Bên cạnh những điểm mạnh tạo nên lợi thế cho việc xuất khẩu nông sản của công ty, còn rất nhiều khó khăn, hạn chế khiến công ty chưa phát triển mạnh so với tiềm năng vốn có, đó là:
Quy mô công ty còn nhỏ thiếu nguồn lực về tài chính, năng lực lao động trong lĩnh vực xuất khẩu nông sản còn hạn chế cả về trình độ quản lý, trình độ chuyên môn, kinh nghiệm kinh doanh trên thị trường quốc tế và kiến thức hội nhập. Bên cạnh đó, năng lực sản xuất và xuất khẩu còn kém dẫn đến chưa thu hút được nhiều khách hàng nước ngoài nên doanh thu thu về còn ít.
Công nghệ trang thiết bị máy móc còn hạn chế, các thiết bị tuy đã được đầu tư nhưng chưa đồng bộ, máy móc thiết bị cũ, lạc hậu đồng thời sự đầu tư trong công tác bảo quản hàng nông sản còn yếu kém nên chất lượng sản phẩm chưa cao, mẫu mã chưa phù hợp, chưa đáp ứng được những đòi hỏi của các thị trường khó tính. Mặc dù đã nhận thức được tầm quan trọng của việc đầu tư công nghệ vào sản xuất để nâng cao chất lượng hàng nông sản song sự đầu tư vẫn thiếu tính hệ thống và chưa đồng bộ. Trong khi yêu cầu về chất lượng nông sản của các thị trường nhập khẩu ngày một nâng cao, điều này làm cho khả năng cạnh tranh nông sản của công ty với các đối thủ ngày càng trở nên khó khăn.
Sản phẩm chưa đa dạng: hiện nay sản phẩm nông sản chủ yếu của công ty là quế, hoa hồi, hồ tiêu và hạt điều mà thị trường tiêu thụ các mặt hàng nông sản ngày càng lớn. Điều này một phần do chủng loại mặt hàng nông sản của công ty còn khá nghèo nàn, sự đa dạng chỉ tập trung vào một số mặt hàng xuất khẩu chủ lực, thiếu
tính đột phá. Sản phẩm chưa đáp ứng được yêu cầu của thị trường xuất khẩu do vậy công ty cần mở rộng thêm sản phẩm để tăng sự lựa chọn cho khách hàng.
Thiếu thông tin về thị trường và thị hiếu của khách hàng: việc tìm hiểu, nghiên cứu phát triển thị trường mới gặp nhiều khó khăn và tốn nhiều chi phí nên chưa hiểu được tâm lý khách hàng mong muốn. Mặt khác, công ty chưa chủ động tìm kiếm thông tin về thị trường cũng như việc khảo sát nhu cầu sử dụng mặt hàng nông sản tới khách hàng dẫn đến chưa nắm rõ được vấn đề mà công ty và khách hàng đang gặp phải từ đó chưa đưa ra những giải pháp để cùng nhau phát triển.
Chưa đa dạng về hình thức xuất khẩu: Công ty có hình thức xuất khẩu trực tiếp, nông sản được xuất khẩu trực tiếp đến các đối tác nước ngoài mà không phải qua khẩu trung gian. Việc xuất khẩu trực tiếp có thể làm tăng rủi ro trong việc mua bán và trao đổi hàng hoá do chưa thực sự am hiểu về thị trường nhập khẩu, chi phí xuất khẩu cao vì quy mô công ty còn nhỏ nên phải chịu nhiều sự biến động từ thị trường.