Từ việc nghiên cứu tình hình tội phạm phá rối an ninh quốc gia và thực tiễn ựấu tranh phòng chống loại tội phạm này có thể rút ra một số bất cập như sau:
Trong lúc ựó, chủ nghĩa ựế quốc và các thế lực thù ựịch vẫn ựẩy mạnh những hoạt ựộng gây mất ổn ựịnh chắnh trị và bạo loạn lật ựổ, mưu toan thực hiện diễn biến hòa bình thường xuyên dùng con bài Ộdân chủỢ, Ộnhân quyềnỢ hòng can thiệp vào nội bộ ta. Thông qua quan hệ hợp tác, các nước tư bản chủ nghĩa và các thế lực thù ựịch muốn lôi kéo Việt Nam vào quỹ ựạo của chủ nghĩa tư bản, lệ thuộc vào họ và ựi ựến xóa bỏ vai trò lãnh ựạo của đảng Cộng sản, xóa bỏ chế ựộ chắnh trị hiện nay ở Việt Nam làm cho Việt Nam không thể phát triển theo ựịnh hướng xã hội chủ nghĩa.
điều ựó ựã minh chứng vì sao, trong thời gian qua các thế lực thù ựịch gia tăng hoạt ựộng chống phá cách mạng Việt Nam. Mặt khác, do hận thù và hối tiếc chế ựộ cũ, bọn phản ựộng lưu vong và số ựối tượng ngụy quân, ngụy quyền, ựảng phái phản ựộng cũ chưa chịu cải tạo, bọn phản ựộng lợi dụng tôn giáo, dân tộc ựược các thế lực thù ựịch bên ngoài xúi giục, giúp ựỡ ựã và ựang có những hoạt ựộng xâm phạm an ninh quốc gia.
Sau sự sụp ựổ của chế ựộ Chủ nghĩa xã hội ở các nước đông Âu, Liên Xô (cũ) số cơ hội chắnh trị cho là Ộthời cơ" ựã công khai chống ựối phủ nhận ựường lối xã hội chủ nghĩa, chắnh sách của đảng ựã ựi tới ựòi ựa nguyên, ựa ựảng ựể ựi tới hình thành tổ chức chắnh trị ựối lập nhằm tạo thế ựối trọng với đảng Cộng sản Việt Nam.
Từ những phân tắch tình hình trên ta có thể rút ra những nguyên nhân và ựiều kiện của các tội phá rối an ninh bao gồm:
Thứ nhất, các chắnh sách thù ựịch của các thế lực phản ựộng và các hoạt ựộng phá hoại của chủ nghĩa ựế quốc là nguyên nhân chủ yếu gây ra các tội phá rối an ninh
Trung tâm Học liệu ĐH Cần Thơ @ Tài liệu học tập và nghiên cứu Lợi dụng các tàn dư trong ý thức của một số người xa lạ với các nguyên tắc ựạo ựức xã hội chủ nghĩa, các cơ quan tuyên tuyền tư sản và các cơ quan tình báo, gián ựiệp nước ngoài ựã tập trung tuyên truyền, khuyến khắch các biểu hiện chống Việt Nam, lôi kéo thanh niên và một số người tiến hành các hoạt ựộng chống đảng Cộng sản Việt Nam và Nhà nước Việt Nam xã hội chủ nghĩa.
Nét nỗi bật nhất của các cơ quan tình báo, an ninh các nước triển khai lực lượng dưới nhiều hình thức khác nhau. Chúng không qua các ựiều kiện như thông qua cơ quan thường trú, văn phòng ựại diện, các ựoàn lâm thời, các nhân viên tình báo nước ngoài dưới danh nghĩa ngoại giao, du lịch, các chuyên gia kinh tế, giáo dục, y tế ựể chống phá Việt Nam. Chúng còn lợi dụng các chiêu bài chống Ộtham nhũngỢ tiêu cực, lợi dụng số Việt kiều hồi hương ựể tìm mọi thủ ựoạn chống phá ta.
Thứ hai, là các nguyên nhân, ựiều kiện chủ quan.
Xét về phương diện nội bộ đảng, chắnh quyền, ựoàn thể quần chúng của ta một số nơi xảy ra nhiều phức tạp nhất là cấp cơ sở là một trong những ựiều kiện ựể kẻ ựịch lợi dụng tấn công. Một số cán bộ đảng viên suy thoái tư tưởng, ựạo ựức và lối sống, tiêm nhiễm tư tưởng lệch lạc ựã tiếp tay cho kẻ thù chống lại chế ựộ, chống lại nhà nước.
Mâu thuẫn trong nội bộ nhân dân phát triển phức tạp. Vi phạm quyền làm chủ của nhân dân ở cơ sở, tình trạng tham nhũng cũng là những ựiều kiện ựể kẻ ựịch lợi dụng tấn công, tấn công ựể chia rẽ nội bộ ta, chia rẽ giữa đảng và quần chúng nhân dân mà trong hoạt ựộng phòng chống tội phạm phá rối an ninh quốc gia không thể không chú ý ựể góp phần giải quyết làm mất cơ sở và ựiều kiện ựịch lợi dụng.
