thần theo tín ngưỡng dân gian đã được nhà nước phong kiến nhìn nhận bằng sắc phong hoặc các chính thần theo quan niệm Nho giáo.
Ngoài ra còn có cả một hệ thống thần linh thuộc tín ngưỡng dân gian mang đậm tính bản địa hoặc mới du nhập trong quá trình cộng cư và giao lưu văn hóa với các dân tộc tại đây, như: Linh Sơn Thánh Mẫu, Ngũ Hành Nương Nương, Chúa Xứ Thánh Mẫu, Quan Thánh Đế Quân, Cửu Thiên Huyền Nữ, Kỳ Nam Tướng Quân, Chùa Lồi, Chúa Sắc, A Rặc, Trà Viên Tướng Quân, Nặc Non Vương,…Riêng những vùng đánh cá ven biển thì thờ Nam Hải Tướng Quân (tức cá voi, dân địa phương gọi là Cá Ông), làng có nhiều cù lao, hải đảo, dân chủ yếu sống bằng nghề sông nước hạ bạc thì thờ Thủy Long Thánh Phi. Một số nơi còn thờ cả Sơn Quân (ông Cả Cọp),…Số lượng, tên gọi, hình thức thờ các thần linh này đôi khi khá phức tạp. Chẳng hạn như có đình đã thờ cả các nữ thần Thiên Yana, Bà Chúa Xứ, Bà Chúa Tiên, Bà Chúa Ngọc, Bà Thủy Long…mà gốc đều là Ngung Man Nương hoặc U ma, một nữ thần của đạo Bà La Môn nhưng bị các dân tộc và các thời đại khác nhau gọi tên khác nhau và hiểu khác đi. Do số lượng các thần như thế quá nhiều, nên đa số đình phải xây thêm những ngôi miếu nhỏ đặt đối diện với đàn Thần Nông hoặc ngay bên cạnh hông đình để đưa các vị ấy vào thờ.
Ngoài Thành Hoàng và hệ thống thần linh như nêu trên, đình ở Nam Bộ còn thờ các thần thánh, các danh nhân do những người lưu dân mang vào từ quê hương cũ hoặc các nhân vật lịch sử do nhân dân địa phương chủ động đưa lên tôn thờ. Các vị thần này có thể là những biểu tượng khí thiêng sông núi như Thiên Hạ Đô Đại Thành Hoàng Đại Vương (thần cai quản kinh đô), Cao Các Đại Vương (tức Sơn Tinh, thần núi Tản Viên), Bạch Hạc Đại Vương (thần sông Bạch Hạc ở Vĩnh Phúc), Điện Sơn Thành Hoàng Đại Vương (thần núi Điện Bàn, Quảng Nam)…Hoặc các thần thánh có gốc tích lịch sử như các vua nhà Lê (Thái Tổ, Thái Tông, Thánh Tông), Trần triều hiển thánh Hưng Đạo Đại Vương (Trần Hưng Đạo), Hồng Thánh Đại Vương (Thái úy Phạm Cư Lượng), Đông Chinh Vương và Dực Thánh Vương (hai hoàng tử con vua Lý Thái Tổ), Phi Vận Tướng Quân (Nguyễn Phục), Bắc Quan Đô Đốc (Bùi Tá Hán), Phó Tham Tướng Lương Phủ Quân (Lương Văn Chánh) và các chúa Nguyễn với nhiều tước hiệu khác nhau,…Các nhân vật có thần tích gắn
liền với lịch sử địa phương được tôn thờ như: Nguyễn Hữu Cảnh, Tống Phước Hiệp, Tống Phước Hòa, Nguyễn Huỳnh Đức, Lê Văn Duyệt, Trương Tấn Bửu, Nguyễn Văn Thoại,…Còn có các lãnh tụ những phong trào nhân dân khởi nghĩa chống Pháp xâm lược như Trương Định, Nguyễn Hữu Huân, Nguyễn Ngọc Thăng, Tứ Kiệt, Phạm Văn Trí, Dương Văn Hạnh Phan Công Hớn,…Các đối tượng thờ nói trên cũng có trường hợp được nhà Nguyễn phong tặng, nhưng đa số là do nhân dân mến mộ và tự động tôn thờ.
Thực tế cho thấy rằng “xu hướng “lịch sử hóa” mạnh mẽ trong tín ngưỡng thờ cúng thần Thành Hoàng ở các ngôi đình Nam Bộ là có thật”37. Ở nhiều nơi như vùng Tiền Giang, Gò Công chẳng hạn, trong đình còn thờ nhiều vị phúc thần có sắc phong mà đa số đẳng trật lại cao hơn cả thần Thành Hoàng. Do đó, có một số trường hợp các vị nhân thần (có hoặc không có sắc phong) được đồng tự (thờ chung và được xem gần như ngang hàng) với thần Thành Hoàng. Xa hơn nữa, một số trường hợp đặc biệt, có những danh nhân như Lê Văn Duyệt, Thoại Ngọc Hầu,… đã được xem là những vị phúc thần phù hộ cho một vùng rộng lớn, thậm chí uy thế ảnh hưởng to lớn hơn cả một vị thần Thành Hoàng làng.
Đáng chú ý là bên cạnh hệ thống thần thánh các loại như vậy còn có một số nhân vật liên quan đến lịch sử địa phương gốc gác là người Hoa hoặc người Chăm nhưng đã có những thần tích đặc biệt nào đó nên cũng được đem thờ phụng trong các ngôi đình người Việt như Trần Thượng Xuyên, Mạc Cửu, Mạc Thiên Tích, Mạc Tử Sanh, Ma Khẩn, Ma Ha Cấn,…
Nhìn chung, đình Nam Bộ là trụ sở của một tập hợp thần linh đa dạng. Tất cả được hỗn dung tổ hợp từ nhiều nguồn, nhiều phía. Chúng ta có thệ tạm phân ra như sau: từ ý thức biết ơn, biểu dương những người có công giữ nước, dựng làng; từ ý thức hiếu nghĩa đối với tổ tiên; từ ý thức nhớ về cội nguồn vẻ vang của cha ông; từ ý niệm thiêng liêng phong sắc cho thần; từ ý niệm thờ thần gắn với không gian nghề nghiệp. Tất cả đã được trộn lẫn và thâm nhập vào sự thờ tự trong các ngôi đình ở Nam Bộ để tạo nên một hệ thống các thần khác nhau với những chức năng khác nhau.