Tầm quan trọng của công tác kiểm tra nội bộ trường học còn chưa được nhận thức một cách sâu sắc, đầy đủ, không chỉ ở bộ phận giáo viên, học sinh mà ngay cả trong bộ phận những nhà quản lý.
Kế hoạch kiểm tra nội bộ trường học đã được chú ý xây dựng nhưng còn chưa được chi tiết, cụ thể và chủ yếu còn hoạt động dựa trên cơ sở kế hoạch của năm học.
Lực lượng kiểm tra nội bộ còn chưa được chú trọng, còn phải kiêm nhiệm nhiều hoạt động khác như tập trung quá nhiều vào hoạt động dạy – học nên chưa có nhiều thời gian và kinh nghiệm để tham gia lực lượng kiểm tra.
Đời sống của bộ phận giáo viên còn gặp nhiều khó khăn, có nhiều giáo viên có hoàn cảnh éo le, cả về đời sống vật chất và đời sống tinh thần, hiệu trưởng cần quan tâm hơn nữa đến hoàn cảnh gia đình, đời sống của cá nhân để động viên kịp thời khi giáo viên gặp khó khăn và có các vấn đề cần sự giúp đỡ. Qui chế dân chủ còn chưa được thực hiện đầy đủ và chi tiết, còn mang tính chung chung, chưa cụ thể và sâu sát vào từng vấn đề.
Chưa rút ra được bài học kinh nghiệm cụ thể cho từng đối tượng, vẫn còn mang tính cả nể và nhận xét thiên về tình cảm trong việc nhận xét năng lực chuyên môn của giáo viên. Thời gian và khoảng cách sau khi kết thúc quá trình tiến hành KTNBTH với việc rút ra bài học kinh nghiệm cho giáo viên, cho quá trình tiến
hành KTNBTH còn chưa liền kề, từ đó làm giảm tính liên tục và hiệu quả của KTNB.