Thuộc về các nguyên nhân, ựiều kiện chủ quan làm phát sinh các tội phá rối an ninh quốc gia là các thiếu xót trong hoạt ựộng phòng ngừa tội phạm. Ở ựây cần phải kể ựến các thiếu xót về quản lý cán bộ, đảng viên, ựoàn viên và thanh thiếu niên ựể các thế lực lôi kéo, mua chuộc cán bộ, kắch ựộng thanh thiếu niên tham gia vào các hoạt ựộng phá rối an ninh, chống phá cách mạng Việt Nam; các thiếu xót về quản lý báo chắ và các phương tiện thông tin ựại chúng, về quản lý kinh tế, về thực hiện các chắnh sách dân tộc và tôn giáo.
Việc phòng chống tội phạm mà một trong những biện pháp quan trọng nhất là quản lý các ựối tượng bị tình nghi có khả năng thực hiện hành vi phạm tội. Tuy nhiên ựối với loại tội phạm này thì biện pháp này thực hiện rất khó khăn. điều này thể hiện ở chỗ là ựối tượng thực hiện hành vi phạm tội xâm phạm an ninh quốc gia rất ựa dạng trong xã hội
Trung tâm Học liệu ĐH Cần Thơ @ Tài liệu học tập và nghiên cứu như tầng lớp trắ thức, ựồng bào dân tộc, tôn giáo,... Do ựó mà việc quản lý rất khó khăn, hầu hết các vụ án ựều phát hiện khi các ựối tượng phạm tội ựã thực hiện hành vi.
địa bàn hoạt ựộng của ựối tượng này cũng rất rộng lớn, có thể là ở khu vực biên giới, trong nhân dân, trong các tổ chức tôn giáo, kể cả ở nước ngoài. Chúng thường ựánh vào tâm lý của các ựồng bào dân tộc miền núi, ựồng bào dân tộc thiểu số, những ựồng bào theo ựạo ựể kắch ựộng lôi kéo họ vào tổ chức phạm tội. điều này gây khó khăn trong việc ựấu tranh phòng chống tội phạm.
Nếu căn cứ vào ựộng cơ phạm tội ựể phòng chống loại tội phạm này thì cũng gặp nhiều khó khăn. Ở mỗi loại tội xâm phạm an ninh quốc gia ựược quy ựịnh trong BLHS 1999 tuy ựiều có một mục ựắch bắt buộc chung cho các tội xâm phạm an ninh quốc gia là mục ựắch Ộchống chắnh quyền nhân dânỢ nhưng ựộng cơ của các tội phạm này rất khác nhau. Vắ dụ như: ganh ghét, bất mãn cán bộ nhà nước dân ựến hành vi chống người thi hành công vụ; bất mãn với chắnh sách của đảng và Nhà nước ta dẫn ựến Tội phá hoại việc thực hiện chắnh sách kinh tế Ờ xã hội (điều 86) hoặc Phá hoại chắnh sách ựoàn kết dân tộc (điều 87)Ầ
Khách thể bị tác ựộng của tội phạm này cũng rất ựa dạng, nên cũng rất khó khăn trong công tác phòng chống. Ở mỗi loại tội phạm cụ thể thì khách thể bị tác ựộng khác nhau, tuy cùng mục ựắch chống chắnh quyền nhân dân nhưng chúng thực hiện hành vi phạm tội ựối với các ựối tượng khác nhau như: hoạt ựộng vũ trang ở vùng miền núi, vùng biển, vùng hiểm yếu khác ựể giết ngườiẦ (Tội hoạt ựộng phỉ - điều 83), phá trại giam, tổ chức vượt ngụcẦ (Tội chống phá trại giam Ờ điều 90)Ầ
Một trong những vấn ựề khó khăn nữa trong việc ựấu tranh phòng chống tội phạm xâm phạm an ninh quốc gia và nhất là việc chứng minh mục ựắch phạm tội trong việc ựiều tra là phải làm rõ mục ựắch Ộchống chắnh quyền nhân dânỢ. Nếu không chứng minh ựược mục ựắch này thì không thể ựịnh tội ựúng ựược và dễ cấu thành tội phạm khác như: Tội phá hoại cơ sở vật chất của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam thì tội này phải có mục ựắch chống chắnh quyền nhân dân (điều 85), nếu không có mục ựắch này thì cấu thành tội phạm khác tương ứng và người phạm tội phải chịu trách nhiệm hình sự trên cơ sở những quy ựịnh chung.
Sự lơ là mất cảnh giác, thiếu niềm tin vào Nhà nước và đảng cộng sản Việt Nam của một số cán bộ, viên chức mang quyền lực nhà nước mà các thế lực thù ựịch lợi dụng thực hiện các âm mưu chống phá nền an ninh quốc gia. điều này gây khó khăn trong việc phát hiện phòng chống tội phạm này vì chúng ựã có những Ộtay trongỢ trong cơ quan nhà nước ta.
Trung tâm Học liệu ĐH Cần Thơ @ Tài liệu học tập và nghiên cứu Sự tiến bộ khoa học kĩ thuật và ựặc biệt là sự phát triển của công nghệ cao (Internet) ngày nay ựã tạo cho các phần tử phản ựộng, tuyên truyền phá hoại nhà nước ta lợi dụng triệt ựể ựể chống phá ta làm mất lòng tin, nghi ngờ của cán bộ, quần chúng nhân dân, làm cho công tác phòng chống gặp nhiều khó khăn.
Các tổ chức phản ựộng ựược thành lập ở nước ngoài ựể chống phá Việt Nam, tổ