Ý thức chấp hành pháp luật của người nộp thuế hiện nay chưa cao do:
Sự hiểu biết pháp luật thuế; pháp luật quản lý thuế và pháp luật có liên quan của người nộp thuế và các nhân viên trực tiếp khai thuế còn hạn chế, thụ động, số lượng người nộp thuế tự triển khai các Luật thuế theo đúng quy định chiếm tỷ lệ không cao, nên phần lớn người nộp thuế gặp khó khăn trong khai thuế, nộp thuế nếu không có sự hỗ trợ, hướng dẫn cụ thể của cơ quan thuế, cán bộ thuế.
Người nộp thuế còn gặp nhiều khó khăn khi hiện đại hóa quản lý thuế: khó khăn về cơ sở vật chất: hệ thống máy tính, máy chủ, đường truyền, phần mềm… và khó khăn về nguồn nhân lực. Trên địa bàn thành phố Bắc Giang còn nhiều doanh nghiệp có doanh thu lớn nhưng công tác hạch toán kế toán vẫn thực hiện thủ công, không có hệ thống máy tính cũng như hệ thống mạng quản lý, nên có muốn khai thuế qua mạng cũng không thực hiện được. Trình độ sử dụng máy tính của nhân viên kế toán doanh nghiệp còn hạn chế, nhiều doanh nghiệp lúng túng trong việc đăng nhập khai thuế qua mạng, không ký và gửi tờ khai được, khoảng 70% doanh nghiệp cần sự hỗ trợ của cơ quan thuế. Về tư tưởng, nhiều doanh nghiệp chưa sẵn sàng thực hiện khai thuế qua mạng, chưa thật sự tin tưởng vào sự an toàn của thiết bị chứng thư số, có nhiều doanh nghiệp lo lắng về sự bảo mật của số liệu kế toán…
Hiện nay, phần lớn các giao dịch kinh doanh và tiêu dùng cá nhân tại Việt Nam đều thực hiện bằng tiền mặt. Bên cạnh đó, thói quen mua hàng hóa, dịch vụ không cần lấy hóa đơn vẫn tồn tại phổ biến trong dân chúng. Điều này gây cho cơ quan quản lý nhà nước rất nhiều khó khăn trong việc quản lý dòng tiền chi phí, thu nhập của doanh nghiệp và người dân.
Một số quy định trong các văn bản pháp luật thuế cũng như pháp luật quản lý thuế còn chưa rõ ràng, chưa cụ thể, làm cho việc hiểu và vận dụng pháp luật không nhất quán, gây khó khăn trong quá trình thực hiện đối với người nộp thuế và cơ quan quản lý thuế. Hoặc trong một số trường hợp do yêu cầu gấp về thời gian thực hiện các văn bản quản lý thuế mới, người nộp thuế và cả cơ quan thuế chưa có sự chuẩn bị về chuyên môn, nghiệp vụ, điều kiện vật chất, kỹ thuật cũng như về tâm lý
nên việc triển khai mang tính hình thức, đối phó. Ví dụ: thời gian đầu thực hiện Luật thuế TNCN; Thực hiện khai thuế qua mạng ở một sốđịa phương…
Còn có sự tiếp tay, dung túng…của cán bộ thuế trong việc kê khai, nộp thuế, thu nợ và cưỡng chế nợ thuế.
Các DN mới thành lập hoặc còn non trẻ trong hoạt động kinh doanh thường thiếu kiến thức về luật thuế, nghĩa vụ thuế và quy trình tuân thủ thuế, vì vậy họ chưa tiếp cận được nhiều các dịch vụ của cơ quan thuế: Như cập nhật các văn bản chính sách thuế thường xuyên sửa đổi, bổ sung; các phần mềm hỗ trợ kê khai thuế; khó khăn tài chính của doanh nghiệp. Mục tiêu của các đối tượng này là lợi nhuận thu được, nhưng cơ quan thuế chưa tận dụng mọi cơ hội thuận lợi mọi hình thức sinh động tuyên truyền giải thích chính sách, từng bước nâng cao trình độ hiểu biết pháp luật và khơi dậy tinh thần tự giác thực hiện nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước của các cơ sở sản xuất kinh doanh.
Bất kỳ công việc gì nếu không có sự ủng hộ của nhân dân thì không thể thành công được, muốn được nhân dân ủng hộ và có ý thức chấp hành các chính sách, chế độ đó thì trước hết phải làm cho họ hiểu. Nếu nhân dân không hiểu hoặc luôn tìm cách để gian lận, trốn lậu thuế thì công tác quản lý thuế sẽ gặp rất nhiều khó khăn.