Việc phân công nhân lực cho cuộc kiểm toán thường không ổn định là do công ty khách hàng không hoàn thành BCTC kịp thời gian kiểm toán theo kế
hoạch Công ty SVC đã xếp. Điều này làm cho thời gian kiểm toán bị trùng và phải điều các KTV khác thực hiện.
- Trong mùa kiểm toán, thường các KTV phải chịu áp lực với công việc khá lớn bao gồm áp lực từ phía khách hàng, từ phía Công ty kiểm toán do phải lập báo cáo trước tháng 03 năm sau, điều này làm ảnh hưởng đến chất lượng cuộc kiểm toán và các báo cáo kiểm toán.
- Do hạn chế về mặt thời gian tham gia kiểm toán nhưng số liệu mà khách hàng cung cấp là số liệu cả năm, do đó KTV chỉ có thể chọn mẫu, không thể kiểm tra toàn bộ các nghiệp vụ phát sinh liên quan đến các khoản mục được.
- Các thủ tục kiểm toán phần lớn chỉ có tác dụng định hướng và xác định rủi ro để từ đó KTV có thể thực hiện các thủ tục khác một cách dễ dàng và hiệu quả.
- Việc so sánh số liệu chỉ dừng lại ở hai kỳ kế toán mà chưa so sánh nhiều kỳ được là do còn giới hạn về thời gian và chi phí kiểm toán trong việc tìm kiếm số liệu, thông tin cần thiết để thực hiện thủ tục phân tích này.
- Đối với số liệu cùng ngành thì gặp khá nhiều khó khăn khi thu thập. ở Việt Nam việc cung cấp các số liệu chung của ngành chưa được cụ thể hóa, chưa có nhiều số liệu về thống kê để so sánh, thêm vào đó độ tin cậy của các số liệu này chưa cao, chỉ ở mức chung chung nên việc phân tích số liệu ngành đôi lúc không mang lại hiệu quả cao.
- Việc so sánh số liệu thực tế với kế hoạch thường không được thực hiện, một số trường hợp thực hiện nhưng không mang lại kết quả thiết thực. Nguyên nhân do một số công ty không lập kế hoạch kinh doanh hoặc nếu lập thì lập theo cảm tính của công ty nên KTV không tin tưởng thủ tục này mang lại hiệu quả.
- Bản thân ngành kiểm toán chỉ mới xuất hiện ở Việt Nam trong những năm gần đây nên việc chuẩn bị các văn bản pháp lý hay những quy định ràng buộc đối với ngành chưa được hoàn thiện.