư mở rộng quy mô sản xuất kinh doanh, ảnh hưởng đến hình thức và mức độ tham gia liên kết kinh tế. Ngoài ra còn có các rủi ro về thị trường đó là giá cả..
2.1.7.4 Cơ chế chính sách
Cơ chế chính sách của Nhà nước gồm các chính sách về đất đai, vốn sản xuất, thuế, các chế tài, luật định…nếu là lĩnh vực Nhà nước cấm hay không
khuyến khích phát triển sẽ không tồn tại hay rất ít các mối quan hệ liên kết vì sẽ không đem lại hiệu quả trong sản xuất.