Cần có sự tăng cường, phối hợp giữa cơ quan quản lý bảo vệ môi trường tầm vĩ mô (quốc gia) với quản lý bảo vệ môi trường tầm vi mô (địa phương) và có chỉ đạo cụ thể chính quyền địa phương, nhất là cơ quan quản lý trực tiếp bảo vệ môi trường ở cấp phường/xã. Ngoài chức năng, nhiệm vụ
quản lý đã được phân cấp theo quy định của pháp luật cần phải thực hiện thêm một số vấn đề có liên quan chung trong quản lý môi trường quốc gia hay với địa phương lân cận. Cụ thể là những vấn đề sau:
Chủ động giải quyết những vấn đề môi trường phát sinh ở địa phương và phối hợp với địa phương lân cận cùng giải quyết nếu xảy ra những vấn đề môi trường có liên quan. Trong trường hợp phức tạp quá khả năng của địa phương phải báo cáo với cơ quan quản lý bảo vệ môi trường quốc gia phối hợp cùng giải quyết.
Do còn một số bất cập trong quá trình quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường nhất là sự chồng chéo trong vấn đề quản lý các khu công nghiệp, cụm công nghiệp và các làng nghề truyền thống giữa các bộ, ngành như: Bộ NN và PTNT, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài nguyên và Môi trường… Các hệ thống chính sách và kế hoạch chưa được thống nhất dưới một cơ quan quản lý nhà nước chuyên trách. Để khắc phục được những tồn tại nêu trên và tăng cường hơn nữa hiệu quả quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường cần làm rõ việc xây dựng và ban hành các chính sách có liên quan đến bảo vệ môi trường là của Bộ Tài nguyên và Môi trường. Với việc phân công này thì vai trò chính của Sở Tài nguyên và Môi trường sẽ được xác lập. Từ đó, việc xây dựng các quy chế về quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường sẽ được Sở Tài nguyên và Môi trường soạn thảo trình UBND tỉnh phê duyệt. Cũng theo đó việc phân cấp quản lý đến cấp huyện, thị xã và phường sẽ được dễ dàng hơn.
Tăng cường vai trò của UBND các cấp ở địa phương trong việc điều phối các hoạt động quản lý bảo vệ môi trường làng nghề. Định hướng này xuất phát từ chỗ làng nghề có quan hệ trực tiếp với các cơ quan quản lý Nhà nước ở địa phương, đó là UBND cấp huyện/thị, phường/xã. Việc tăng cường vai trò của UBND cấp cấp huyện/thị, phường/xã bao gồm:
Xác định vai trò chính yếu của UBND địa phương trong việc ban hành và tổ chức, phối hợp thực hiện, kiểm tra, giám sát các nội quy, quy chế hoặc quy ước bảo vệ môi trường làng nghề.
Tăng cường nguồn lực tài chính (nguồn ngân sách nhà nước, dự án...) hỗ trợ và khuyến khích các cơ sở sản xuất thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường.
