Xuất phát từ thực tế, hệ thống chính sách thuế của nước ta còn phức tạp và liên tục thay đổi, làm cho người nộp thuế khó hiểu và không nắm bắt được kịp thời, do đó, khó tự giác chấp hành có 66% DN được hỏi cho biết; còn 47% cán bộ thuế được hỏi cho rằng việc tiếp cận với các Luật thuế và các văn bản chính sách thuế còn chậm, cách hiểu đôi khi còn mang tính chủ quan nên việc áp dụng quy định về thuế nhiều khi còn thiếu nhất quán.
Hệ thống chính sách thuế chưa bao quát hết đối tượng chịu thuế, đối tượng nộp thuế vẫn còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội, còn có sự phân biệt về mức thuế suất, điều kiện ưu đãi, mức, thời gian miễn, giảm thuế giữa DN trong nước với DN FDI; giữa người Việt Nam với người nước ngoài; làm hạn chế tính trung lập của thuế, không thực sựđảm bảo bình đẳng, công bằng xã hội về nghĩa vụ thuế giữa các DN.
Mặt khác, hệ thống thuế gồm nhiều sắc thuế, nội dung các sắc thuế còn phức tạp, mỗi NNT có thể phải nộp nhiều loại thuế khác nhau; mỗi loại thuế có yêu cầu quản lý khác nhau, song chúng lại có mối liên hệ chặt chẽ với nhau song cơ chế quản lý thuế chưa được quy định rõ ràng trong các văn bản quy phạm pháp luật. Thủ tục hành chính còn rườm rà gây khó khăn cho NNT. Chưa quy định rõ trách nhiệm của các cấp chính quyền địa phương, các cơ quan chức năng, các tổ chức cá nhân liên quan đến công tác thuế.
Vì lẽ đó đã phát sinh ra sự tuỳ tiện, tạo kẽ hở trốn và tránh thuế, đồng thời tăng chi phí hành thu và chi phí tuân thủ, dẫn đến thực thi pháp luật không nghiêm, thất thu thuế và đã gây tác động tiêu cực đến nền kinh tế.