Thanh toán có ý nghĩa vô cùng quan trọng vì đó là kết quả cuối cùng của việc giao dịch, đàm phán, ký kết và thực hiện hợp đồng. Do vậy công ty luôn tiến hành
kiểm tra cẩn thận, chu đáo trong từng khâu thanh toán. Tuỳ theo hợp đồng cụ thể mà công ty sẽ lập bộ chứng từ theo đúng quy định. Công ty đa dạng các loại hình giao dịch với khách hàng bằng nhiều phương thức thanh toán như TT (Telegraphic Transfer), LC (Letter of Credit) hay DP (Document against payment).
Đối với thanh toán TT: tuỳ theo hợp đồng đã ký kết mà người mua sẽ cọc trước một khoản tiền cho công ty là 20-30% giá trị đơn hàng trước khi giao hàng để đảm bảo chắc chắn việc mua hàng. Sau đó, người mua nhờ ngân hàng thực hiện chuyển một số tiền nhất định cho người hưởng lợi bằng điện chuyển tiền (điện Swift/ telex) trên cơ sở chỉ dẫn của người trả tiền.
Đối với thanh toán LC: ngân hàng đại diện của người mua lập LC theo yêu cầu cam kết trả một số tiền nhất định cho công ty tại thời điểm cụ thể. Khi công ty xuất trình bộ chứng từ thanh toán phù hợp với các điều khoản trong thư tín dụng thì người mua phải thực hiện nghĩa vụ thanh toán cho lô hàng. Đây cũng là hình thức giao dịch phổ biến nhất mà công ty sử dụng vì sự an toàn và đảm bảo quyền lợi cho cả hai bên.
Đối với thanh toán DP: ngân hàng sẽ hỗ trợ cho vay chiết khấu trị giá bộ chứng từ, sau đó ngân hàng sẽ gửi toàn bộ bộ chứng từ theo thoả thuận giữa công ty và bên mua sang cho ngân hàng bên mua. Khi nhận được bộ chứng từ kèm theo điện nhờ thu, ngân hàng bên mua sẽ thông báo cho người mua hàng đến thanh toán và rút bộ chứng từ gốc ra. Bên mua có được bộ chứng từ gốc sẽ tiến hành các thủ tục nhập khẩu lấy hàng về.