Về cơ bản, Luật Phá sản năm 2004 vẫn quy định thứ tự ưu tiên thanh toán tài sản tương tự như quy định tại Điều 39 Luật Phá sản doanh nghiệp năm 1993. Các khoản chi phí cho thủ tục phá sản và các khoản thanh toán quyền lợi cho người lao động vẫn được ưu tiên trước các khoản nợ thông thường. Tuy nhiên, khác với Luật Phá sản doanh nghiệp năm 1993, Luật Phá sản năm 2004 đã bỏ sự ưu tiên thanh toán cho các khoản nợ thuế nhà nước. Điều 39 Luật Phá sản doanh nghiệp năm 1993 khi quy định về thứ tự ưu tiên thanh toán giá trị tài sản còn lại của doanh nghiệp đã đặt khoản nợ thuế lên trên các khoản nợ của các chủ nợ thông thường khác. Có thể nói, quy định này chính là một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng các chủ nợ thông thường (các chủ nợ là doanh nghiệp) mặc dù biết rằng con nợ đã lâm vào tình trạng mất khả năng thanh toán nợ đến hạn nhưng rất ít khi làm đơn yêu cầu giải quyết phá sản. Thực tế, có doanh nghiệp nợ thuế trong nhiều năm nhưng cơ quan thuế không có biện pháp tích cực để thu hồi, nói cách khác, là không thiết tha với việc đòi nợ, trong khi đó, các chủ nợ thông thường lại rất tích cực trong việc làm đơn yêu cầu giải quyết phá sản doanh nghiệp, đóng lệ phí và hợp tác một cách chặt chẽ với Tòa án trong quá trình giải quyết phá
sản. Khi doanh nghiệp mắc nợ bị tuyên bố phá sản thì khoản nợ được ưu tiên lại là nợ thuế. Hậu quả là sau khi thanh toán xong nợ thuế cho Nhà nước thì tài sản của doanh nghiệp hầu như không còn gì và các chủ nợ thông thường hoặc là không được thanh toán hoặc có thanh toán một khoản tiền rất ít. Luật Phá sản năm 2004 đã khắc phục tình trạng này bằng cách quy định, nợ thuế được coi là một khoản nợ thông thường và được thanh toán cùng hàng với các chủ nợ không có bảo đảm khác theo tỷ lệ tương ứng với giá trị tài sản còn lại của doanh nghiệp. Việc này là hợp lý vì nó đã góp phần bảo đảm sự bình đẳng giữa chủ nợ là Nhà nước và các chủ nợ khác, khuyến khích các chủ nợ không có bảo đảm tích cực tham gia vào thủ tục phá sản doanh nghiệp [19, tr. 220].
Tuy đã có sự khắc phục hạn chế của Luật Phá sản doanh nghiệp năm 1993 về vấn đề này nhưng sau thời gian thi hành trên thực tế, các quy định của Luật Phá sản năm 2004 về thứ tự thanh toán lại bộc lộ những hạn chế và vướng mắc. Theo quy định của Điều 37 Luật Phá sản năm 2004 về thứ tự ưu tiên thanh toán tài sản còn lại của doanh nghiệp thì chỉ ưu tiên thanh toán chi phí phá sản; và các khoản nợ lương, trợ cấp thôi việc, bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật và các quyền lợi khác theo thỏa ước lao động tập thể và hợp đồng lao động đã ký kết. Các chủ nợ không có bảo đảm được thanh toán từ phần tài sản còn lại theo tỷ lệ tương ứng với số nợ. Thứ tự ưu tiên thanh toán theo Luật Phá sản năm 2004 chưa thực sự khuyến khích các chủ nợ nộp đơn yêu cầu mở thủ tục phá sản. Trên thực tế, mặc dù các chủ nợ đã phát hiện ra doanh nghiệp lâm vào tình trạng phá sản nhưng không phải chủ nợ nào cũng đều nộp đơn đến Tòa án. Giải quyết nợ theo thủ tục phá sản là việc giải quyết nợ một cách tập thể, sau khi phá sản thì quan hệ nợ giữa doanh nghiệp bị phá sản và tất cả các chủ nợ sẽ chấm dứt dù cho doanh nghiệp đó có hay không đủ tài sản để thanh toán cho các khoản nợ. Do đó, các chủ nợ nếu làm đơn yêu cầu giải quyết tuyên bố phá sản doanh nghiệp thì rất có khả năng
họ không thu hồi được nợ hoặc nếu có thu hồi được thì cũng chẳng đáng là bao vì tài sản của doanh nghiệp mắc nợ thường còn rất ít mà chủ nợ thường lại rất đông, thêm vào đó, tài sản còn lại của doanh nghiệp mắc nợ được thanh toán theo thứ tự ưu tiên nên hy vọng được thanh toán rất mỏng manh. Xuất phát từ bản chất đó của thủ tục phá sản nên của các chủ nợ cho rằng việc đòi nợ theo thủ tục phá sản là phương thức đòi nợ kém hiệu quả nhất và chỉ được sử dụng trong trường hợp bất đắc dĩ, khi mà các biện pháp đòi nợ khác không đạt được hiệu quả. Vì vậy, thông thường, các chủ nợ sau khi gửi giấy đòi nợ mà không được doanh nghiệp thanh toán thì họ sẽ tự mình tìm các biện pháp khác để thu hồi nợ mà không nộp đơn yêu cầu ngay.